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Calm_00600 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 15839
Entry nameCalicheamicin
Contig
Start / Stop / Direction71,392 / 72,522 / + [in whole cluster]
71,392 / 72,522 / + [in contig]
Location71392..72522 [in whole cluster]
71392..72522 [in contig]
TypeCDS
Length1,131 bp (376 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
Productglycosyltransferase
Product (GenBank)CalG3
Gene
Gene (GenBank)calG3
EC number
Keyword
  • 4-hydroxyamino-6-deoxy-alpha-D-glucose
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[12183629] The calicheamicin gene cluster and its iterative type I enediyne PKS. (Science. , 2002)
[18721755] Biochemical and structural insights of the early glycosylation steps in calicheamicin biosynthesis. (Chem Biol. , 2008)
comment
[PMID:12183629(2002)]
calicheamicin生合成遺伝子クラスターの報告

このORFは、Fig2の生合成clusterにてfour glycosyltransferase genes (G1 to G4)として示されている。本文中ではふれていない。


[PMID:18721755(2008)]
CalG3, CalG2の機能構造解析

CalG3を大腸菌にて発現、精製。
NDP-sugar specificityを調べたところ、CalG3はNDP依存性酵素で、calicheamycin生合成に必須の4,6-dideoxy-4-hydroxylamino-alpha-D-glucosyltransferase であることを示した。
また、calicheamicinoneに結合した糖を交換するCalG3の基質特異性を調べたところ、10種のsugar nucleotidesがCalG3の基質として認識され、基質認識能の多様性が示された。

CalG3の結晶構造解析は、CalG3がdimerであることを示した。
CalG3 monomerはN末とC末ドメインを持ち、C末端へリックスとN末ドメインの相互作用によって安定化していた。
His11とGlu115が触媒に関与すると推定。特にHis11は触媒活性に関与し、Glu115は立体的に妨げるためにcalicheamicinone hydroxyl nucleophileにaccessすると予測された。

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selected fasta
>glycosyltransferase [CalG3]
MLFVSSPGIGHLFPLIQLAWGFRTAGHDVLIAVAEHADRAAAAGLEVVDVAPDYSAVKVF
EQVAKDNPRFAETVATRPAIDLEEWGVQIAAVNRPLVDGTMALVDDYRPDLVVYEQGATV
GLLAADRAGVPAVQRNQSAWRTRGMHRSIASFLTDLMDKHQVSLPEPVATIESFPPSLLL
EAEPEGWFMRWVPYGGGAVLGDRLPPVPARPEVAITMGTIELQAFGIGAVEPIIAAAGEV
DADFVLALGDLDISPLGTLPRNVRAVGWTPLHTLLRTCTAVVHHGGGGTVMTAIDAGIPQ
LLAPDPRDQFQHTAREAVSRRGIGLVSTSDKVDADLLRRLIGDESLRTAAREVREEMVAL
PTPAETVRRIVERISG
selected fasta
>glycosyltransferase [CalG3]
GTGCTGTTCGTCTCCTCCCCCGGTATCGGCCACCTCTTCCCGCTGATCCAGCTCGCCTGG
GGCTTCCGCACGGCCGGCCACGACGTGCTGATCGCGGTCGCCGAGCACGCCGACCGGGCC
GCCGCCGCGGGCCTGGAGGTCGTCGACGTGGCGCCCGACTACAGCGCGGTCAAGGTCTTC
GAGCAGGTGGCCAAGGACAACCCGCGCTTCGCCGAGACCGTCGCCACGCGTCCCGCGATC
GATCTGGAGGAGTGGGGCGTGCAGATCGCGGCGGTGAACCGCCCGCTGGTCGACGGGACC
ATGGCGCTGGTCGACGACTACCGTCCCGACCTGGTGGTCTACGAGCAGGGCGCCACCGTC
GGCCTGCTGGCCGCCGACCGCGCCGGGGTGCCGGCAGTGCAGCGCAACCAGAGCGCCTGG
CGGACCCGGGGCATGCACCGCTCGATCGCGTCCTTCCTGACCGACCTGATGGACAAGCAC
CAGGTCAGCCTGCCCGAGCCGGTGGCGACGATCGAGTCGTTCCCGCCGAGCCTGCTGCTG
GAGGCGGAGCCCGAGGGCTGGTTCATGCGCTGGGTGCCGTACGGCGGCGGCGCCGTCCTC
GGCGACCGGCTGCCGCCGGTGCCCGCCCGGCCCGAGGTGGCGATCACCATGGGCACCATC
GAGCTCCAGGCGTTCGGCATCGGCGCCGTGGAGCCCATCATCGCCGCCGCCGGCGAGGTG
GACGCCGACTTCGTGCTCGCCCTCGGCGACCTCGACATCAGCCCGCTGGGCACGTTGCCG
CGCAACGTCCGGGCGGTCGGCTGGACGCCGCTGCACACCCTGCTGCGTACCTGCACCGCG
GTGGTGCACCACGGCGGGGGCGGCACGGTGATGACCGCCATCGACGCCGGCATCCCGCAG
CTGCTCGCCCCGGACCCGCGCGACCAGTTCCAGCACACCGCCCGGGAGGCCGTCAGCCGG
CGCGGCATCGGCCTGGTCAGCACGTCGGACAAGGTCGACGCGGACCTGCTGCGCCGGCTG
ATCGGGGACGAGTCGCTGCGCACCGCGGCCCGGGAGGTACGCGAGGAGATGGTCGCGCTG
CCCACGCCGGCGGAGACGGTGCGGCGCATCGTCGAGCGCATCTCGGGTTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR004276 Glycosyl transferase, family 28 (Domain)
[3-132] 5.5e-08 PF03033
PF03033   Glyco_transf_28
IPR010610 Domain of unknown function DUF1205 (Domain)
[171-264] 5.69999999999998e-22 PF06722
PF06722   DUF1205
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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