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Salino3_00360 : CDS information

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Organism
StrainXM211
Entry nameSalinomycin
Contig
Start / Stop / Direction111,671 / 109,104 / - [in whole cluster]
111,671 / 109,104 / - [in contig]
Locationcomplement(109104..111671) [in whole cluster]
complement(109104..111671) [in contig]
TypeCDS
Length2,568 bp (855 aa)
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Category4.1 transcriptional regulator
Productputative transcriptional regulator
Product (GenBank)putative SARP family transcriptional regulator
Gene
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
  • SARP family
Note
Note (GenBank)
  • Orf15
Reference
ACC
PmId
[22156425] Cloning and characterization of the polyether salinomycin biosynthesis gene cluster of Streptomyces albus XM211. (Appl Environ Microbiol. , 2012)
comment
polyetherに特異的なepoxidaseの配列に基づいた縮重プライマーを用いて、Streptomyces albus XM211からsalinomycin(sln)生合成gene clusterを同定。

Orf15 (855aa) : SARP family transcriptional regulator

orf14-orf17を削除すると、salinomycin産生はwildの45%に低下した。
この結果はSARP family transcriptional regulator gene orf15が削除されたためと考えられている。
Related Reference
ACC
Q2MGB3
NITE
Fred_00260
PmId
[18556785] Identification and utility of FdmR1 as a Streptomyces antibiotic regulatory protein activator for fredericamycin production in Streptomyces griseus ATCC 49344 and heterologous hosts. (J Bacteriol. , 2008)
comment
Blast 16th, id40%, 9e-64
Streptomyces griseus
Regulatory protein
[DoBISCUIT]transcriptional activator_fdmR1

FdmR1はStreptomyces antibiotic regulatory protein (SARP) familyのメンバーに高い類似性を示す。

fdmR1不活化でfredericamycin (FDM)生合成不可、相補で回復。
RT-PCRによる転写解析で、fdm gene cluster 28genesのうちfdmRとfdmT2以外の26genesが、FdmR1のpositive control下にあることが判明。
fdmR1過剰発現でFDM力価は5.6倍に改善。

fdm clusterを異種性に発現した時、Streptomyces albusではFDM産生可能だが、Streptomyces lividansではできない。
しかし、fdmR1を恒常的に発現するとFDM産生をもたらすことができる。そしてputative ketoreductaseをコードするfdmCを、fdmR1と同時に過剰発現することによってさらに拡大される。
ACC
Q54494
NITE
Nogl_00360
PmId
[8668120] A gene cluster involved in nogalamycin biosynthesis from Streptomyces nogalater: sequence analysis and complementation of early-block mutations in the anthracycline pathway. (Mol Gen Genet. , 1996)
[9349712] Characterization of Streptomyces nogalater genes encoding enzymes involved in glycosylation steps in nogalamycin biosynthesis. (Mol Gen Genet. , 1997)
comment
Blast 21st, id35%, 2e-62
Streptomyces nogalater_snorA
[DoBISCUIT]transcriptional regulator

--
[PMID: 8668120](1996)
S. nogalaterのanthracycline生合成gene clusterを解析。
11kb領域に11ORFs(snoEDCBA123XYZ)が同定されている。

deduced function
snoA(665aa): regulatory

regulatory geneに傷害があると予測されるS.nogalater mutant Sno-615を、SnoAのN末415aaを含んだpSY22で完全に相補することができ、wild S.nogalaterと同じ量のnogalamycinを産生できた。
wild S.nogalater and S.galilaeusにpSY22を導入すると、S.nogalaterではわずかにnogalamycin産生増加、S.galilaeusでは効果なし。
SnoAは、少なくともminimal PKSのregulationに関与するとされている。

---
[PMID: 9349712](1997)
ermE or snoAを含むvectorsを用いないとaclacinomycin経路でのrhodosamine and 2-deoxyfucoseの生合成ができないS.galilaeus mutant H039の相補実験がうまくいかない。
snoAを含むvectorではsnoEまで含むfragmentでないと相補できないことから、このclusterのpromoterはsnoE上流にあり、これらの遺伝子はsnoAの発現によって調節されると示唆された。

sno minimal PKSのtranscriptional activatorであるSnoAは、nogalamycin sugar moietyの生合成に関与するsnoFGHの発現にも必要である。
ACC
P25941
PmId
[2253887] Primary structure of AfsR, a global regulatory protein for secondary metabolite formation in Streptomyces coelicolor A3(2). (Gene. , 1990)
[11952895] afsS is a target of AfsR, a transcriptional factor with ATPase activity that globally controls secondary metabolism in Streptomyces coelicolor A3(2). (Mol Microbiol. , 2002)
[17434533] AfsR recruits RNA polymerase to the afsS promoter: a model for transcriptional activation by SARPs. (J Mol Biol. , 2007)
comment
Blast 55th, id37%, 4e-56
Streptomyces coelicolor_afsR(afsB)
Regulatory protein afsR

---
[PMID: 2253887](1990)
S.lividansのafsBを相補。
pigment生産に関するregulatory proteinとして同定。
2次代謝系のglobal regulatory proteinだとしている。

---
[PMID: 11952895](2002)
afsRのターゲットがafsSであることを示し、afsR欠失株ではafsSの転写が起こらないことを示す。

---
[PMID: 17434533](2007)
afsRがafsSの上流に結合して、RNA polymeraseのリクルートを介して転写活性化を行うことを示した。
ACC
H1ZZV8
NITE
Salino_01160
PmId
[22076845] A late-stage intermediate in salinomycin biosynthesis is revealed by specific mutation in the biosynthetic gene cluster. (Chembiochem. , 2012)
comment
株違いsalinomycin cluster geneのentry.
[H6D592]のC末と全く同じ配列。

monC gene-based hybridisation probeを使って、Streptomyces albus DSM 41398からsalinomycin(sal)生合成gene clusterを同定。

salU (241aa) : regulatory

詳細記載なし。

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selected fasta
>putative transcriptional regulator [putative SARP family transcriptional regulator]
MRFQVLGPLAVRAAEPGRSTLTPRAAKLRVVLATLLVRRGEIVSVAGLIDELWGDRPPRT
AKTTLQVYVSQLRKRLFGGAPGTGTLETRMPGYLLQVDPEQLDLSAFESLHARGREAMED
RDWDRAADRQRRALALWRGPLLSDTPHGALLGTAATRLAELRTSALEQRIRAELHQGRHH
DLVGELQGLTAEFPLREEFHAHLMVALYRTGRQAEALRAFAALRRTLVEELAIEPGRALQ
ELHRRILAADETLLGPPEAPVVLTEAPQTAPGTAPVRLPDRVADELPPPEPLFTGRTAAL
DALGAELAAGAGGCVLVTGGPGTGKTALALAAAHAAGFPDGRVLVECGAEGAPRDEAPLL
TEVLRRCGATGTLPEHGAELAALLRTLTAGRRLLFVLDGADRAELILPVCAAAPGSVVLA
TSRRSPAGVEGRTLRLGELDPAEARELLLAARRAQQGPEASGGAPDPAVLDRIVRRCGAL
PGALRAAAGLLPLHPHWDADRLAERLRAEDTRLGLLRRGSARFARSLESAYGTAADPAGF
RLLGLLPPGPFTVPAAAALFGSGPGAAEDRLGALLAEGLLTTVPAAAPGGARFRLPEALR
LLALERLRAEDEAPVLRAATGRLCDHLSARLAAAYRGGGPERAAHPDLVRLLERAHDLGL
WAPVVRLAEALTPSFEEQADWGPWREGHTRALDAARRAGDRRAEARLRRSLGDLAWQRRG
HTAARAHYAAALALARGVPDAEETGRCLAGLAELSLDAGGFTEAARLLDLALAASGDGGR
GRYEARRVGALLALDRGRPEAAERHFAECLRLAAALGEPRLEAYARRCLAGVRDAPGSPG
GLELRPGVWRLRPAH
selected fasta
>putative transcriptional regulator [putative SARP family transcriptional regulator]
ATGCGGTTCCAGGTACTGGGTCCCCTGGCGGTGCGGGCCGCCGAGCCGGGGCGGAGCACC
CTCACCCCGCGCGCCGCCAAGCTCCGCGTGGTGCTCGCCACGCTCCTGGTGCGCCGCGGC
GAGATCGTCTCGGTGGCCGGACTGATCGACGAGCTGTGGGGCGACAGGCCGCCGCGCACC
GCGAAGACGACCCTCCAGGTGTACGTCTCCCAGCTGCGCAAGCGGCTCTTCGGCGGCGCC
CCCGGCACCGGGACGCTGGAGACGCGGATGCCCGGCTACCTCCTCCAGGTGGACCCGGAG
CAGCTGGACCTGAGCGCCTTCGAGTCCCTGCACGCGCGCGGGCGCGAGGCGATGGAGGAC
CGGGACTGGGACCGGGCGGCGGACCGGCAGCGCCGCGCCCTGGCGCTCTGGCGCGGCCCG
CTGCTCTCGGACACCCCGCACGGCGCCCTGCTTGGCACCGCCGCGACCCGGCTCGCCGAG
CTGCGGACCAGCGCCCTGGAGCAGCGGATACGCGCCGAGCTGCACCAGGGCCGCCACCAC
GACCTGGTCGGTGAACTCCAGGGCCTGACCGCGGAGTTCCCGCTGCGCGAGGAGTTCCAC
GCGCATCTGATGGTGGCGCTCTACCGCACCGGGCGGCAGGCCGAGGCGCTGCGCGCCTTC
GCCGCCCTGCGCCGCACCCTGGTCGAGGAGCTGGCGATCGAGCCGGGCCGCGCGCTCCAG
GAGCTGCACCGCCGGATCCTCGCCGCCGACGAGACCCTGCTCGGCCCGCCGGAGGCACCG
GTGGTGCTCACGGAGGCGCCGCAGACCGCGCCGGGGACGGCACCGGTGCGCCTCCCGGAC
CGGGTGGCGGACGAACTCCCGCCGCCGGAACCGCTGTTCACCGGACGGACCGCCGCCCTG
GACGCCCTCGGCGCGGAGCTGGCCGCGGGCGCGGGCGGCTGCGTCCTGGTGACCGGAGGG
CCCGGGACCGGCAAGACGGCACTGGCGCTCGCGGCGGCCCACGCGGCGGGCTTCCCGGAC
GGCCGGGTCCTGGTGGAGTGCGGGGCCGAGGGGGCGCCCCGCGACGAGGCCCCCCTGCTC
ACAGAGGTGCTGCGCCGCTGCGGGGCCACCGGCACGCTGCCGGAGCACGGCGCCGAGCTG
GCCGCACTGCTGCGGACGCTCACCGCCGGGCGGCGGCTGCTCTTCGTCCTGGACGGGGCC
GACCGGGCGGAGCTGATCCTGCCCGTGTGCGCGGCCGCCCCCGGCAGCGTGGTCCTCGCG
ACCTCCCGCCGGAGCCCGGCGGGCGTCGAGGGCCGGACCCTCCGGCTCGGCGAGCTGGAC
CCGGCCGAGGCGCGGGAGCTGCTGCTCGCCGCCCGCAGGGCGCAGCAGGGGCCGGAGGCC
TCCGGCGGCGCCCCGGATCCGGCCGTCCTGGACCGGATCGTGCGCCGGTGCGGGGCGCTG
CCGGGCGCGCTGCGCGCCGCGGCCGGGCTGCTCCCGCTCCACCCGCACTGGGACGCCGAC
CGCCTCGCCGAGCGGCTGCGCGCGGAGGACACCCGGCTCGGGCTGCTGCGCCGCGGCAGC
GCCCGCTTTGCCCGGTCCCTGGAGTCCGCGTACGGGACCGCCGCGGACCCGGCGGGCTTC
CGGCTGCTCGGGCTGCTGCCGCCGGGGCCCTTCACGGTGCCCGCCGCCGCGGCGCTCTTC
GGCAGCGGACCGGGGGCCGCGGAGGACCGCCTCGGCGCGCTGCTCGCCGAGGGCCTGCTC
ACCACCGTGCCCGCCGCCGCACCGGGCGGGGCCCGCTTCCGGCTGCCCGAGGCGCTGCGG
CTGCTCGCCCTGGAGCGGCTGCGCGCGGAGGACGAGGCACCGGTGCTGCGGGCCGCGACC
GGTCGGCTCTGCGACCACCTGTCCGCCCGGCTGGCGGCGGCGTACCGCGGCGGCGGCCCG
GAGCGCGCCGCGCACCCGGATCTCGTACGGCTCCTGGAGCGGGCCCATGACCTGGGGCTG
TGGGCCCCGGTGGTGCGGCTCGCCGAGGCGCTCACCCCCTCCTTCGAGGAGCAGGCCGAC
TGGGGGCCCTGGCGGGAGGGCCACACCCGCGCCCTGGACGCGGCCCGGCGCGCGGGCGAC
CGCCGGGCCGAGGCGCGCCTGCGCCGCTCGCTGGGCGACCTGGCCTGGCAGCGGCGGGGG
CACACCGCAGCCCGCGCGCACTACGCGGCCGCCCTCGCGCTGGCGCGCGGGGTCCCGGAC
GCCGAGGAGACCGGCCGCTGCCTCGCCGGGCTCGCCGAACTCAGCCTGGACGCGGGCGGG
TTCACCGAGGCGGCCCGGCTGCTCGACCTCGCGCTCGCGGCGAGCGGGGACGGCGGGCGC
GGCCGGTACGAGGCCCGGCGGGTGGGCGCGCTGCTGGCCCTGGACCGCGGGCGGCCCGAG
GCGGCCGAGCGGCATTTCGCGGAGTGCCTGCGGCTGGCCGCGGCGCTCGGCGAGCCCCGC
CTGGAGGCCTACGCCCGGCGCTGCCTGGCCGGGGTGCGCGACGCCCCCGGGAGCCCGGGC
GGACTCGAACTGCGGCCCGGCGTCTGGCGGTTGCGCCCGGCCCACTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001867 Signal transduction response regulator, C-terminal (Domain)
[17-95] 6.59999852526375e-10 SM00862
SM00862   Trans_reg_C
[23-95] 6.3e-12 PF00486
PF00486   Trans_reg_C
IPR003593 AAA+ ATPase domain (Domain)
[311-455] 1.49999977583352e-07 SM00382
SM00382   AAA
IPR005158 Bacterial transcriptional activator domain (Domain)
[102-247] 1.29999999999998e-46 PF03704
PF03704   BTAD
[102-247] 3.10001307370206e-53 SM01043
SM01043   BTAD
IPR011990 Tetratricopeptide-like helical (Domain)
[108-223] 2.9e-08 G3DSA:1.25.40.10 [676-814] 3.60000000000001e-11 G3DSA:1.25.40.10
G3DSA:1.25.40.10   TPR-like_helical
IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain)
[21-98] 6e-08 G3DSA:1.10.10.10
G3DSA:1.10.10.10   Wing_hlx_DNA_bd
IPR016032 Signal transduction response regulator, C-terminal effector (Domain)
[1-96] 1.69999922284049e-12 SSF46894
SSF46894   Bipartite_resp_reg_C-effector
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Salino3_00350 Salino3_00350   Salino3_00370 Salino3_00370
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