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Virg_00100 : CDS information

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Organism
StrainMAFF 10-06014
Entry nameVirginiamycin
Contig
Start / Stop / Direction38,478 / 37,645 / - [in whole cluster]
10,102 / 9,269 / - [in contig]
Locationcomplement(37645..38478) [in whole cluster]
complement(9269..10102) [in contig]
TypeCDS
Length834 bp (277 aa)
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Category4.1 transcriptional regulator
Productputative LuxR family transcriptional regulator
Product (GenBank)putative two component regulator
Gene
Gene (GenBank)vmsT
EC number
Keyword
  • virginiamycin M
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[17350183] Characterization of biosynthetic gene cluster for the production of virginiamycin M, a streptogramin type A antibiotic, in Streptomyces virginiae. (Gene. , 2007)
[19332826] Hierarchical control of virginiamycin production in Streptomyces virginiae by three pathway-specific regulators: VmsS, VmsT and VmsR. (Microbiology. , 2009)
comment
[PMID:17350183]
virginiamycin M生合成gene clusterの報告。

putative regulators (vmsS, vmsT)のクローニングをしている。
VmsSとVmsTは、highly complex regulatory cascadeだと推測している。機能解析はされていない。


[PMID:19332826]
vms genesの転写解析報告。

VmsSとVmsTは一次代謝や形態分化には関与していないことが示され、また、VmsT欠損株の解析よりvirginiamycin M生合成にたいして経路特異的制御を行うと推察された。
virginiamycin clusterの制御領域にあるVmsR欠損株の転写解析によりvmsSとvmsTの発現はvmsR制御下にあり、これら3つのpathway-specific regulatorsによってvirginiamycin biosynthesisが制御されていると示唆している。

VmsTはResponse regulatorと相同性を示すが、このORFの近隣に同属のsensor kinaseはみあたらず、リン酸化ポケットを形成するための高く保存されたアミノ酸残基を保存していない。N末は他のresponse regulatorsよりも約70aa長かった。したがって、VmsTは典型的なresponse regulators以外の異なる制御的機能を持つかもしれないと推測している。
Family/Domain
FD
IPR000792
comment
[IPR000792] Transcription regulator LuxR, C-terminal (Domain)

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selected fasta
>putative LuxR family transcriptional regulator [putative two component regulator]
MERRAQGWPASSGTAALRVLPGGAGPARPRSSRHTLLPPLADRAAPPAAYPWAPAHDDLV
RSEEPAPDGADTVRVFLLGPDALARAGLRALLESQPGVVVAAEGEPGPRALADLRISCPD
VMVLHGVPDPQLIGLPGSQDPGGTPLLAVGGPDPAEPGPHLNGCLPATVTPADLAAAVRM
AAAGYHLSRRPSRRTADDGGFRRAEVSDVDPDELTARESEVLDLIARGLSNAEIAGALML
SEHTVKSHVQNLLGKLRLRSRVQAVVYAYEIGLRRTR
selected fasta
>putative LuxR family transcriptional regulator [putative two component regulator]
ATGGAACGGCGAGCACAGGGCTGGCCCGCATCCAGTGGGACCGCCGCGCTGCGGGTCCTG
CCCGGCGGAGCCGGGCCGGCCCGGCCCCGCAGCAGCCGCCACACCCTCCTGCCCCCGCTC
GCGGACCGGGCCGCGCCGCCGGCCGCGTACCCGTGGGCGCCGGCCCACGACGACCTCGTT
CGGTCCGAGGAGCCCGCGCCCGACGGTGCGGACACCGTCCGGGTCTTCCTGCTGGGGCCC
GACGCGCTCGCCCGGGCCGGCCTGCGCGCCCTGCTGGAGAGCCAGCCCGGGGTCGTGGTC
GCGGCGGAGGGCGAACCCGGCCCCCGGGCCCTGGCAGACCTGAGGATCAGCTGCCCCGAC
GTCATGGTGCTCCACGGGGTGCCGGACCCGCAGCTGATCGGGTTGCCCGGAAGCCAGGAC
CCCGGCGGGACACCGCTGCTGGCCGTCGGCGGCCCGGATCCGGCCGAACCCGGCCCCCAT
CTGAACGGCTGCCTCCCCGCGACGGTGACGCCCGCGGACCTCGCCGCCGCGGTGCGGATG
GCCGCCGCCGGCTACCACCTGAGCCGTCGGCCGTCCCGGCGGACGGCCGACGACGGAGGA
TTCCGCCGCGCCGAGGTCTCCGACGTCGACCCCGACGAGCTGACGGCCCGGGAGAGCGAG
GTGCTGGACCTGATCGCCCGCGGCCTGTCCAACGCGGAGATCGCCGGTGCGCTGATGCTC
TCGGAGCACACCGTCAAGTCCCATGTGCAGAACCTGCTGGGCAAGCTCCGGTTGCGCAGC
CGCGTCCAGGCGGTGGTCTACGCGTATGAGATCGGGCTGCGGCGAACCCGCTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000792 Transcription regulator LuxR, C-terminal (Domain)
[214-228] 1e-13 PR00038 [228-244] 1e-13 PR00038 [244-256] 1e-13 PR00038
PR00038   HTHLUXR
[207-272] PS50043
PS50043   HTH_LUXR_2
[228-255] PS00622
PS00622   HTH_LUXR_1
[211-268] 1.60000240695997e-26 SM00421
SM00421   HTH_LUXR
[212-268] 4.40000000000001e-20 PF00196
PF00196   GerE
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[205-273] 4.5e-25 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
IPR016032 Signal transduction response regulator, C-terminal effector (Domain)
[192-274] 3.69999438558106e-20 SSF46894
SSF46894   Bipartite_resp_reg_C-effector
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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