Calm_00390 : CDS information

Location

Organism	Micromonospora echinospora
Strain	NRRL 15839
Entry name	Calicheamicin
Contig	AF497482
Start / Stop / Direction	48,416 / 47,448 / - [in whole cluster] 48,416 / 47,448 / - [in contig]
Location	complement(47448..48416) [in whole cluster] complement(47448..48416) [in contig]
Type	CDS
Length	969 bp (322 aa)

Annotation

Category	5.3 uncharacterized protein (biosynthesis involved)
Product	hypothetical protein
Product (GenBank)	CalU15
Gene	calU15 unbL
Gene (GenBank)	calU15
EC number
Keyword	enediyne core
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q8KNF8 PmId [12183629] The calicheamicin gene cluster and its iterative type I enediyne PKS. (Science. , 2002) [12536216] A genomics-guided approach for discovering and expressing cryptic metabolic pathways. (Nat Biotechnol. , 2003) [18529057] Characterization of a carbonyl-conjugated polyene precursor in 10-membered enediyne biosynthesis. (J Am Chem Soc. , 2008) comment [PMID:12183629] calicheamicin生合成遺伝子クラスターの報告このORFはFig2の生合成clusterにて、unknown function(U1 to U22)と示されているのみ。本文中特にふれていない。 [PMID:12536216] warhead cassette(UNBL-UNBV-UNBU-PKSE-TEBC)の報告。 warhead cassette(UNBL-UNBV-UNBU-PKSE-TEBC)はactinomyceteにおいて全てのenediyne生合成遺伝子座で保存されているが、機能は未知のままである。enediyne warheadのformation, stabilization, or transport に関与しているのではないかと推測している。calicheamicinでも並びが保存されている。 [PMID:18529057] 10員環エンジイン生合成経路の解明。 Calicheamicin生合成遺伝子CalE8 と CalE7を用いて、10員環エンジイン中間体のlinear carbonyl-conjugated polyeneは、9員環エンジイン中間体のlinear carbonyl-conjugated polyeneとは構造が異なる事を明らかにした。この論文中で、中間体合成後chalicheamicinの10員環エンジインcoreが完成するまでにoxidization, cyclizationが必要だとしている。この生合成メカニズムを説明するために、CalU15によってエンコードされるputative acetylenaseを発現させている。CalE8+TE+putative acetylenaseの共発現は新規産物を産生しなかったことから、putative acetylenaseは10員環エンジン中間体の合成に影響を及ぼさないことを明らかにした。 calU15がputative acetylenaseをエンコードしていると述べている。
Related Reference	ACC Q84HJ1 NITE Dynm_00150 PmId [18328078] The biosynthetic genes encoding for the production of the dynemicin enediyne core in Micromonospora chersina ATCC53710. (FEMS Microbiol Lett. , 2008) comment Micromonospora chersina_dynU15 DynU15 dynemicin生合成遺伝子 dynU15, dynU14, dynT3, dynE8, dynE7は、minimal enediyne cassetteとして知られている遺伝子だと推定している。 dynE8, dynU15, dynU14，orf23の欠損株はdynemicin Aが検出出来なかった。ただし、orf23の欠損株はdynemicin Aの新規化合物が検出された。dynE8, dynU15, dynU14 はdynemicin Aに必須であることを示した。 dynU15, dynU14, dynT3はconserved unknown proteinsだと記述あり。

Sequence

>hypothetical protein [CalU15]
MPANWRTIRQYALTPGMAQTTFATRGFRARDEPTRERLESVGAHFLTGYGHAVGARGPDE
AVGALETVAPDLRGFAYEGAAMGLAVLDGLTGGRRIARFLAGPAARHVYMVHVGVGWAMA
RLPRWRRHAIQPADRLLGWLALDGYGFHQAYFHTRRYVWSHRRDEVLPWPGDPIGRWTGR
VVDQGIGRALWFVEGADTDRIADTVDGFPPDRHEDLYSGVALAATYAGGAPPEDLRRLRE
RGGAYAPAMAQGSAFAAEARERAGLTTAHTAVATDVFCGAPPAEAAAVTQAALADLDRDG
PEPAYLVWRQRIAKQFVTLGRC

>hypothetical protein [CalU15]
ATGCCCGCCAATTGGCGAACCATTCGTCAATACGCCCTGACGCCGGGGATGGCCCAGACC
ACCTTCGCGACCCGGGGCTTCCGCGCCCGGGACGAGCCGACCCGCGAGCGGCTGGAGTCG
GTCGGCGCCCACTTCCTCACCGGCTACGGGCACGCCGTCGGCGCCCGGGGCCCGGACGAG
GCCGTCGGGGCGCTGGAGACCGTCGCGCCGGACCTGCGCGGGTTCGCGTACGAGGGCGCG
GCGATGGGCCTCGCCGTCCTGGACGGGCTGACCGGTGGCCGCCGGATCGCCCGGTTCCTG
GCCGGGCCGGCCGCCCGGCACGTGTACATGGTCCATGTCGGGGTGGGCTGGGCGATGGCC
CGCCTGCCCCGCTGGCGTCGGCACGCGATCCAACCCGCCGACCGGCTGCTGGGCTGGCTG
GCGCTGGACGGCTACGGATTCCACCAGGCGTACTTCCACACCCGGCGGTACGTGTGGTCG
CACCGGCGTGACGAGGTGCTGCCCTGGCCCGGCGACCCGATCGGGCGGTGGACCGGGCGC
GTCGTGGACCAGGGCATCGGCCGCGCGCTGTGGTTCGTCGAGGGCGCCGACACCGACCGG
ATCGCCGACACCGTCGACGGCTTCCCGCCGGACCGGCACGAGGACCTGTACAGCGGGGTG
GCGCTGGCCGCCACGTACGCCGGCGGGGCGCCGCCCGAGGACCTGCGGCGGCTGCGCGAG
CGCGGCGGAGCGTACGCCCCGGCGATGGCCCAGGGCAGCGCCTTCGCGGCGGAGGCCCGG
GAGCGCGCCGGGCTGACCACCGCGCACACCGCGGTCGCCACCGACGTCTTCTGCGGCGCG
CCACCGGCCGAGGCGGCGGCGGTCACCCAGGCCGCGCTGGCCGACCTCGACCGGGACGGG
CCGGAGCCGGCCTACCTGGTGTGGCGGCAGCGGATCGCCAAGCAGTTCGTGACGCTGGGG
AGGTGCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR012964 Protein of unknown function DUF1702 (Family) PF08012 DUF1702
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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