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Calm_00580 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 15839
Entry nameCalicheamicin
Contig
Start / Stop / Direction70,024 / 69,032 / - [in whole cluster]
70,024 / 69,032 / - [in contig]
Locationcomplement(69032..70024) [in whole cluster]
complement(69032..70024) [in contig]
TypeCDS
Length993 bp (330 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
Productputative NDP-sugar C-3 ketoreductase
Product (GenBank)CalS12
Gene
Gene (GenBank)calS12
EC number
Keyword
  • aminodideoxypentose
  • axial-OH
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[12183629] The calicheamicin gene cluster and its iterative type I enediyne PKS. (Science. , 2002)
[19058170] Natural-product sugar biosynthesis and enzymatic glycodiversification. (Angew Chem Int Ed Engl. , 2008)
comment
[PMID:12183629]
calicheamicin生合成遺伝子クラスターの報告

このORFは、Fig2の生合成clusterにexpected production of four unusual activated nucleotide sugars(S1 to S14)として示されているのみで、本文中特に触れていない。


[PMID:19058170]
天然糖の生合成に関する総論

この論文中で、UDP-alpha-D-glucoseから進む2 step(calS8, calS9)はdTDP-sugar pathwayでは前例のない経路であり、その後の4 step(calS14, calS12, calS13, calS10)はdTDP-sugar pathwayでは共通して保存されている経路であるがUDP-sugar生合成にとってはuniqueであると記述している。
Related Reference
ACC
Q9XC70
PmId
[16448097] A two-stage one-pot enzymatic synthesis of TDP-L-mycarose from thymidine and glucose-1-phosphate. (J Am Chem Soc. , 2006)
comment
Streptomyces fradiae_tylCII(tylC1)
NDP-hexose 2,3-enoyl reductase TylCII

[PMIDなし]Biosynthesis of Mycarose: Isolation and Characterization of Enzymes Involved in the C-2 Deoxygenation. J Am Chem Soc 1999

TylX3をdTDP-D-glucoseを4,6-dehydrataseで処理した基質と反応するとmaltol産生。これは予測された不安定なdehydration産物の分解の結果であると示唆される。

TylX3にTylC1, NADPHを加えて反応すると、C-3 OH基がaxialなdTDP-2,6-dideoxy-D-glycero-D-glycero-4-hexuloseを産生。
この産物のC-2のHはequatrial positionであることが重水素の取り込みで確認されたので、C-2の立体配置は保持されており、水素化物がNADPHから不安定中間体のC-3 positionへ移されることがほのめかされる。

--
[PMID:16448097](2006)
上記論文の引用あり。

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selected fasta
>putative NDP-sugar C-3 ketoreductase [CalS12]
MSSLHVRLGRTGLRVSRVAIGTVNFGGRVDEADAHRLLDHAVAQGVNLVDTADIYGWRVH
RGWTEEMIGRWLAKDPARRDEVVLATKVGNPMGDGPNARGLSARHVVAACEASLRRLQTD
AIDLYQMHHVDREVGWDEIWQAMEQLVRQGKVRYVGSSNFAGWDLVSAQEAARRHRLLGL
ASEQCVYNLVSRYVELEVLPAAVAEGIGVLVWSPLHGGLLGGVLRKLADGTAVKSAQGRA
AEAVERHRATLAAYETFCAEAGRDPAEVGMAWVLHRPAVTAAVVGPRTPEHLDGALRALH
RPLSAAELARLDELFPPLGRGGAAPDAWMS
selected fasta
>putative NDP-sugar C-3 ketoreductase [CalS12]
GTGTCGTCGCTGCATGTCCGGCTCGGACGGACCGGCCTGCGGGTCAGCCGGGTCGCCATC
GGGACCGTCAACTTCGGCGGCCGGGTCGACGAGGCCGACGCCCACCGGCTGCTCGACCAC
GCCGTCGCGCAGGGGGTCAACCTGGTCGACACCGCCGACATCTACGGCTGGCGGGTGCAC
CGGGGCTGGACCGAGGAGATGATCGGGCGCTGGCTCGCCAAGGACCCGGCCCGGCGGGAC
GAGGTGGTCCTCGCGACCAAGGTCGGCAATCCCATGGGGGACGGCCCCAACGCCCGGGGC
CTGTCGGCCCGACACGTCGTCGCCGCCTGCGAGGCGTCGCTGCGCCGGCTCCAGACCGAC
GCCATCGACCTCTACCAGATGCACCACGTCGACCGGGAGGTCGGCTGGGACGAGATCTGG
CAGGCCATGGAGCAGCTCGTCCGGCAGGGCAAGGTCCGCTACGTCGGGTCCTCGAACTTC
GCCGGCTGGGACCTGGTGAGCGCCCAGGAGGCCGCGCGCCGGCACCGGCTGCTCGGGCTG
GCCAGCGAGCAGTGCGTCTACAACCTGGTCAGCCGGTACGTCGAACTGGAGGTGCTCCCC
GCCGCCGTCGCCGAGGGCATCGGGGTGCTCGTCTGGTCGCCGCTGCACGGCGGGCTGCTC
GGCGGCGTGCTGCGGAAGCTGGCCGACGGCACCGCGGTCAAGTCCGCGCAGGGACGGGCC
GCCGAGGCGGTCGAGCGGCACCGCGCGACACTCGCCGCGTACGAGACGTTCTGCGCCGAG
GCCGGCCGCGACCCGGCGGAGGTCGGCATGGCCTGGGTGCTGCACCGCCCGGCGGTGACC
GCCGCGGTCGTCGGTCCGCGTACCCCCGAACACCTGGACGGCGCCCTGCGGGCCCTGCAC
CGGCCGCTGTCGGCGGCGGAGCTCGCCCGGCTCGACGAGCTGTTCCCGCCGCTCGGCCGG
GGCGGCGCCGCCCCGGACGCCTGGATGTCCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR023210 NADP-dependent oxidoreductase domain (Domain)
[1-317] 2.19999900980707e-90 SSF51430
SSF51430   Aldo/ket_red
[18-315] 2.90000000000003e-69 PF00248
PF00248   Aldo_ket_red
[6-315] 1.79999999999997e-90 G3DSA:3.20.20.100
G3DSA:3.20.20.100   Aldo/ket_red
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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