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Virg_00330 : CDS information

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Organism
StrainMAFF 10-06014
Entry nameVirginiamycin
Contig
Start / Stop / Direction101,243 / 100,359 / - [in whole cluster]
244 / 1,128 / + [in contig]
Locationcomplement(100359..101243) [in whole cluster]
244..1128 [in contig]
TypeCDS
Length885 bp (294 aa)
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Category4.6 biosynthesis of butyrolactone
Productgamma-butyrolactone biosynthesis enzyme
regulatory protein
Product (GenBank)BarX
Gene
Gene (GenBank)barX
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[10792718] Identification of an AfsA homologue (BarX) from Streptomyces virginiae as a pleiotropic regulator controlling autoregulator biosynthesis, virginiamycin biosynthesis and virginiamycin M1 resistance. (Mol Microbiol. , 2000)
[19778967] Null mutation analysis of an afsA-family gene, barX, that is involved in biosynthesis of the {gamma}-butyrolactone autoregulator in Streptomyces virginiae. (Microbiology. , 2010)
comment
[PMID:10792718]
barX deletion mutant作製し、クローニング、機能解析している論文。

BarX 欠損株は、Virginamycin Mに対してWTよりsensitiveになった。生育や形態的には影響なかったが、Virginamycin M1とVirginamycin Sの生産量は減少した。
また、barZ,orf2,varM,orf5の発現は抑制され、barB,varSの発現は抑制解除された。

BarXはBarAのco-repressorとして機能している可能性が示唆され、protein-proteinの相互作用を通じてBarAのDNA-binding活性を行っていると考察。


[PMID:19778967]
barXが属するafsA-family gene機能同定論文。

barXはVB生産のためのregulatory pathwayに関与する。
barX null mutant作製により、BarXはvirginiamycin生産を誘発するために必須であるVBの生合成にpositive roleを行うと推測。

AfsAはBarXの機能を相補できたことから、BarXはS.virginiaeのvirginiae butanolide生合成で働く触媒酵素であることが示唆された。

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selected fasta
>gamma-butyrolactone biosynthesis enzyme [BarX]
MTSTVPRELVHRAAVAEVFLTGWSRTAENRFALTAQWPRAHSYFTPVNGCYDPLLASETI
RQVGTLLSHAEFGVSFGDQFLMWDLHHSVRPEQAGVGAAPADLELDVICSDIRRRGRRLA
GMRYEVTLYCGGQVIATGGAAFDCTSPAVYQRLRGDRVGATGVRPLPQPLAPASVGRFLT
TDVVLSATERPLEWQLRVDEQHPVLFDHPVDHVPGMVLMESARQAAQAIDPSRPFLPTTM
RSEFSRYAELDRPCWIQAEPLPAADNGDRQVRVTGHQDDTTVFSCLIGTRGAAE
selected fasta
>gamma-butyrolactone biosynthesis enzyme [BarX]
ATGACCAGCACGGTTCCGCGGGAGCTGGTCCACCGGGCGGCGGTCGCCGAAGTGTTTCTG
ACGGGATGGAGCCGGACCGCGGAGAACCGATTCGCCCTGACGGCGCAGTGGCCCAGGGCG
CACAGCTACTTCACCCCGGTGAACGGCTGCTACGACCCGCTGCTGGCCTCCGAAACCATC
CGACAGGTCGGTACCCTTCTCTCCCACGCGGAGTTCGGGGTCTCGTTCGGGGACCAGTTC
CTGATGTGGGACCTTCACCACAGCGTCAGGCCCGAGCAGGCGGGCGTCGGTGCCGCCCCG
GCCGACCTGGAACTGGACGTCATCTGTTCCGACATCCGCCGCCGCGGCCGCCGCCTGGCG
GGCATGCGCTACGAGGTCACCCTCTACTGCGGCGGCCAGGTGATCGCCACCGGCGGCGCC
GCCTTCGACTGCACCAGCCCCGCCGTCTACCAGCGGCTGCGCGGTGACCGGGTCGGTGCC
ACGGGCGTGCGGCCCCTGCCGCAGCCGCTCGCCCCCGCGTCGGTCGGCCGCTTCCTCACC
ACGGACGTCGTCCTGTCCGCCACCGAGCGTCCGCTGGAGTGGCAGCTGCGGGTGGACGAA
CAGCATCCCGTGCTCTTCGACCACCCTGTCGACCACGTTCCCGGCATGGTGCTGATGGAG
TCCGCCCGCCAGGCCGCCCAGGCCATCGACCCGTCCCGGCCGTTCCTGCCGACCACGATG
CGCTCCGAGTTCAGCCGGTACGCGGAGCTCGACAGGCCCTGCTGGATACAGGCGGAGCCG
CTGCCCGCGGCCGACAACGGCGACCGGCAGGTCCGCGTCACCGGCCACCAGGACGACACC
ACCGTCTTCAGCTGCCTGATCGGGACCCGAGGCGCAGCCGAGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR005509 A-factor biosynthesis hotdog domain (Domain)
[9-144] 6.29999999999998e-39 PF03756 [175-289] 1.70000000000001e-34 PF03756
PF03756   AfsA
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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