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Azino_00205 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 2485 (=NBRC 13928)
Entry nameAzinomycin B
Contig
Start / Stop / Direction29,496 / 29,675 / + [in whole cluster]
29,496 / 29,675 / + [in contig]
Location29496..29675 [in whole cluster]
29496..29675 [in contig]
TypeCDS
Length180 bp (59 aa)
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Category2.1 modification addition of extender units
Productputative glutamate/alpha-aminoadipate carrier protein LysW
Product (GenBank)
Gene
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • aziridino[1,2a]pyrrolidinyl amino acid
Note
  • This ORF was originally created by DoBISCUIT based on description in following publication. Ref. PMID: 19620981
Note (GenBank)
Reference
PmId
[18635006] Characterization of the azinomycin B biosynthetic gene cluster revealing a different iterative type I polyketide synthase for naphthoate biosynthesis. (Chem Biol. , 2008)
comment
Azinomycin B生合成遺伝子クラスターの報告。

このAzi gene clusterのcloning, sequence解析ではこのORFが取得されていないため、特に記述なし。
[PMID:19620981]で参照論文として採用されている。
Related Reference
ACC
Q9ZND7
PmId
comment
Blast id51%
Thermus thermophilus HB27_orfF
OrfF (UniProt, GenBank)
LysW (PubMed)

LysXはalpha-aminoadipate(AAA)に対するアミノ受容体として低分子蛋白質のC末端glutamate基を利用することから、その低分子蛋白質の候補としてLysXの上流にあり、C末端にEDWGE保存配列をもつ54a.a.のLysWが取得された。

LysWのE54A変異株を作製。この株はlysineを生産出来なかったことから、LysWのGlu54はlysine生合成に必須であることが示された。

まず、AAAはLysWのC末Glu54のgamma-carboxyl基に付着され、それからその側鎖はLysW結合型でlysyl側鎖へと変換されることが示された。つまりLysWは、AAAのアミノ基に対するN-修飾基としてだけでなく、carrier protein や protein scaffoldとしても機能することが明らかとなった。


本論文にて、azinomycin BのAziC7とAziC4の間に59a.a.のLysWと相同性を示すputative ORFを見つけ、その配列に保存された4つのシステイン残基と特異的配列[EDWGE]を見つけたと記述あり。しかし、azinomycin B cluster論文では遺伝子としてannotateされていないORFであると記載あり。
このORFが見つかったことから、類似したLysX-LysW systemが一次代謝だけでなく二次代謝のためにも使われると示唆されている。

---
UniProtではQ5SH22: T.thermophilus (strain HB8)のrefとして[PMID:19620981]が登録されているが、この論文で使用されているのはstrain HB27である。

Q9ZND7はstrain HB27のORFで、Q5SH22とAA配列が100%一致している。
Q72HE5は[PMID:19620981]でref採用されているstrain HB27のゲノムシークエンス論文[PMID:15064768]で登録されたORFだが32aaしかなく、Q9ZND7のC末側と完全一致する。

以上からQ9ZND7をstrain HB27でのLysWに相当するentryとして採用した。
ACC
Q4JAQ0
PmId
comment
Blast id43%
Sulfolobus acidocaldarius_lysW(argW)
Alpha-aminoadipate/glutamate carrier protein LysW

S.acidocaldariusでは、lysine生合成だけでなく、arginine生合成においてもLysWが使用されることを見つけた。lysine生合成ではalpha-aminoadipate(AAA)の、arginine生合成ではglutamateのアミノ基を保護し、それぞれはlysine と ornithineへと変換される。

ArgXとLysWの複合体で結晶構造を測定している。
結晶構造解析ではS.tokodaii genes(ArgX: Q970U6, LysW: Q976J8)を用いている。

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selected fasta
>putative glutamate/alpha-aminoadipate carrier protein LysW
MTTALSVPCPECAGTLEVRPDVLAAEIVVCGQCSSELEVVATGPVVLALAPEVEEDWGE
selected fasta
>putative glutamate/alpha-aminoadipate carrier protein LysW
ATGACTACGGCGCTGAGCGTGCCGTGTCCCGAGTGCGCCGGGACGCTGGAGGTACGCCCT
GATGTGCTCGCCGCCGAGATCGTGGTCTGCGGACAGTGTTCGAGCGAGCTCGAGGTCGTG
GCGACCGGGCCCGTGGTGCTGGCCCTCGCTCCGGAGGTCGAAGAGGACTGGGGCGAGTAG

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro No significant hit
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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