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Strply_00210 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 2433 (=NBRC 13058)
Entry nameStreptolydigin
Contig
Start / Stop / Direction26,303 / 25,842 / - [in whole cluster]
26,303 / 25,842 / - [in contig]
Locationcomplement(25842..26303) [in whole cluster]
complement(25842..26303) [in contig]
TypeCDS
Length462 bp (153 aa)
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Category2.1 modification addition of extender units
Productputative glutamate mutase S chain
Product (GenBank)glutamate mutase S-chain
Gene
Gene (GenBank)slgE1
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[19875077] Deciphering biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin and generation of glycosylated derivatives. (Chem Biol. , 2009)
[21665968] Amino acid precursor supply in the biosynthesis of the RNA polymerase inhibitor streptolydigin by Streptomyces lydicus. (J Bacteriol. , 2011)
comment
[PMID:19875077]
streptolydigin生合成gene clusterの報告。

本ORF上流の挿入変異株の解析より、本ORFはstreptolydigin生産に関与する領域であることが示されている。
SlgE1, SlgE2, SlgE3は、NRPSの基質であるbeta-methylaspartic acidの生合成に関与すると考えられている。
SlgE1, SlgE2でglutamate mutase systemを構成していると示唆している。


[PMID:21665968]
SlgE1-SlgE2はglutamateを3-methylaspartateにするglutamate mutaseのtwo subunit。

SlgE1-SlgE2不活性株へのSlgE1-SlgE2導入によりstreptolydigin生産能が回復したこと、SlgE1,SlgE2過剰発現株を作製し、WT株と比較しstreptolydigin生産能があがったことからstreptolydigin生合成に関与すると示した。

SlgE1-SlgE2 不活性化株は、3-methylaspartateに変わってglutamateから誘導されるstreptolydigin Bとstreptolydigin Cを生産。
streptolydigin Bは、ammonia-dependent 3-methylasparagine synthetase slgZに影響を受ける。これは、streptolydigin NRPSが streptolydiginまたはstreptolydiginB生合成の基質として3-methylaspartateの代わりにglutamate も許容する柔軟性があると考察している。
また、amidationやmethylationにより tetramic lateral side chainを修飾するstreptolydigin Cの生産は、amidating,methylating glutamyl-NRPS,glutaminyl-NRPS中間体に対してのSlgZやSlgMの柔軟性があると考察している。
Related Reference
ACC
Q7X542
PmId
[12543643] A glutamate mutase is involved in the biosynthesis of the lipopeptide antibiotic friulimicin in Actinoplanes friuliensis. (Antimicrob Agents Chemother. , 2003)
comment
Actinoplanes friuliensis
Glutamate mutase subunit A(glmA)

active enzymeは2つのsubunit GlmA ,GlmBから成る。
異種性発現、disruption mutagenesisあり。

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selected fasta
>putative glutamate mutase S chain [glutamate mutase S-chain]
MGKAMERACDDARHSGVVIVSSLASDAHTWNLVYLQLLLEEHGFEVVNLGACVPDELLVA
ECLDRAPDMVVISSVNGHGYQDGLRVIAQLRRRPPLARTRMVIGGKLGISGARDGLRADR
LLDAGFDAVFPDGPDAVPEFERYLSHVFERVAS
selected fasta
>putative glutamate mutase S chain [glutamate mutase S-chain]
ATGGGCAAGGCAATGGAGCGCGCATGCGACGACGCACGGCACAGCGGAGTGGTGATCGTC
AGCAGTCTCGCTTCCGACGCCCACACCTGGAACCTCGTCTATCTTCAACTGCTGCTGGAA
GAGCACGGTTTCGAGGTGGTGAATCTCGGTGCCTGCGTACCCGATGAACTGCTCGTCGCC
GAATGCCTGGACCGCGCCCCGGACATGGTGGTCATCAGCAGCGTGAACGGGCACGGATAT
CAGGACGGCCTGCGCGTCATCGCCCAACTGCGCCGGCGCCCGCCGCTCGCCCGGACCCGC
ATGGTGATCGGCGGGAAGCTCGGGATATCCGGAGCGCGGGACGGTCTGCGCGCGGACCGG
CTGCTGGACGCCGGATTTGACGCGGTGTTCCCCGACGGGCCCGACGCCGTACCGGAATTC
GAGCGCTATCTGAGTCATGTCTTCGAACGAGTCGCGTCATGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR006158 Cobalamin (vitamin B12)-binding (Domain)
[13-150] 5.99999044089058e-22 SSF52242
SSF52242   Cbl-bd
[15-151] PS51332
PS51332   B12_BINDING
[14-146] 8.70000000000003e-18 G3DSA:3.40.50.280
G3DSA:3.40.50.280   B12_bd
[17-139] 9.7e-14 PF02310
PF02310   B12-binding
SignalP
[1-29] 0.123 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
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