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Tatmc_00020 : CDS information

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Organism
StrainCK4412
Entry nameTautomycetin
Contig
Start / Stop / Direction3,613 / 3,056 / - [in whole cluster]
3,613 / 3,056 / - [in contig]
Locationcomplement(3056..3613) [in whole cluster]
complement(3056..3613) [in contig]
TypeCDS
Length558 bp (185 aa)
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Category5.4 hypothetical protein
Producthypothetical protein
Product (GenBank)TMC biosynthetic enzyme L6
Gene
Gene (GenBank)tmcH
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • hypothetical protein; ORF L6
Reference
ACC
PmId
[17379718] Isolation of the biosynthetic gene cluster for tautomycetin, a linear polyketide T cell-specific immunomodulator from Streptomyces sp. CK4412. (Microbiology. , 2007)
comment
tautomycetinの生合成遺伝子クラスターに関する文献。

tmcH:
hypothetical protein (Mycobacterium smegmatis), id=41%
YbhB and YbcL (Nitrosospira multiformis), id=28%

tmcH自体の機能実験は行われていない。
tmcHに関する記載は特に無し。
Related Reference
ACC
C6ZCS7
PmId
[19191560] Characterization of the tautomycetin biosynthetic gene cluster from Streptomyces griseochromogenes provides new insight into dialkylmaleic anhydride biosynthesis. (J Nat Prod. , 2009)
comment
<Putative uncharacterized protein TtnL, Streptomyces griseochromogenes, BLAST 1; id=100%>

Streptomyces griseochromogenesにおけるTautomycetin Biosynthetic Gene Clusterを同定した文献。
ttnL (185 a.a): unknown

ttnL自体の機能実験は行われていないが、ttnLがtautomycin (TTM) gene clusterのttmLのホモログであり、dialkylmaleic anhydride biosynthesisに必須であることから、Tautomycetin生合成でも必須であるとしている。

---
しかし引用されているTTM gene clusterの論文[PMID:18708355](2008)では、TtmLがdialkylmaleic anhydride生合成に必須であるとわかるような実験確認されていない。相同性からdialkymaleic anhydride unit生合成をたぶん調節する候補とされているが、機能割り当てが困難であるとも述べられている。

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selected fasta
>hypothetical protein [TMC biosynthetic enzyme L6]
MALLGKLLKNRRAGETGLAWHAPHLAGAETLAVTSPDFGHETTLPVVHANRKLGGEDASP
ALAWTAAPAGTAQLLLVVEDPDAPTPKPFNHGVFLIEPSVTSLARGALDGTSPAAGVRPL
RSGKGVGYLGPAPIKSHGPHRYAFQLFALGEPIAADVESAKPAAVLAAAGSVLARGRIDG
FYENP
selected fasta
>hypothetical protein [TMC biosynthetic enzyme L6]
ATGGCACTGCTCGGAAAGTTACTGAAGAACCGGCGCGCGGGTGAGACGGGCCTCGCCTGG
CACGCGCCGCACCTGGCAGGGGCCGAGACCCTGGCCGTGACCAGCCCCGACTTCGGCCAC
GAGACGACGCTCCCGGTGGTACACGCCAACCGCAAGCTGGGCGGGGAGGACGCCTCGCCC
GCGCTCGCCTGGACGGCGGCGCCCGCGGGCACGGCACAACTGCTGCTGGTCGTCGAGGAC
CCTGATGCGCCCACCCCCAAGCCGTTCAACCACGGCGTCTTCCTCATCGAACCGTCGGTG
ACGAGCCTCGCGCGGGGCGCGCTCGACGGCACCAGCCCGGCGGCGGGTGTACGGCCGCTG
CGGTCCGGCAAGGGCGTCGGCTACCTGGGGCCGGCCCCGATCAAGAGCCACGGCCCGCAC
CGGTACGCCTTCCAGCTCTTCGCCCTCGGCGAGCCGATCGCCGCGGACGTGGAGAGCGCC
AAGCCCGCGGCCGTGCTCGCGGCGGCCGGCAGTGTGCTCGCGCGGGGTCGCATCGACGGT
TTCTACGAGAACCCCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR008914 Phosphatidylethanolamine-binding protein PEBP (Family)
[30-184] 6.8e-34 G3DSA:3.90.280.10
G3DSA:3.90.280.10   no description
[30-184] 1.4e-31 SSF49777
SSF49777   PEBP-like
[43-183] 5.1e-24 PF01161
PF01161   PBP
SignalP
[1-28] 0.436 Signal
Bacteria, Gram-negative   
TMHMM No significant hit
Tatmc_00010 Tatmc_00010   Tatmc_00030 Tatmc_00030
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