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Salino3_00330 : CDS information

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Organism
StrainXM211
Entry nameSalinomycin
Contig
Start / Stop / Direction105,116 / 105,877 / + [in whole cluster]
105,116 / 105,877 / + [in contig]
Location105116..105877 [in whole cluster]
105116..105877 [in contig]
TypeCDS
Length762 bp (253 aa)
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Category1.4 Other
Productputative type II thioesterase
Product (GenBank)putative thioesterase
Gene
Gene (GenBank)slnDII
EC number
Keyword
  • type II thioesterase
Note
Note (GenBank)
  • SlnDII
Reference
ACC
PmId
[22156425] Cloning and characterization of the polyether salinomycin biosynthesis gene cluster of Streptomyces albus XM211. (Appl Environ Microbiol. , 2012)
comment
polyetherに特異的なepoxidaseの配列に基づいた縮重プライマーを用いてStreptomyces albus XM211からsalinomycin(sln)生合成gene clusterを同定。

SlnDII (253aa) : Thioesterase

置換によるslnDI disruption mutantでのsalinomycin産生レベルはwildに似ているが、slnDII disruption mutantでは40-50%減る。

slnDI と slnDII はpolyketide生合成効率を確実にするため、未加工PKS proteinsから伸長できない残基を除去する編集機能を持つと予測される。
Related Reference
ACC
Q7BUF9
NITE
Rifam_00540
PmId
[19103602] Structure and functional analysis of RifR, the type II thioesterase from the rifamycin biosynthetic pathway. (J Biol Chem. , 2009)
comment
Blast 18th, id42%, 6e-37
Amycolatopsis mediterranei_rifR
RifR

RifRは、acyl-CoAsよりacyl carrier domainのphosphopantetheinyl armからのacyl unitsをhydrolysisをする(Steady-state kinetics)。
helical lidの運動が、RifR active siteへの基質のアクセスを調節する(立体構造解析)。

RifRはCoA基質よりACP基質への反応を好む。これはtype II thioesteraseがcarrier domainsから異常unitsを除くようなhousekeeping functionsをすると考えられていることに一致する。
ACC
Q846W2
NITE
Monen_00290
PmId
[16984884] Identification of NanE as the thioesterase for polyether chain release in nanchangmycin biosynthesis. (Chem Biol. , 2006)
comment
Blast 4th, id40%, 1e-39
Streptomyces cinnamonensis_monAX
Thioesterase

対照実験として。
MonAXはdiketide-SNACを加水分解したが、polyether-SNACを加水分解しなかった。
よって、polyether鎖の放出には関与しない。
ACC
H1ZZV3
NITE
Salino_01110
PmId
[22076845] A late-stage intermediate in salinomycin biosynthesis is revealed by specific mutation in the biosynthetic gene cluster. (Chembiochem. , 2012)
comment
配列は[H6D589]と全く同じ。株違い。
GenBank, UniProtではsalGI と salGII が論文と逆で登録されている。

---
monC gene-based hybridisation probeを使って、Streptomyces albus DSM 41398からsalinomycin(sal)生合成gene clusterを同定。

salGII (253aa) : putative type II thioesterase

配列解析からSalGI と SalGII は、不適切にロードされたacyl鎖や立ち往生しているpolyketide中間体を加水分解して鎖伸長を補助すると提唱されている。

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selected fasta
>putative type II thioesterase [putative thioesterase]
MVRHPWDVQAPDAPVRLFCLPWAGGSAVFYQRAWQREFAPDVDVRPLELPGRGIESDEKL
LRRVDDLVDFLLDRLTPLLDRPYALFGHSMGALLSLELTRRLAAEGYPAPVRLFQSGSGI
PGRRHRTTGRALHTLPENEFREWLRTTGGTPAAVFQNPELLDHLSPLLRADFELCDVYRE
RGGAPLSCPVTAIGGDADPYVPVEALSEWSEITTGPCELMVLSGGHFAFQDHLDRVRSYV
AAALRTATAGLTH
selected fasta
>putative type II thioesterase [putative thioesterase]
ATGGTCCGTCACCCCTGGGACGTTCAGGCGCCGGACGCACCCGTGCGGCTGTTCTGCCTT
CCGTGGGCCGGAGGCAGCGCCGTCTTCTACCAGCGGGCCTGGCAGAGAGAGTTCGCACCG
GACGTCGATGTGCGGCCCCTCGAACTCCCGGGCCGCGGCATCGAGTCGGACGAGAAGCTG
CTGCGCCGGGTCGACGACCTGGTCGACTTCCTCCTCGACCGCCTCACCCCGCTCCTGGAC
CGCCCCTACGCCCTCTTCGGCCACAGCATGGGCGCCCTGCTCAGCCTGGAACTCACCCGG
CGCCTGGCCGCCGAGGGCTACCCCGCGCCGGTCCGCCTCTTCCAGTCCGGCAGCGGCATC
CCCGGACGGCGGCACCGCACCACCGGCCGCGCCCTGCACACGCTGCCCGAGAACGAGTTC
CGGGAGTGGCTGCGCACCACCGGCGGGACGCCCGCGGCCGTCTTCCAGAACCCCGAACTC
CTCGACCACCTCTCGCCGTTGCTCCGCGCCGACTTCGAACTCTGCGATGTCTACCGGGAG
CGCGGCGGTGCCCCGCTGTCCTGCCCGGTGACCGCGATCGGCGGCGACGCCGACCCGTAC
GTCCCCGTCGAGGCGCTCTCCGAATGGAGCGAGATCACCACCGGGCCCTGCGAGTTGATG
GTGCTCTCCGGCGGCCACTTCGCCTTCCAGGACCACCTGGACCGCGTGCGGTCCTATGTC
GCCGCGGCGCTGCGGACCGCGACGGCCGGACTCACCCACTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001031 Thioesterase (Domain)
[16-241] 3.5e-41 PF00975
PF00975   Thioesterase
SignalP
[1-27] 0.222 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
Salino3_00320 Salino3_00320   Salino3_00340 Salino3_00340
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