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Virg_00160 : CDS information

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Organism
StrainMAFF 10-06014
Entry nameVirginiamycin
Contig
Start / Stop / Direction46,003 / 45,200 / - [in whole cluster]
17,627 / 16,824 / - [in contig]
Locationcomplement(45200..46003) [in whole cluster]
complement(16824..17627) [in contig]
TypeCDS
Length804 bp (267 aa)
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Category1.4 Other
Productputative type II thioesterase
Product (GenBank)thioesterase
Gene
Gene (GenBank)virJ
EC number
Keyword
  • virginiamycin M
  • type II thioesterase
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[17350183] Characterization of biosynthetic gene cluster for the production of virginiamycin M, a streptogramin type A antibiotic, in Streptomyces virginiae. (Gene. , 2007)
comment
virginiamycin M生合成gene clusterの報告。
auxiliary genes,tailoring genesを構成するvir cluster(virB, virC, virD, virE, virI, virJ, virK)の一つ。

相同性よりthioesteraseと予測している。
chain assembly後、ラクトン化によるマクロライド構造を形成するためにVirJにより遊離すると考察している。

本ORFの機能実験は行われていない。
Related Reference
ACC
Q9LAS9
PmId
[12055297] Type II thioesterase from Streptomyces coelicolor A3(2). (Microbiology. , 2002)
comment
Streptomyces coelicolor A3(2)
Thioesterase II

type I PKS genes cluster中に存在するtype II thioesterases (TE IIs), scoTに関する文献。
tylO(thioesterase II) mutantをscoTが相補すること(macrolideを産生)が示されており、tylOと同等の機能を持つことが示されている。

この論文中で提唱しているTEの触媒中心の残基はこのORF内全て保存している。

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selected fasta
>putative type II thioesterase [thioesterase]
MTSNTLRFRPPAGAGHCPRPVPGAALRLFLFHHAGGSHLVYRDWITHFPADWEIHLLDAP
GRGRLTDVPACADAERLVDFFHDEIVLAMDRPFAFFGHSMGGLAAYELTNRLAAEGLPLP
AWLGLSARGAPRQPLPTDNRHRMPDAELRRHLARMGGTPPEVLEDPDIWQLFAPMIRNDL
RLVETWSPRPHTPPLSVPLSVFGGADDVVVSPERLAAWEQYAQRFLGLHLFDGDHFYFRS
RPAEMVRLITEQVRTATAGRPATGAAR
selected fasta
>putative type II thioesterase [thioesterase]
ATGACGAGCAACACCTTGAGGTTCCGCCCGCCGGCCGGAGCGGGCCACTGCCCCCGCCCG
GTCCCGGGAGCGGCCCTGCGCCTGTTCCTGTTCCACCACGCCGGCGGCTCCCACCTGGTG
TACCGCGACTGGATCACGCACTTCCCGGCCGACTGGGAGATCCACCTGCTGGACGCCCCC
GGCCGAGGCCGACTGACCGACGTGCCGGCCTGCGCCGACGCCGAACGGCTGGTGGACTTC
TTCCACGACGAGATCGTGCTCGCGATGGACCGCCCGTTCGCCTTCTTCGGCCACAGCATG
GGCGGCCTGGCCGCCTACGAGCTCACCAACCGGCTGGCCGCCGAGGGGCTGCCGCTCCCC
GCATGGCTCGGCCTGTCGGCCCGCGGCGCGCCGCGGCAGCCGCTCCCGACCGACAACCGC
CACCGCATGCCCGACGCCGAACTCCGCCGGCACCTGGCACGGATGGGCGGCACCCCGCCC
GAGGTCCTGGAAGACCCGGACATCTGGCAGCTGTTCGCTCCGATGATCCGCAACGACCTG
CGGCTGGTGGAGACCTGGAGCCCGCGGCCGCACACGCCGCCGCTGTCCGTCCCGCTGTCC
GTCTTCGGCGGCGCCGACGATGTGGTGGTCTCGCCCGAGCGGTTGGCCGCCTGGGAGCAG
TACGCGCAACGGTTCCTCGGCCTCCACCTCTTCGACGGCGATCACTTCTACTTCCGCAGC
CGCCCCGCCGAGATGGTCCGGCTGATCACCGAACAGGTCCGGACCGCGACGGCGGGCCGC
CCGGCGACGGGAGCGGCGCGATGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001031 Thioesterase (Domain)
[27-251] 3.40000000000004e-40 PF00975
PF00975   Thioesterase
SignalP
[1-36] 0.753 Signal
Eukaryota   
[1-34] 0.323 Signal
Bacteria, Gram-negative   
TMHMM No significant hit
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