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Azino_00050 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 2485 (=NBRC 13928)
Entry nameAzinomycin B
Contig
Start / Stop / Direction11,548 / 10,796 / - [in whole cluster]
11,548 / 10,796 / - [in contig]
Locationcomplement(10796..11548) [in whole cluster]
complement(10796..11548) [in contig]
TypeCDS
Length753 bp (250 aa)
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Category1.4 Other
Productputative type II thioesterase
Product (GenBank)Azi4
GeneaziA7
Gene (GenBank)azi4
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • thioesterase II
Reference
ACC
PmId
[18635006] Characterization of the azinomycin B biosynthetic gene cluster revealing a different iterative type I polyketide synthase for naphthoate biosynthesis. (Chem Biol. , 2008)
comment
Azinomycin B生合成遺伝子クラスターの報告。

aziA7: Thioesterase

azinomycin Bのcluster内にdiscrete TEは3つあり(AziA6, AziA7, AziA8)。
aziA6, aziA7は、NRPSであるaziA3, aziA4と遺伝的に連結している。とりわけaziA6はそのスタートストップがoverlapしていることから、12kbpの巨大なオペロンの中でaziA3, aziA4のNRPS genesと翻訳共役されていると推測している。
Related Reference
ACC
Q7BUF9
NITE
Rifam_00540
PmId
[19103602] Structure and functional analysis of RifR, the type II thioesterase from the rifamycin biosynthetic pathway. (J Biol Chem. , 2009)
comment
Amycolatopsis mediterranei_rifR
RifR
rifamycinの生合成遺伝子

RifRは、acyl-CoAsよりもacyl carrier domainのphosphopantetheinyl armからのacyl unitsを加水分解する(Steady-state kinetics)。
helical lidの運動が、RifR active siteへの基質のアクセスを調節する(立体構造解析)。

RifRがCoA基質よりACP基質への反応を好むことは、type II thioesteraseがcarrier domainsから異常unitsを除くようなhousekeeping functionsをすると考えられていることに一致する。
ACC
Q846W2
NITE
Monen_00290
PmId
[16984884] Identification of NanE as the thioesterase for polyether chain release in nanchangmycin biosynthesis. (Chem Biol. , 2006)
comment
Streptomyces cinnamonensis_monAX
Thioesterase

対照実験として。
MonAXはdiketide-SNACを加水分解したが、polyether-SNACを加水分解しなかった。
よって、polyether鎖の放出には関与しない。

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selected fasta
>putative type II thioesterase [Azi4]
MEPRQRRWFLREPSPDARMLLLCMPYSGCGASMYRAWPATIGEAEVVPLQLPWRENRMRE
PHFGTYEELAAALLDDVGELLTSRPYALFGHCGGALPAFETVIGIAERGLPAPVRYFVSS
QVAPQDGPWGRFLGLDDQGLRDEIAGLLTAMGAAASADELVDLFIDVMHADLEANRKYFR
PAGTVPCPITALGWDDDVEVPHRLMGGWQAWAPTDKVVLPGTHYTFLDAPSALVRVLADR
LTLGSGSLAP
selected fasta
>putative type II thioesterase [Azi4]
ATGGAGCCCCGTCAGCGGCGCTGGTTCCTGCGCGAGCCGTCGCCCGACGCCCGGATGCTG
CTGCTGTGCATGCCGTACTCCGGGTGCGGCGCCTCCATGTACCGGGCCTGGCCCGCCACC
ATCGGTGAGGCGGAGGTGGTCCCGCTGCAACTGCCCTGGCGGGAGAACCGGATGCGCGAG
CCGCACTTCGGCACCTACGAGGAGCTGGCCGCCGCGCTGCTGGACGACGTCGGGGAGCTG
CTGACCTCCCGGCCCTACGCGCTGTTCGGGCACTGCGGGGGCGCCCTGCCGGCGTTCGAG
ACGGTGATCGGGATCGCGGAGCGCGGGCTGCCCGCGCCGGTGCGGTATTTCGTGTCGAGT
CAGGTGGCTCCGCAGGACGGTCCCTGGGGTCGTTTCCTCGGGCTGGACGACCAGGGTCTG
CGGGACGAGATCGCCGGGCTGCTGACCGCGATGGGCGCCGCCGCCTCCGCCGACGAGCTC
GTCGACCTGTTCATCGACGTGATGCACGCCGATCTGGAGGCCAACCGGAAGTACTTCCGT
CCGGCCGGTACGGTGCCCTGCCCCATCACCGCGCTGGGCTGGGACGACGATGTCGAGGTA
CCGCACCGTCTGATGGGCGGCTGGCAGGCCTGGGCGCCCACGGACAAGGTGGTCCTGCCG
GGGACCCACTACACCTTCCTGGACGCGCCGTCCGCGCTGGTCCGGGTACTGGCGGACCGT
CTCACCCTCGGCTCCGGCTCCCTCGCGCCGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001031 Thioesterase (Domain)
[21-238] 3.5e-18 PF00975
PF00975   Thioesterase
SignalP
[1-31] 0.413 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
Azino_00040 Azino_00040   Azino_00060 Azino_00060
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