Calm_00580 Calm_00580   Calm_00600 Calm_00600

Calm_00590 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 15839
Entry nameCalicheamicin
Contig
Start / Stop / Direction70,221 / 71,351 / + [in whole cluster]
70,221 / 71,351 / + [in contig]
Location70221..71351 [in whole cluster]
70221..71351 [in contig]
TypeCDS
Length1,131 bp (376 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
ProductNDP-sugar C-4 aminotransferase
Product (GenBank)CalS13
Gene
Gene (GenBank)calS13
EC number2.6.1.-
Keyword
  • aminodideoxypentose
  • 4-hydroxyamino-6-deoxy-alpha-D-glucose
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[12183629] The calicheamicin gene cluster and its iterative type I enediyne PKS. (Science. , 2002)
[16873021] Deciphering indolocarbazole and enediyne aminodideoxypentose biosynthesis through comparative genomics: insights from the AT2433 biosynthetic locus. (Chem Biol. , 2006)
[19058170] Natural-product sugar biosynthesis and enzymatic glycodiversification. (Angew Chem Int Ed Engl. , 2008)
[24911465] A general NMR-based strategy for the in situ characterization of sugar-nucleotide-dependent biosynthetic pathways. (Org Lett. , 2014)
[26023720] Structural Basis for the Stereochemical Control of Amine Installation in Nucleotide Sugar Aminotransferases. (ACS Chem Biol. , 2015)
comment
[PMID:12183629]
calicheamicin生合成遺伝子クラスターの報告

このORFは、Fig2の生合成clusterにexpected production of four unusual activated nucleotide sugars(S1 to S14)として示されているのみで、本文中特に触れていない。

---
[PMID: 16873021]
AT2433生合成遺伝子の論文。CalS13はこれまでの研究からcalicheamicin経路におけるdTDP-6-deoxy-alpha-D-glycero-L-threo-4-hexulose-4-aminotransferaseとして同定された[ref. 60]との記述あり。


[ref:60 PMIDなし(1999)]
Engineering a methymycin/pikromycin-calicheamicin hybrid: construction of two new macrolides carrying a designed sugar moiety. J Am Chem Soc Vol.121, No.42, Page9881-9882

この論文中ではcalHと表記されている(calS13のことらしい)
この論文中に下記記述あり。
4-amino-4,6-dideoxyglucose は、transamination反応を経て4-ketosugarに一致するモノから派生すると予測される。最近の研究では描かれたC-4 aminotransferaseをエンコードするとして遺伝子calHがアサインされた[ref7: Ahlert, J.; Biggins, J. B.; Thorson, J. S. 　Unpublished results]

calHをcloningし、S.venezuelae mutant(KdesI)へ導入し、その培養上清から検出した化合物を解析。CalHはcalicheamicin経路のdTDP-6-deoxy-D-glycero-L-threo-4-hexulose 4-aminotransferaseとしてアサインしている。

---
[PMID:19058170]
天然糖の生合成に関する総論

この論文中で、UDP-alpha-D-glucoseから進む2 step(calS8, calS9)はdTDP-sugar pathwayでは前例のない経路であり、その後の4 step(calS14, calS12, calS13, calS10)はdTDP-sugar pathwayでは共通して保存されている経路であるがUDP-sugar生合成にとってはuniqueであると記述している。

---
[PMID: 24911465](2014)
反応物と産物の検出法の有用性を確認するため、calicheamicin生合成に関連したsugar nucleotide生合成酵素4つ

・dTDP-glucose-4,6-dehydratase CalS3
・dTDP-glucose-4-aminotransferase CalS13
・dTDP-glucose-3,5-epimerase CalS1
・dTDP-glucose-4-ketoreductase CalS2

の特徴づけをしている。

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selected fasta
>NDP-sugar C-4 aminotransferase [CalS13]
MIPLSKVAMSPDVSTRVSAVLSSGRLEHGPTVAEYEAAVGSRIGNPRVVSVNCGTAGLHL
ALSLAARPGAGESEHDGPGEVLTTPLTFEGTNWPILANGLRIRWVDVDPATLNMDLDDLA
AKISPATRAIVVVHWLGYPVDLNRLRAVVDRATAGYDRRPLVVEDCAQAWGATYRGAPLG
THGNVCVYSTGAIKILTTGSGGFVVLPDDDLYDRLRLRRWLGIERASDRITGDYDVAEWG
YRFILNEIGGAIGLSNLERVDELLRRHRENAAFYDKELAGIDGVEQTERADDREPAFWMY
PLKVRDRPAFMRRLLDAGIATSVVSRRNDAHSCVASARTTLPGLDRVADRVVHIPVGWWL
TEDDRSHVVETIKSGW
selected fasta
>NDP-sugar C-4 aminotransferase [CalS13]
ATGATCCCGCTGTCCAAGGTCGCCATGTCTCCGGACGTCAGCACCCGCGTCTCCGCCGTC
CTGAGCAGTGGCCGGCTGGAGCACGGGCCGACCGTCGCCGAGTACGAGGCGGCCGTGGGC
AGTCGTATCGGCAACCCCCGGGTGGTCTCGGTCAACTGCGGCACGGCCGGGCTCCACCTG
GCGCTGAGCCTCGCCGCGCGGCCGGGGGCCGGCGAGTCGGAGCACGACGGCCCGGGCGAG
GTGCTCACCACGCCGCTGACCTTCGAGGGCACGAACTGGCCGATCCTCGCCAACGGGCTG
CGCATCCGGTGGGTGGACGTCGACCCGGCCACCCTCAACATGGACCTCGACGACCTGGCC
GCGAAGATCTCGCCCGCCACCCGGGCCATCGTGGTGGTCCACTGGCTCGGCTACCCGGTG
GACCTCAACCGGCTGCGCGCCGTCGTGGACCGGGCCACGGCGGGATACGACCGCCGCCCG
CTGGTCGTGGAGGACTGCGCGCAGGCGTGGGGCGCCACCTACCGGGGCGCGCCGCTGGGC
ACGCACGGCAACGTCTGCGTGTACAGCACCGGCGCGATCAAGATCCTGACGACCGGCAGC
GGCGGCTTCGTCGTGCTGCCCGACGACGACCTGTACGACCGGCTCCGGCTGCGCCGCTGG
CTCGGCATCGAGCGGGCGTCGGACCGGATCACCGGCGACTACGACGTCGCCGAGTGGGGC
TACCGGTTCATCCTCAACGAGATCGGCGGGGCGATCGGCCTGTCCAACCTGGAACGCGTC
GACGAGCTGCTGCGCCGGCACCGGGAGAACGCCGCGTTCTACGACAAGGAACTGGCCGGC
ATCGACGGCGTCGAGCAGACCGAGCGGGCCGACGACCGGGAGCCCGCGTTCTGGATGTAC
CCGCTGAAGGTCCGCGACCGTCCCGCCTTCATGCGCCGGCTGCTCGACGCCGGCATCGCC
ACCAGCGTCGTGTCGCGCCGCAACGACGCGCACAGCTGCGTCGCGTCGGCCCGCACCACC
CTGCCCGGGCTGGACCGGGTGGCGGACCGCGTGGTCCACATCCCGGTGGGCTGGTGGCTC
ACCGAGGACGACCGCTCCCACGTCGTCGAAACGATCAAGTCCGGCTGGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000653 DegT/DnrJ/EryC1/StrS aminotransferase (Family)
[1-376] 2.19999900980707e-38 PIRSF000390
PIRSF000390   PLP_StrS
[15-372] 3.19999999999996e-74 PF01041
PF01041   DegT_DnrJ_EryC1
IPR015421 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 1 (Domain)
[2-259] 2.4e-62 G3DSA:3.40.640.10
G3DSA:3.40.640.10   PyrdxlP-dep_Trfase_major_sub1
IPR015422 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major region, subdomain 2 (Domain)
[261-374] 1.6e-17 G3DSA:3.90.1150.10
G3DSA:3.90.1150.10   PyrdxlP-dep_Trfase_major_sub2
IPR015424 Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain (Domain)
[1-376] 1.3000049540733e-78 SSF53383
SSF53383   PyrdxlP-dep_Trfase_major
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Calm_00580 Calm_00580   Calm_00600 Calm_00600
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