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Madu_00160 : CDS information

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Organism
StrainATCC 39144
Entry nameMaduropeptin
Contig
Start / Stop / Direction24,584 / 25,630 / + [in whole cluster]
24,584 / 25,630 / + [in contig]
Location24584..25630 [in whole cluster]
24584..25630 [in contig]
TypeCDS
Length1,047 bp (348 aa)
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Category3.2 modification methylation
Product6-methylsalicylyl-CoA C-3 C-methyltransferase
Product (GenBank)C-methyltransferase
Gene
Gene (GenBank)mdpB1
EC number2.1.1.-
Keyword
  • 3,6-dimethylsalicylic acid
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[17918933] Characterization of the maduropeptin biosynthetic gene cluster from Actinomadura madurae ATCC 39144 supporting a unifying paradigm for enediyne biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2007)
[20718468] Enediyne antitumor antibiotic maduropeptin biosynthesis featuring a C-methyltransferase that acts on a CoA-tethered aromatic substrate. (J Am Chem Soc. , 2010)
comment
Maduropeptin生合成遺伝子クラスターの報告

mdpB1: C-Methyltransferase

MdpB,MdpB1,MdpB2が3,6-dimethylsalicylyl-CoA biosynthesisに関与するとしている。MdpB3がenedyine coreへの3,6-dimethylsalicylic acid moietyの付着に関与するとしている。

MdpB1はS-adenosylmethionine binding motifを持っており、3,6-dimethylsalicylic acid産生のためのC-methyltransferase activityを触媒すると推測している。

機能推定は配列解析から。


[PMID:20718468]
MdpB1,MdpB2の機能解析

mdpB1を大腸菌にて過剰発現・精製し、6-methylsalicylic acidを合成したことを確認した。実験した全ての条件下でS-adenosyl-L-methionine存在下で6-methylsalicylic acidをメチル化出来なかったことから、提案してきた経路を改変する必要性を認めた。

MdpB2についても大腸菌で発現・精製し、in vitroで予測されたCoA ligase activityを確かめた。ATP or CoA存在下でMdpB2とともに6-methylsalicylic acidをincubaeさせると、新規産物が得られた。これは、CoA thioesterと一致した。つまり、MdpB2はMdpB1よりも以前に反応することを示した。

反応速度論的解析により、MdpB1はCoA-tethered aromatic substrateに特異的なC-methyltransferaseであることを示した。
Related Reference
ACC
C0JWB3
NITE
Polk_00180
PmId
[19266534] Organisation of the biosynthetic gene cluster and tailoring enzymes in the biosynthesis of the tetracyclic quinone glycoside antibiotic polyketomycin. (Chembiochem. , 2009)
comment
Streptomyces diastatochromogenes_pokMT1
PokMT1

polyketomycin生合成clusterの解析論文。

pokMT1: C-methyltransferase

PokMT1はSAM-dependent methyltransferaseであると配列解析から提唱される。

pokMT1不活化mutantは、主要産物として3,6-dimethyl-salicylic acid部分を含まないpolyketomycin(POK-MD1)を産生。
また、6-methyl-salicylic acid部分を持つ化合物POK-MD2もわずかに産生。

よって、PokMT1は6-methyl-salicylic acidのC-3をmethyl化して3,6-dimethyl-salicylic acidを形成する。
POK-MD1>>POK-MD2であることから、3,6-dimethyl-salicylic acidとなってから他の部分と結合すると考えられる。

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selected fasta
>6-methylsalicylyl-CoA C-3 C-methyltransferase [C-methyltransferase]
MVDSRTVTVSEADYLRLIIHGTTAFELLRTALEFELFELLETAGGMDVAETAAALGVDEQ
PARILLLGLTSMKLLERREDGYANSAVARDRLLRSGRRFLGPLVDVQAEVINRALPDFAE
AMRRNTNVGLRHITGPGTTLYERLTAHPDLQRIFYANMGDASRYAFAQLLDLYDFSGVRH
VLDLGGGDGTNSLHLARRRPGLEATVFDQESVVRLAADRIEDPDLRKRVHFHAGDLFADP
FPDGCDAILYFHIFEIWSLERNTELLRKCHAALPEGGVCVVYNFTSDDAGTGPMSAGLVS
PYFLTLASGEGMAYAPDDMERAVRDAGFSRVDRRQDLGFGHTLVVGRK
selected fasta
>6-methylsalicylyl-CoA C-3 C-methyltransferase [C-methyltransferase]
ATGGTCGACAGTCGCACCGTCACCGTCTCCGAGGCAGACTATCTACGCCTCATCATTCAC
GGCACGACCGCCTTCGAATTGCTTCGCACCGCTCTGGAATTCGAGCTCTTCGAGCTGCTC
GAGACGGCCGGTGGAATGGACGTCGCGGAGACGGCGGCGGCGCTCGGCGTCGACGAGCAG
CCGGCCCGCATCCTGCTGCTGGGCCTGACCTCGATGAAGCTGCTGGAGCGGCGCGAGGAC
GGCTACGCCAACAGCGCCGTGGCCCGGGACCGGCTGCTGCGGTCCGGACGCCGCTTCCTC
GGCCCGCTCGTCGACGTGCAGGCCGAGGTCATCAACCGGGCCCTCCCCGACTTCGCCGAG
GCGATGCGCCGGAACACCAACGTGGGCCTGCGCCACATCACCGGCCCCGGGACGACGCTG
TACGAGCGGCTCACCGCGCACCCGGACCTGCAGCGGATCTTCTACGCCAACATGGGGGAC
GCGTCCCGGTACGCCTTCGCCCAGCTCCTCGACCTGTACGACTTCTCCGGCGTCCGGCAC
GTCCTGGACCTCGGCGGCGGCGACGGCACCAACAGCCTCCACCTGGCCCGGCGCCGTCCC
GGGCTCGAGGCGACGGTGTTCGACCAGGAGAGCGTGGTGCGCCTGGCCGCCGACCGGATC
GAGGACCCGGACCTGCGCAAGCGCGTCCACTTCCACGCCGGCGACCTGTTCGCCGACCCG
TTCCCGGACGGCTGCGACGCGATCCTGTACTTCCACATCTTCGAGATCTGGTCGCTGGAG
CGGAACACCGAGCTGCTGCGCAAGTGCCACGCGGCGCTGCCCGAGGGGGGCGTGTGCGTG
GTCTACAACTTCACGTCCGACGACGCCGGCACCGGCCCGATGAGCGCCGGGCTCGTGTCC
CCGTACTTCCTCACCCTCGCCTCGGGCGAAGGCATGGCCTACGCGCCGGACGACATGGAG
CGGGCCGTCCGGGACGCGGGCTTCTCCCGCGTCGACCGCCGCCAGGACCTCGGTTTCGGC
CACACGCTCGTCGTCGGCCGCAAGTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001077 O-methyltransferase, family 2 (Domain)
[108-296] 3.90000000000001e-32 PF00891
PF00891   Methyltransf_2
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[13-88] 3.2e-11 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
IPR016461 O-methyltransferase, caffeic acid-type (Family)
[1-347] 1.90000068477872e-08 PIRSF005739
PIRSF005739   O-mtase
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Madu_00150 Madu_00150   Madu_00170 Madu_00170
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