Tetrn_00220 : CDS information

Location

Organism	Streptomyces sp.
Strain	NRRL 11266
Entry name	Tetronomycin
Contig	AB193609
Start / Stop / Direction	86,793 / 88,694 / + [in whole cluster] 86,793 / 88,694 / + [in contig]
Location	86793..88694 [in whole cluster] 86793..88694 [in contig]
Type	CDS
Length	1,902 bp (633 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	glyceroyl-ACP biosynthesis protein 1,3-bisphospho-D-glycerate phosphatase/glyceroyltransferase
Product (GenBank)	hypothetical protein
Gene
Gene (GenBank)	tmn16
EC number
Keyword	glyceroyl-CoA
Note
Note (GenBank)	38% identity with the predicted enzyme involved in methoxymalonyl-ACP biosynthesis from Nostoc punctiforme (ZP_00110100.1)
Reference	ACC Q1MX67 PmId [18404760] Analysis of the tetronomycin gene cluster: insights into the biosynthesis of a polyether tetronate antibiotic. (Chembiochem. , 2008) [18046685] Glyceryl-S-acyl carrier protein as an intermediate in the biosynthesis of tetronate antibiotics. (Chembiochem. , 2008) comment [PMID: 18404760](2008) Streptomyces sp. NRRL 11266におけるtetronomycin (TMN) gene clusterに関する文献。 tmn16(633 aa): phosphatase and glyceryl transferase tmn16の変異株ではTMN生産が消失し、tmn16の遺伝子を相補することでTMN生産が回復することが示されている。また、Tmn16が1,3-bisphosphoglycerateから生産されるglyceryl-Tmn7 proteinを触媒する結果が得られている事(PMID: 18046685)が記されている。 --- [PMID: 18046685](2008) 上記と同じグループのtetronate生合成に関する報告。珍しいtetronate ringのあるtetronomycin, chlorothricinの生合成clusterにはFkbH-like proteinが含まれる。そのtetronate生合成経路を明らかにするため、FkbH-like proteinとACPをHis-tag付きで精製し、これを用いてglyceryl-S-ACPの形成を質量分析で検出している。使用されているのは、・tetronomycin clusterのTmn16 and Tmn7a ・chlorothricin clusterのChlD2 ・concanamycin clusterのCon4* and Con2* FkbH-like protein Tmn16は、D-1,3-bisphosphoglycerateからACPであるTmn7a or ChlD2へ効率的にglyceryl部分を移動し、glyceryl-S-ACPを形成した。よってglyceryl-S-ACPはtetronate生合成の中間体であると考えられる。また、Tmn16 and Tmn7aは知られた伸長unit(methoxymalonyl-ACP)生合成経路由来のconcanamycin genes Con4* and Con2*とは反応しなかった。
Related Reference	ACC Q0R4L8 NITE Chth_00360 PmId [18586939] Cloning and characterization of the tetrocarcin A gene cluster from Micromonospora chalcea NRRL 11289 reveals a highly conserved strategy for tetronate biosynthesis in spirotetronate antibiotics. (J Bacteriol. , 2008) comment <ChlD1, Streptomyces antibioticus, BLAST 2; id=58%> Micromonospora chalceaにおけるtetrocarcin A gene clusterに関する文献であるが、spirotetronate antibioticsに共通して保存されているtetronate biosynthesisについて調べており、その過程で、同じspirotetronate antibioticsであるchlorothricin gene cluster中の遺伝子chlD1-chlD4について実験を行っている。 chlD1とchlD2をそれぞれE. coliで発現させて精製し、in vitroで機能を調べている。精製したChlD1をATP, Mg2+, D-3-PG, TCEP, PGKと共にインキュベートし、holo-ChlD2を加えた結果、glycerol-ChlD2に変換されていることをHPLCとMALDI-TOF MSを使った解析によって確認し、ChlD1によってglyceroyl groupがACPに導入され、AT activityとphosphatase activityの両方の活性が生じる事が示されている。

Sequence

>glyceroyl-ACP biosynthesis protein [hypothetical protein]
MSAAPAPPPTAPDPVAELHRSGSLVAEYPRLPALLRELGENERQRAGRLLSRLSPDEVLA
AHPGIPTVSVAVTGHGTVAGLVPPLTMELARHGMLLRPHVADFGGWLFDLADPASEVYAA
GTDLVVCLPAAGIVFDEVPRPWRPEDVERVLTEKVHLLGKLAATHGTSGSGTLVYTTMPL
PREFTSQLVDHRSRARLGAVWREGNARLLGLMDEHPGLVVLDLDPVLSGPAALAEPRLET
YAGTPFAAELTAAVAREVAHLARGRSGRAKKVLAVDLDNTLWGGVLGDDGPEGIEVADGR
TGRAFQRMQRVVKQLASRGVLVAAVSKNDLEPVREVLREHQEMTLREDDFVRVVANWAPK
HDNLRALAEDLNVGLDSFVFADDSPYECGLVASELPEVTVLHLDGDPALHAERLLADGWF
DVRDLTDDDVRRPERYREELVRKDFLDSFSSLDDYLRELDVRVELSAAAEADVPRVAQLT
QRTNQFNLTTRRLQQDEVASLAGSPGNMVLAIRCGDRFGDNGLVGAVFVRTDGPVWHVDN
FLLSCRVFARGIEQGCLAALLEHARAEGAEAVAARYVPSTKNGKVRDFYPRNGFDAHGQS
EDGTADFRHELLEIGAVPGHLDLTVRWEQEGTR

>glyceroyl-ACP biosynthesis protein [hypothetical protein]
GTGTCCGCTGCCCCCGCTCCCCCGCCCACCGCTCCGGATCCCGTCGCGGAGCTGCACCGG
TCCGGCAGCCTGGTCGCGGAGTACCCGAGACTCCCCGCGCTGCTCCGGGAGCTCGGCGAG
AACGAACGGCAGCGCGCCGGGCGGCTGCTGTCCCGCCTGTCCCCCGACGAGGTGCTCGCG
GCCCACCCCGGCATCCCGACGGTGTCCGTCGCGGTGACCGGGCACGGCACGGTCGCCGGC
CTCGTGCCGCCGCTCACCATGGAGCTGGCCCGGCACGGCATGCTGCTGCGCCCCCACGTC
GCGGACTTCGGCGGCTGGCTCTTCGACCTCGCGGACCCCGCCAGCGAGGTCTACGCCGCC
GGCACCGACCTCGTGGTGTGCCTGCCGGCCGCCGGGATCGTCTTCGACGAGGTGCCGCGC
CCGTGGCGGCCCGAGGACGTCGAGCGGGTGCTGACCGAGAAGGTGCACCTCCTCGGCAAG
CTCGCCGCCACCCACGGCACTTCGGGCTCCGGCACCCTCGTCTACACCACGATGCCGCTC
CCCCGGGAGTTCACCTCCCAGCTCGTGGACCACCGCTCCCGCGCCCGGCTCGGCGCCGTG
TGGCGCGAGGGCAACGCGCGGCTGCTCGGGCTCATGGACGAGCACCCCGGTCTCGTGGTC
CTCGATCTCGACCCGGTCCTCTCCGGGCCCGCGGCCCTCGCCGAGCCCCGCCTGGAGACC
TACGCCGGCACGCCCTTCGCCGCGGAGCTGACCGCCGCCGTCGCGCGCGAGGTCGCGCAC
CTCGCCCGCGGCCGGTCGGGGCGGGCGAAGAAGGTACTCGCGGTCGACCTGGACAACACC
CTGTGGGGCGGCGTGCTCGGCGACGACGGCCCGGAGGGCATCGAGGTCGCCGACGGCCGT
ACGGGGCGCGCGTTCCAGCGCATGCAGCGCGTGGTCAAGCAGCTCGCCTCGCGCGGGGTG
CTCGTGGCCGCCGTCAGCAAGAACGACCTGGAGCCCGTGCGCGAGGTGCTCCGCGAGCAC
CAGGAGATGACGCTGCGCGAGGACGACTTCGTCCGGGTGGTCGCCAACTGGGCGCCCAAG
CACGACAACCTGCGCGCGCTCGCCGAGGACCTCAACGTGGGCCTCGACTCGTTCGTCTTC
GCCGACGACAGCCCGTACGAGTGCGGCCTGGTGGCCAGCGAGCTGCCCGAGGTCACCGTG
CTCCACCTCGACGGCGACCCGGCGCTGCACGCCGAACGGCTGCTGGCCGACGGCTGGTTC
GACGTGCGCGACCTCACCGACGACGACGTCCGCCGCCCCGAGCGCTACCGCGAGGAGCTG
GTCCGCAAGGACTTCCTCGACTCCTTCTCGTCGCTCGACGACTACCTGCGGGAGCTGGAC
GTACGGGTCGAGCTGAGCGCCGCCGCGGAGGCCGACGTGCCGCGCGTGGCCCAGCTCACC
CAGCGCACCAACCAGTTCAACCTGACCACGCGGCGGCTCCAGCAGGACGAGGTCGCCTCC
CTGGCCGGCTCGCCGGGGAACATGGTGCTGGCCATCCGCTGCGGCGACCGCTTCGGGGAC
AACGGACTGGTCGGTGCGGTGTTCGTACGGACCGACGGGCCCGTGTGGCACGTCGACAAC
TTCCTGCTGAGCTGCCGGGTCTTCGCCCGCGGCATCGAGCAGGGCTGCCTCGCCGCGCTG
CTGGAGCACGCCCGGGCCGAGGGGGCCGAGGCCGTGGCGGCGCGGTACGTGCCGTCGACG
AAGAACGGCAAGGTCAGGGACTTCTATCCACGGAACGGCTTCGACGCCCACGGGCAGTCC
GAGGACGGGACGGCCGACTTCCGGCACGAGCTGCTGGAGATCGGCGCGGTGCCCGGCCAC
CTCGATCTGACGGTGCGCTGGGAGCAGGAGGGAACACGATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR000182 GNAT domain (Domain) PF13673 Acetyltransf_10 PS51186 GNAT IPR010033 HAD-superfamily phosphatase, subfamily IIIC (Domain) TIGR01681 HAD-SF-IIIC IPR010037 FkbH domain (Domain) TIGR01686 FkbH IPR016181 Acyl-CoA N-acyltransferase (Domain) SSF55729 Acyl_CoA_acyltransferase G3DSA:3.40.630.30 Acyl_CoA_acyltransferase IPR023214 HAD-like domain (Domain) G3DSA:3.40.50.1000 HAD-like_dom SSF56784 HAD-like_dom
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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