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Azino_00300 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 2485 (=NBRC 13928)
Entry nameAzinomycin B
Contig
Start / Stop / Direction46,593 / 47,456 / + [in whole cluster]
46,593 / 47,456 / + [in contig]
Location46593..47456 [in whole cluster]
46593..47456 [in contig]
TypeCDS
Length864 bp (287 aa)
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Category2.1 modification addition of extender units
Productputative alpha-amino acid--LysW ligase
Product (GenBank)Azi30
GeneaziC2
Gene (GenBank)azi30
EC number
Keyword
  • aziridino[1,2a]pyrrolidinyl amino acid
Note
Note (GenBank)
  • ribosomal protein S6 modification protein
Reference
ACC
PmId
[18635006] Characterization of the azinomycin B biosynthetic gene cluster revealing a different iterative type I polyketide synthase for naphthoate biosynthesis. (Chem Biol. , 2008)
comment
Azinomycin B生合成遺伝子クラスターの報告。

aziC2: Lysine biosynthesis enzyme LysX

AziC2-C11は、3つめのbuilding blockであるaziridino[1,2a]pyrrolidinyl amino acidの生合成に関与すると想定される。

AziC2は細菌のlysine生合成経路で2-aminoadipateのN-acetylationを触媒するLysXと相同性を示すことから、aziridino[1,2a]pyrrolidinyl amino acid生合成に関する1st stepは、alpha-amino基の保護により、Gluで始まると示唆される。
Related Reference
ACC
Q72HE6
PmId
comment
Blast id44%
Thermus thermophilus HB27_(TT_C1543)
Ribosomal protein S6 modification protein
complete genome sequence由来

O50144も同じくT. thermophilus HB27での配列だが、同じ領域に相補ORF(lysR)が同定されており、実験報告もある。AA配列はQ72HE6と100%一致する。

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[PMID:19620981](2009)
この論文はQ5SH23: T.thermophilus (strain HB8)のrefとして登録されているが、使用されているのはstrain HB27である。

LysXは、ATPを用いたリン酸化で活性化されたLysWのGlu54のgamma-carboxyl基にalpha-aminoadipate(AAA)のアミノ基がアタックすることでLysW-gamma-AAAを形成する、と提唱。

反応で放出される無機リン酸をモニターすることで、LysXの活性を測定している。1.5mMのwild-type LysW, AAA, ATPをLysXとインキュベーションしたら、1.5mMのリン酸が放出された。

LysWの代わりにLysW (E54A) または APE_1462a(C末にEDWGEを保存しているAeropyrum pernixでのLysW homolog)を使うと無視できるくらいのリン酸しか放出しかなかったので、LysXはLysWのC末glutamate残基だけでなく、LysWの他の部分（たぶん球状のドメイン）も特異的に認識する。

LysW, AAA, ATPに対するLysXのkinetic parametersを測定。
LysWに対するKm値は、AAA, ATPより著しく低い。

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cf.[PMID:22712232](2012) Article in Japanese
LysX/LysWを介したアミノ酸修飾システムに関し、日本語で概要が読める。
ACC
Q4J8E7
PmId
comment
Blast id32%
Sulfolobus acidocaldarius_argX(Saci_1621)
Glutamate--LysW ligase ArgX

S. acidocaldariusの2つのLysX homologs(Saci_0754 and Saci_1621)をin vitroとin vivoで特徴づけ。
Saci_0754(LysX)がSaci_0753(LysW)へのalpha-aminoadipate(AAA)のアミノ基の結合を触媒すること、Saci_1621(ArgX)が同じLysW proteinへglutamateのアミノ基の結合を触媒することが、実験で明らかになった。

また、S. tokodaiiのLysW, ArgX ortholog、T. thermophilus HB27のLysXを用いて結晶構造解析をし、基質識別のためのAAを指摘している。

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selected fasta
>putative alpha-amino acid--LysW ligase [Azi30]
MPIAVVASRIRREERLILEAFERLGLRCEHVDPRGLRLLLADGRPPYRAALMREVSHSRA
ASVATTLEALGVPTYNRPRVLDVCGDKLRTALAFHSAGLRMPQAAATWGTGAALEAMPKL
GYPVVVKPVTGSWGHLTTRVRDEEQGRAVLEHRAALPNPQQHVFFLQEHIDKPGRDIKAY
VAGDRVICAIYKNAVDDWRTNTAIGGAATPCPITPELTELAVAAAHAVGGGFLGVDLLID
QQERLYANEVNHTPEFHGAVDATGIDVAQGIVEWAVAEIEAQERAAA
selected fasta
>putative alpha-amino acid--LysW ligase [Azi30]
ATGCCCATAGCCGTGGTCGCCTCCCGGATACGCCGCGAGGAGCGGCTGATCCTCGAAGCG
TTCGAGCGGCTCGGGCTGCGCTGCGAGCACGTCGATCCGCGCGGGCTCAGGCTGCTGCTC
GCCGACGGCCGGCCGCCCTACCGGGCCGCGCTCATGCGCGAAGTGAGCCACAGCCGTGCC
GCCTCCGTAGCGACCACGCTGGAAGCGCTCGGGGTCCCCACCTACAACAGGCCCCGCGTA
CTGGACGTCTGCGGCGACAAACTGCGCACCGCCCTCGCCTTCCACAGCGCCGGGCTCCGG
ATGCCGCAGGCCGCGGCGACCTGGGGCACGGGGGCGGCCCTGGAAGCGATGCCCAAGCTC
GGGTACCCCGTCGTGGTCAAACCCGTCACCGGTTCGTGGGGACACCTGACCACGCGCGTC
CGCGACGAGGAGCAGGGCCGGGCCGTTCTCGAACACCGTGCCGCCCTGCCGAACCCGCAG
CAGCACGTCTTCTTCCTGCAGGAGCACATCGACAAACCCGGGCGCGACATCAAGGCCTAC
GTCGCGGGTGACCGGGTGATCTGCGCGATCTACAAGAACGCGGTCGACGACTGGCGGACC
AACACCGCCATCGGAGGCGCGGCGACCCCCTGTCCGATCACCCCCGAACTGACGGAGCTC
GCCGTCGCGGCGGCACACGCGGTAGGAGGCGGGTTCCTCGGCGTCGACCTGCTCATCGAC
CAGCAGGAGCGCCTCTACGCCAACGAGGTCAACCACACCCCCGAGTTCCACGGCGCCGTC
GACGCGACCGGGATCGACGTCGCGCAAGGCATCGTCGAGTGGGCCGTCGCGGAGATCGAG
GCACAGGAAAGGGCGGCGGCATGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR004666 Ribosomal S6 modification enzyme RimK/Lysine biosynthesis enzyme LysX (Family)
[3-275] 1.99999999999999e-70 TIGR00768
TIGR00768   RimK_fam
IPR011761 ATP-grasp fold (Domain)
[91-276] PS50975
PS50975   ATP_GRASP
IPR013651 ATP-grasp fold, RimK-type (Domain)
[85-274] 1.70000000000001e-38 PF08443
PF08443   RimK
IPR013815 ATP-grasp fold, subdomain 1 (Domain)
[78-152] 1.1e-12 G3DSA:3.30.1490.20
G3DSA:3.30.1490.20   ATP_grasp_subdomain_1
IPR013816 ATP-grasp fold, subdomain 2 (Domain)
[174-270] 7.4e-11 G3DSA:3.30.470.20
G3DSA:3.30.470.20   ATP_grasp_subdomain_2
IPR016185 Pre-ATP-grasp fold (Domain)
[2-86] 1.89999859865865e-17 SSF52440
SSF52440   PreATP-grasp-like
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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