Calm_00600 Calm_00600   Calm_00620 Calm_00620

Calm_00610 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 15839
Entry nameCalicheamicin
Contig
Start / Stop / Direction72,606 / 73,799 / + [in whole cluster]
72,606 / 73,799 / + [in contig]
Location72606..73799 [in whole cluster]
72606..73799 [in contig]
TypeCDS
Length1,194 bp (397 aa)
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Category3.3 modification reduction
Productcytochrome P450
Product (GenBank)CalO2
Gene
Gene (GenBank)calO2
EC number
Keyword
  • orsellinic acid moiety
  • C-3 hydroxylate
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[12183629] The calicheamicin gene cluster and its iterative type I enediyne PKS. (Science. , 2002)
[19055330] Characterization of CalE10, the N-oxidase involved in calicheamicin hydroxyaminosugar formation. (J Am Chem Soc. , 2008)
[18561189] Structural characterization of CalO2: a putative orsellinic acid P450 oxidase in the calicheamicin biosynthetic pathway. (Proteins. , 2009)
comment
[PMID:12183629]
calicheamicin生合成遺伝子クラスターの報告

このORFは、Fig2の生合成clusterにてorsellinic acid 生合成遺伝子と示されているのみ。本文中では特にふれていない。


[PMID:19055330]
CalE10の機能解析

CalO2，CalE10のaminosugar N-oxidation機能を確かめるために、Streptomyces lividansで発現・精製、酵素学的解析を行っている。CalO2については、sugar nucleotide結合あるいは酸化が観察できず、aromatic acids合成に関与すると示唆している。


[PMID:18561189]
CalO2の機能解析論文

CalO2の構造決定と、様々な基質存在下におけるligand-binding studiesを行った。
CalO3のiodination化の後に、CalO2によるPKS産物の修飾が起こることを結晶構造解析から明らかにした。基質と結合するCoA or ACPを要求するかもしれないと示した。
また、CalO3によるiodination化はCalO2によるhydroxylationより前に起こると示唆された。
Docking Studiesは、CalO5 ACP domainのhelix 2とCalO2のhelix B'がSer1216でinteractionする事を証明した。
Related Reference
ACC
P53554
PmId
comment
Bacillus subtilis_bioI
Biotin biosynthesis cytochrome P450

BioI の機能解析

サブクローニングし大腸菌にて発現。
acylated Escherichia coli acyl carrier protein と 共精製した。これを解析し、ビオチン生合成の前駆物質ピメリン酸の生成に関与するcarbon-carbon bond cleaving cytochrome P450であることを証明した。

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selected fasta
>cytochrome P450 [CalO2]
MTAFDPTDADVRRDPYPSYHWLLRHDPVHRGAHRVWYVSRFADVRAVLGDERFARTGIRR
FWTDLVGPGLLAEIVGDIILFQDEPDHGRLRGVVGPAFSPSALRRLEPVIAGTVDDLLRP
ALARGAMDVVDELAYPLALRAVLGLLGLPAADWGAVGRWSRDVGRTLDRGASAEDMRRGH
AAIAEFADYVERALARRRREGGEDLLALMLDAHDRGLMSRNEIVSTVVTFIFTGHETVAS
QVGNAVLSLLAHPDQLDLLRRRPDLLAQAVEECLRYDPSVQSNTRQLDVDVELRGRRLRR
DDVVVVLAGAANRDPRRYDRPDDFDIERDPVPSMSFGAGMRYCLGSYLARTQLRAAVAAL
ARLPGLRLGCASDALAYQPRTMFRGLASLPIAFTPGG
selected fasta
>cytochrome P450 [CalO2]
GTGACCGCGTTCGATCCCACCGACGCCGACGTGCGGCGTGACCCCTACCCGTCCTACCAC
TGGCTGCTGCGGCACGACCCGGTGCACCGTGGCGCCCACCGGGTCTGGTACGTCTCCCGC
TTCGCGGACGTGCGCGCGGTGCTCGGCGACGAGCGCTTCGCCCGGACCGGCATCCGCCGG
TTCTGGACCGACCTCGTCGGGCCCGGGCTGCTCGCCGAGATCGTCGGCGACATCATCCTG
TTCCAGGACGAGCCCGACCACGGCCGGCTGCGCGGGGTGGTCGGCCCGGCGTTCTCGCCG
TCCGCGCTGCGCCGGCTGGAACCGGTGATCGCCGGCACCGTGGACGACCTGCTGCGGCCC
GCCCTGGCCCGGGGCGCGATGGACGTGGTCGACGAGCTGGCGTACCCGCTGGCGCTGCGC
GCGGTCCTCGGCCTGCTCGGCCTGCCCGCCGCCGACTGGGGGGCGGTCGGGCGCTGGTCG
CGCGACGTGGGACGGACCCTGGACCGGGGCGCCAGCGCCGAGGACATGCGCCGCGGCCAC
GCGGCGATCGCCGAGTTCGCCGACTACGTGGAGCGGGCCCTCGCGAGGCGGCGGCGTGAG
GGCGGCGAGGACCTGCTGGCGTTGATGCTCGACGCCCACGACCGCGGCCTGATGAGTCGC
AACGAGATCGTCAGCACGGTGGTCACGTTCATCTTCACCGGCCACGAGACGGTGGCCAGC
CAGGTGGGCAACGCCGTGCTGAGCCTGCTGGCGCACCCGGACCAGCTCGACCTGCTCCGG
CGCCGGCCGGACCTGCTGGCCCAGGCCGTCGAGGAGTGCCTGCGGTACGACCCGTCGGTG
CAGTCCAACACCCGGCAGCTCGACGTCGACGTGGAGCTGCGCGGTCGGCGGCTGCGCCGC
GACGACGTCGTGGTCGTCCTGGCCGGCGCGGCGAACCGGGACCCGCGGCGGTACGACCGG
CCCGACGATTTCGACATCGAGCGGGATCCGGTCCCGTCGATGTCCTTCGGCGCGGGGATG
CGCTACTGCCTCGGGTCCTACCTCGCCCGTACGCAGCTGCGCGCCGCGGTGGCCGCCCTG
GCCCGACTGCCGGGCCTGCGGCTGGGCTGCGCGTCGGACGCCCTGGCCTATCAGCCGCGC
ACCATGTTCCGGGGCCTGGCCAGCCTGCCGATCGCGTTCACGCCGGGCGGTTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001128 Cytochrome P450 (Family)
[4-395] 2.30000000000004e-99 G3DSA:1.10.630.10
G3DSA:1.10.630.10   Cyt_P450
[233-250] 8.59999720482718e-06 PR00385 [268-279] 8.59999720482718e-06 PR00385 [334-343] 8.59999720482718e-06 PR00385 [343-354] 8.59999720482718e-06 PR00385
PR00385   P450
[15-395] 3.49999466863949e-86 SSF48264
SSF48264   Cytochrome_P450
[177-359] 2.4e-22 PF00067
PF00067   p450
IPR002397 Cytochrome P450, B-class (Family)
[82-93] 1.40000506907309e-38 PR00359 [128-144] 1.40000506907309e-38 PR00359 [145-160] 1.40000506907309e-38 PR00359 [188-210] 1.40000506907309e-38 PR00359 [268-279] 1.40000506907309e-38 PR00359 [285-312] 1.40000506907309e-38 PR00359 [313-328] 1.40000506907309e-38 PR00359 [334-343] 1.40000506907309e-38 PR00359 [343-354] 1.40000506907309e-38 PR00359
PR00359   BP450
IPR017972 Cytochrome P450, conserved site (Conserved_site)
[336-345] PS00086
PS00086   CYTOCHROME_P450
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Calm_00600 Calm_00600   Calm_00620 Calm_00620
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