Tetrn_00040 Tetrn_00040   Tetrn_00060 Tetrn_00060

Tetrn_00050 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 11266
Entry nameTetronomycin
Contig
Start / Stop / Direction6,245 / 6,472 / + [in whole cluster]
6,245 / 6,472 / + [in contig]
Location6245..6472 [in whole cluster]
6245..6472 [in contig]
TypeCDS
Length228 bp (75 aa)
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Category2.1 modification addition of extender units
Productacyl carrier protein
Product (GenBank)acyl carrier protein
Gene
Gene (GenBank)tmn7a
EC number
Keyword
  • glyceroyl-CoA
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[18404760] Analysis of the tetronomycin gene cluster: insights into the biosynthesis of a polyether tetronate antibiotic. (Chembiochem. , 2008)
[18046685] Glyceryl-S-acyl carrier protein as an intermediate in the biosynthesis of tetronate antibiotics. (Chembiochem. , 2008)
comment
[PMID: 18404760](2008)
Streptomyces sp. NRRL 11266におけるtetronomycin (TMN) gene clusterに関する文献。

tmn7a(75 aa): acyl-carrier protein

tmn7a自体の機能実験は行われていないが、相同性よりacyl-carrier proteinであると予測している。

---
[PMID: 18046685](2008)
上記と同じグループのtetronate生合成に関する報告。

珍しいtetronate ringのあるtetronomycin, chlorothricinの生合成clusterにはFkbH-like proteinが含まれる。そのtetronate生合成経路を明らかにするため、FkbH-like proteinとACPをHis-tag付きで精製し、これを用いてglyceryl-S-ACPの形成を質量分析で検出している。

使用されているのは、
・tetronomycin clusterのTmn16 and Tmn7a
・chlorothricin clusterのChlD2
・concanamycin clusterのCon4* and Con2*

FkbH-like protein Tmn16は、D-1,3-bisphosphoglycerateからACPであるTmn7a or ChlD2へ効率的にglyceryl部分を移動し、glyceryl-S-ACPを形成した。よってglyceryl-S-ACPはtetronate生合成の中間体であると考えられる。

また、Tmn16 and Tmn7aは知られた伸長unit(methoxymalonyl-ACP)生合成経路由来のconcanamycin genes Con4* and Con2*とは反応しなかった。
Related Reference
ACC
Q0R4L7
NITE
Chth_00370
PmId
[18586939] Cloning and characterization of the tetrocarcin A gene cluster from Micromonospora chalcea NRRL 11289 reveals a highly conserved strategy for tetronate biosynthesis in spirotetronate antibiotics. (J Bacteriol. , 2008)
comment
<ChlD2, Streptomyces antibioticus, BLAST 6; id=56%>

Micromonospora chalceaにおけるtetrocarcin A gene clusterに関する文献であるが、spirotetronate antibioticsに共通して保存されているtetronate biosynthesisについて調べており、その過程で、同じspirotetronate antibioticsであるchlorothricin gene cluster中の遺伝子chlD1-chlD4について実験を行っている。

chlD1とchlD2をそれぞれE. coliで発現させて精製し、in vitroで機能を調べている。
ChlD2をCoA, Sfpと共にインキュベートすると、nonfunctionalなapo-formからfunctionalなholo formに変換されることをHPLC, MALDI-TOF MS解析によって示している。
また、精製したChlD1をATP, Mg2+, D-3-PG, TCEP, PGKと共にインキュベートし、holo-ChlD2を加えた結果、glycerol-ChlD2に変換されていることをHPLCとMALDI-TOF MSを使った解析によって確認している。

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selected fasta
>acyl carrier protein [acyl carrier protein]
MTTIDDLVVLIRDELGLPVSVEDADRPLDEIAGWDSVHLLWLTAAIERRTGRSVSLPDLL
EAGSLNGIHKAAVAA
selected fasta
>acyl carrier protein [acyl carrier protein]
ATGACGACCATCGACGATCTTGTGGTGCTGATCCGTGACGAACTGGGGCTGCCGGTGTCC
GTCGAGGACGCCGACCGGCCTCTGGACGAGATCGCCGGCTGGGACTCGGTGCACCTGCTC
TGGCTGACGGCGGCGATCGAGCGCCGCACCGGCCGCAGCGTGTCGCTGCCGGACCTGCTG
GAAGCCGGCAGCCTCAACGGCATCCACAAGGCGGCGGTCGCGGCGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR009081 Acyl carrier protein-like (Domain)
[3-66] 3.4e-06 G3DSA:1.10.1200.10
G3DSA:1.10.1200.10   ACP_like
[3-75] 1e-06 SSF47336
SSF47336   ACP_like
[6-67] 5.60000000000001e-07 PF00550
PF00550   PP-binding
SignalP
[1-24] 0.094 Signal
Bacteria, Gram-positive   
TMHMM No significant hit
Tetrn_00040 Tetrn_00040   Tetrn_00060 Tetrn_00060
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