Calm_00380 : CDS information

Location

Organism	Micromonospora echinospora
Strain	NRRL 15839
Entry name	Calicheamicin
Contig	AF497482
Start / Stop / Direction	47,426 / 45,471 / - [in whole cluster] 47,426 / 45,471 / - [in contig]
Location	complement(45471..47426) [in whole cluster] complement(45471..47426) [in contig]
Type	CDS
Length	1,956 bp (651 aa)

Annotation

Category	5.3 uncharacterized protein (biosynthesis involved)
Product	hypothetical protein
Product (GenBank)	CalU14
Gene	calU14 unbV
Gene (GenBank)	calU14
EC number
Keyword	enediyne core
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q8KNF9 PmId [12183629] The calicheamicin gene cluster and its iterative type I enediyne PKS. (Science. , 2002) [12536216] A genomics-guided approach for discovering and expressing cryptic metabolic pathways. (Nat Biotechnol. , 2003) comment [PMID:12183629] calicheamicin生合成遺伝子クラスターの報告。このORFはFig2の生合成clusterにて、unknown function(U1 to U22)と示されているのみ。本文中特にふれていない。 [PMID:12536216] warhead cassette(UNBL-UNBV-UNBU-PKSE-TEBC)の報告。 warhead cassette(UNBL-UNBV-UNBU-PKSE-TEBC)はactinomyceteにおいて全てのenediyne生合成遺伝子座で保存されているが、機能は未知のままである。enediyne warheadのformation, stabilization, or transport に関与しているのではないかと推測している。 UNBVの構造解析は、N末端シグナル配列と共にsecreted proteinを持っていた。 calicheamicinでも並びが保存されている。
Related Reference	ACC Q84HJ0 NITE Dynm_00160 PmId [18328078] The biosynthetic genes encoding for the production of the dynemicin enediyne core in Micromonospora chersina ATCC53710. (FEMS Microbiol Lett. , 2008) comment Micromonospora chersina_dynU14 DynU14 dynemicin生合成遺伝子 dynU14欠損株を作製し、培養液中の産物をHPLCにて検出。dynU14欠損株はdynemicin Aが検出出来なかったことから、dynU14はdynemicin Aに必須であるとしている。 dynU15, dynU14, dynT3, dynE8, dynE7は、minimal enediyne cassetteとして知られている遺伝子。dynU15, dynU14, dynT3はconserved unknown proteins。

Sequence

>hypothetical protein [CalU14]
MFRRQLAGLVALVLLTGMYVLVRQPEANADERRAMAEPYRFTPMSLPMPGGLPQQSIRRV
NGAYQHLAAWISSVGAGAAMNDLDGDGLANDLCVTDPRVDRVVVTPAPTAGADRYQPFVL
DPAPLPMNPYVAPMGCLPGDLNADGRTDLLVYWWGRTPVVFLARADATGLSRAAYHPVEL
VPGAATGGSRYDGPKWNTNAATLADFDGDGHLDVYIGNYFPDSAVLDDTVHGGVAMNRSM
SNGLNGGEDHVFRWTGGTAGATPSASFAEVPDVFDTKVSRGWTLAVAANDLDGDQLPELY
VANDFGPDRLLHNRSERGRIAFAPVESPGLPGLTPKSKRLGHDSFKGMGVDFGDIDGDGM
FDLYVGNITTSFGIQESNFAFVNTAADTAALRAALWAGEAPWHDRSAELGLAWSGWSWDV
KFGDFTNRGDPAIVQTSGFVKGEVNRWAQLQEAATANDDLLANPRWWPKVEQGDDIAGGQ
HLAFHVRGADGRYEDLSHELGLADRVPSRGIATADADGDGRLDLVVARQWDAPVFYRNDS
PDTGSFLTLRLLHEQAPAAGPLAGAGSPVVGAQVRVTTPDGRVLIDRVDGGSGHSGRRSN
EVSLGLDDVTGPVSVHLTWRDRSGAPHEQELTLAPGRHTLTLGSQAREVSR

>hypothetical protein [CalU14]
ATGTTCCGCCGGCAGTTGGCCGGGCTGGTCGCGCTGGTGCTGCTCACCGGCATGTACGTG
CTGGTCCGGCAGCCGGAGGCGAACGCCGACGAGCGGCGCGCCATGGCGGAGCCGTACCGG
TTCACGCCGATGTCGCTGCCGATGCCGGGCGGCCTGCCGCAGCAGTCGATCCGCCGGGTC
AACGGCGCGTACCAGCACCTGGCGGCGTGGATCTCCTCCGTCGGCGCCGGCGCCGCGATG
AACGACCTGGACGGTGACGGACTGGCCAACGACCTGTGCGTCACCGACCCACGCGTCGAC
CGCGTCGTGGTGACCCCGGCCCCGACCGCCGGCGCCGACCGCTACCAGCCGTTCGTGCTG
GACCCGGCGCCGCTGCCGATGAACCCGTACGTCGCCCCGATGGGCTGCCTGCCCGGCGAC
CTCAACGCCGACGGCCGCACCGACCTGCTCGTGTACTGGTGGGGCCGGACCCCGGTGGTC
TTCCTGGCCCGGGCGGACGCGACCGGGCTGTCCCGGGCCGCCTACCACCCCGTCGAGCTG
GTGCCGGGCGCGGCGACCGGCGGTAGCCGGTACGACGGGCCGAAGTGGAACACCAACGCC
GCGACGCTGGCCGACTTCGACGGCGACGGGCACCTGGACGTCTACATCGGCAACTACTTC
CCCGACAGCGCCGTCCTCGACGACACCGTCCACGGCGGGGTGGCGATGAACCGGTCCATG
TCCAACGGCCTCAACGGCGGCGAGGACCACGTGTTCCGGTGGACCGGCGGCACCGCCGGC
GCCACGCCGAGCGCCTCCTTCGCCGAGGTCCCGGACGTCTTCGACACCAAGGTCTCCCGG
GGCTGGACGCTCGCCGTCGCCGCGAACGACCTCGACGGCGACCAACTGCCCGAGCTGTAC
GTGGCCAACGACTTCGGGCCGGACCGGCTGCTGCACAACCGGTCGGAGCGGGGGCGGATC
GCCTTCGCGCCGGTCGAGAGCCCCGGGCTGCCCGGCCTGACCCCCAAGTCAAAGCGGCTC
GGCCACGACTCGTTCAAGGGCATGGGCGTGGACTTCGGCGACATCGACGGCGACGGCATG
TTCGACCTGTACGTCGGCAACATCACCACCTCCTTCGGCATCCAGGAGAGCAACTTCGCC
TTCGTCAACACCGCCGCCGACACCGCCGCGCTGCGCGCCGCGCTGTGGGCCGGCGAGGCG
CCGTGGCACGACCGCAGCGCCGAGCTGGGCCTGGCCTGGAGCGGGTGGAGCTGGGACGTC
AAGTTCGGCGACTTCACCAACCGCGGCGACCCGGCGATCGTGCAGACCTCCGGCTTCGTC
AAGGGCGAGGTCAACCGCTGGGCGCAGTTGCAGGAGGCGGCCACCGCCAACGACGACCTG
CTCGCCAACCCCCGCTGGTGGCCGAAGGTCGAGCAGGGCGACGACATCGCCGGCGGCCAG
CACCTCGCCTTCCACGTCCGGGGCGCCGACGGCCGCTACGAGGACCTCAGCCACGAACTG
GGCCTGGCCGACCGGGTGCCCAGCCGGGGCATCGCCACCGCCGACGCCGACGGCGACGGG
CGCCTCGACCTCGTCGTCGCCCGGCAGTGGGACGCGCCGGTCTTCTACCGCAACGACAGC
CCGGACACCGGTTCCTTCCTCACCCTGCGGCTGCTGCACGAGCAGGCGCCGGCCGCCGGC
CCCCTCGCCGGGGCGGGGTCGCCGGTCGTCGGCGCGCAGGTCCGGGTGACCACGCCGGAC
GGCCGGGTGCTCATCGACCGGGTCGACGGCGGCAGCGGCCACTCGGGCCGGCGCAGCAAC
GAGGTGTCGCTCGGTCTCGACGACGTGACCGGCCCGGTGTCGGTCCACCTCACCTGGCGG
GACCGGTCCGGCGCCCCGCACGAGCAGGAGCTGACGCTGGCCCCCGGTCGACACACCCTC
ACCCTCGGTTCGCAGGCTCGGGAGGTCTCGCGATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR011519 ASPIC/UnbV (Domain) PF07593 UnbV_ASPIC
SignalP	Bacteria, Gram-positive Eukaryota
TMHMM	No significant hit

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