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Calm_00620 : CDS information

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Organism
StrainNRRL 15839
Entry nameCalicheamicin
Contig
Start / Stop / Direction73,840 / 75,102 / + [in whole cluster]
73,840 / 75,102 / + [in contig]
Location73840..75102 [in whole cluster]
73840..75102 [in contig]
TypeCDS
Length1,263 bp (420 aa)
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Category3.4 other modification
Productputative halogenase
Product (GenBank)CalO3
Gene
Gene (GenBank)calO3
EC number
Keyword
  • orsellinic acid moiety
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[12183629] The calicheamicin gene cluster and its iterative type I enediyne PKS. (Science. , 2002)
[18561189] Structural characterization of CalO2: a putative orsellinic acid P450 oxidase in the calicheamicin biosynthetic pathway. (Proteins. , 2009)
comment
[PMID:12183629]
calicheamicin生合成遺伝子クラスターの報告

このORFは、Fig2の生合成clusterにて、orsellinic acid生合成遺伝子と示されているのみ。本文中では特にふれていない。


[PMID:18561189]
CalO2の機能解析論文

本文中に、calO3 (flavin-dependent halogenase)と表記有り。CalO3のヨウ素化の後に、CalO2(P450 oxidase)によるPKS産物の修飾が起こると結晶構造解析から明らかにした。そしてそれは、基質と結合するcoenzyme A or acyl carrier proteinを要求するかもしれないと示している。

recombinant holo-CalO2の解析から、ACPやCoAとの基質thioester接合体とヨウ素が、CalO2の認識に重要であることが示された。したがって、CalO3によるヨウ素化はCalO2によるhydroxylationより前に起こると考えている。
Related Reference
ACC
Q8GMI1
NITE
C1027_00090
PmId
[16104723] Biosynthesis of the beta-amino acid moiety of the enediyne antitumor antibiotic C-1027 featuring beta-amino acyl-S-carrier protein intermediates. (J Am Chem Soc. , 2005)
[17887753] Regiospecific chlorination of (S)-beta-tyrosyl-S-carrier protein catalyzed by SgcC3 in the biosynthesis of the enediyne antitumor antibiotic C-1027. (J Am Chem Soc. , 2007)
comment
Streptomyces globisporus
Alkylhalidase
C-1027生合成遺伝子sgcC3

[PMID:16104723]
C-1027のbeta-amino acid moiety生合成の報告

SgcC2 のFT-MSの結果と、SgcC1のアミノ酸依存性のATP-[32P]PPi exchange dataは、SgcC1が(S)-beta-tyrosine特異的なadenylation enzymeで、SgcCとSgcC3はbeta-aminoacyl-S-SgcC2を基質として利用すると示した。
また、sgcC3, sgcCの各欠損株の産物より、SgcC3はSgcCよりも前に働くと推定している。


[PMID:17887753]
SgcC3の機能解析

SgcC3 は、L-alpha-tyrosineから合成される(S)-3-chloro-4,5-dihydroxy-β-phenylalanine moietyの生合成において３番目の酵素変換反応を触媒する事を明らかにした。
SgcC3はflavin reductase component(sgcE6)からreduced flavin(FADH2)を得てtwo-component systemとして機能する。

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selected fasta
>putative halogenase [CalO3]
MSHPEPEYDVIVVGGGPAGSSTAGLLAQEGHRVLLLEREKFPRYHIGESLISGVTLTLDA
LGVRERMAELRFQIKHGGSLLWGADQTAPWSFRFREIRDARFDYSWQVRRAEFDAMLLDR
ARELGVVVVEGATVRGPLTDGERVAGVSYQFRGEADPIDARAAIVVDASGQQRWLGRHFG
LVSWHDDLRNMAAWSYYAGALRYPGDHEGDLLVESCAQGWLWYAPLSPTLTGIGYVTPSD
RFAETGLPPDQLLEKQIAESNEVSWLTAGARRVDVYRTARDWSYACSQFSGPGWVLVGDA
AAFIDPLLSSGVTLAMRGALSLSRAVHEALAAPEKERHLMQVYEDRYRDFLAALLDLIRF
FYDGAHGRDELHLRAQAIVDPDRLMPPKISFVSLLSGLARGDETLDRSPRTAIDRPSDAI
selected fasta
>putative halogenase [CalO3]
ATGAGCCACCCCGAACCCGAGTACGACGTGATCGTCGTGGGCGGCGGCCCGGCCGGATCG
AGCACGGCCGGTCTGCTCGCCCAGGAGGGCCACCGGGTCCTGCTGCTGGAGCGCGAGAAG
TTCCCCCGCTACCACATCGGCGAGTCCCTGATCAGCGGCGTCACCCTCACCCTGGACGCG
CTCGGCGTACGCGAGCGGATGGCGGAGCTGCGCTTCCAGATCAAACACGGCGGCAGCCTG
CTGTGGGGGGCCGATCAGACCGCCCCGTGGTCGTTCCGGTTCCGGGAGATCCGCGACGCC
CGGTTCGACTACTCGTGGCAGGTCCGGCGTGCCGAATTCGACGCGATGCTGCTGGACCGG
GCGCGGGAACTGGGCGTGGTGGTGGTCGAGGGAGCCACCGTCCGGGGGCCGCTGACCGAC
GGCGAGCGGGTCGCGGGCGTCAGCTACCAGTTCCGGGGTGAGGCCGACCCGATCGACGCC
CGCGCCGCGATCGTGGTCGACGCGTCGGGGCAGCAGCGCTGGCTCGGCCGGCACTTCGGG
TTGGTCTCCTGGCACGACGACCTGCGCAACATGGCGGCGTGGAGCTACTACGCCGGGGCG
CTGCGCTACCCCGGCGATCACGAGGGCGACCTGCTCGTCGAGAGCTGCGCCCAGGGTTGG
CTCTGGTACGCGCCGCTGAGCCCCACCCTGACCGGGATCGGGTACGTCACCCCGTCGGAC
CGGTTCGCCGAGACCGGCCTTCCCCCGGATCAGTTGCTGGAGAAACAGATCGCGGAGTCG
AACGAGGTCTCCTGGCTCACCGCCGGCGCGCGGCGGGTCGACGTCTACCGCACCGCGCGG
GACTGGTCGTACGCGTGCAGCCAGTTCTCCGGGCCGGGCTGGGTGCTGGTCGGTGACGCC
GCCGCCTTCATCGACCCCCTGCTGTCCTCCGGCGTGACGCTGGCGATGCGCGGCGCGCTC
AGCCTGTCCCGGGCGGTGCACGAGGCACTGGCCGCGCCGGAGAAGGAGCGCCATCTCATG
CAGGTGTACGAGGACCGCTACCGGGACTTCCTCGCCGCCCTGCTGGATCTGATCCGGTTC
TTCTACGACGGCGCGCACGGCCGCGACGAGTTGCACCTGCGCGCCCAGGCCATCGTGGAC
CCGGACCGGCTGATGCCTCCGAAGATCTCGTTCGTCTCCCTGCTGTCGGGGCTGGCGCGG
GGCGACGAGACGCTCGACCGCAGCCCTCGGACGGCCATTGACCGACCGTCAGACGCTATA
TAA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR003042 Aromatic-ring hydroxylase-like (Domain)
[9-31] 3.0999994589937e-08 PR00420 [291-306] 3.0999994589937e-08 PR00420 [306-322] 3.0999994589937e-08 PR00420
PR00420   RNGMNOXGNASE
IPR006905 Tryptophan halogenase (Family)
[9-96] 1.7e-13 PF04820 [100-369] 6.90000000000001e-22 PF04820
PF04820   Trp_halogenase
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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