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Salino3_00370 : CDS information

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Organism
StrainXM211
Entry nameSalinomycin
Contig
Start / Stop / Direction111,987 / 113,780 / + [in whole cluster]
111,987 / 113,780 / + [in contig]
Location111987..113780 [in whole cluster]
111987..113780 [in contig]
TypeCDS
Length1,794 bp (597 aa)
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Category5.1 general function
Productputative carboxylic acid--ACP ligase
putative acyl-ACP synthetase
Product (GenBank)putative AMP-binding domain-containing protein
Gene
Gene (GenBank)
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • Orf16
Reference
ACC
PmId
[22156425] Cloning and characterization of the polyether salinomycin biosynthesis gene cluster of Streptomyces albus XM211. (Appl Environ Microbiol. , 2012)
comment
polyetherに特異的なepoxidaseの配列に基づいた縮重プライマーを用いて、Streptomyces albus XM211からsalinomycin(sln)生合成gene clusterを同定。

Orf16 (597aa) : Acyl-CoA synthetase

orf14-orf17を削除すると、salinomycin産生はwildの45%に低下した。
この結果はSARP family transcriptional regulator gene orf15が削除されたためと考えられている。
Related Reference
ACC
D2IKP9
PmId
comment
Blast id46%
Streptomyces sp. 88-682_rkA
Palmitoyl-CoA synthetase

protein phosphatase inhibitor RK-682生合成に関与するrk genesについての報告。

single-module PKS multienzyme RkCでの伸長の前にRkAがpalmitic acidを活性化してそれをACP RkBへロードするという提唱をテストするため、palmitic acid, CoA, ATP, MgCl2 and RkAを含んだ混合物にholo-RkBを追加したところ、palmitic acid → palmitoyl-S-RkB への実質的変換(約80%)が起こった。

in vitroの結果に一致して、rkAのin-frame deletion mutantはRK-682の産生が約2000倍減少した。mutantはまだわずかな量のRK-682を産生したので、他の酵素が（たとえ弱くても）RkAを代替できるのかもしれない。
ACC
Q50E76
PmId
comment
Blast id43%
Streptomyces filamentosus (Streptomyces roseosporus)_dptE
Acyl-CoA ligase

daptomycin生合成において脂質化に関与すると考えられているdptEとdptFのクローニング、異種性発現、精製したタンパクの生化学的特徴づけ。

DptEはATPを消費して中〜長鎖分枝脂肪酸を優先的に活性化してacyl-AMPとし、これをCoAではなく、他のACPより特異的にDptF(同族のACP)へ移すことが確認されている。

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selected fasta
>putative carboxylic acid--ACP ligase [putative AMP-binding domain-containing protein]
MLRERAAAHPGREALVFLPASGGAPERLDYGTLDAAARSLAHRLCALGAPGRPVLLAHPP
GPNFLKALAGCFYAGAVPVPVPLPGPRGERLHRLTGVLRDSGARLVLTDEEHAPDLSLRL
AMAGLGDTVCLAADRPEATAPGGEEPPARSGGDLALVQYTSGSTTRPRGVLLSHRNLLAQ
QSTLQGMLRSTPADRLGGWLPHFHDLGLIAHLLHALWLGTRCVQLPPATFRKSPVRWLEA
IGEHGITIGGAPHFAYERCVEAVTEEQAAGLDLSGWRLALDGGEPVRPAGLAAFTRRFAP
AGFRAEALCPGYGLAEAALAVSCGRPGLPYAVRDFDAARLTAGELRPAAPGAASRALVGL
GRPAGCELRIVDPADGSELAPGRVGEIWVRGEGVARGYWNRSPGGTDTPDGAETFDATLD
SGEGGYLRTGDLGALEAGQLYVTGRLKDLLFLEGRTIHPADIEAAPRELSPALGTGVGAA
FTVEADRPRLVLVQEIRADRTDPGRLPALAARIRLLIAEEFEVPAENILLVAPGTVSRTT
DGTVHRARTRTRFLTGETESLYETLTPDVRALVRPEHTALGHDLLQRPVPAEADLAW
selected fasta
>putative carboxylic acid--ACP ligase [putative AMP-binding domain-containing protein]
GTGCTGCGCGAGCGGGCCGCCGCACATCCGGGCCGCGAGGCCCTGGTCTTCCTGCCCGCC
TCCGGCGGCGCCCCCGAACGCCTCGACTACGGGACGCTCGACGCCGCCGCCCGGAGCCTC
GCCCACCGCCTGTGCGCCCTCGGCGCCCCCGGTCGCCCCGTCCTCCTCGCCCACCCGCCG
GGCCCCAACTTCCTGAAGGCGCTGGCCGGTTGCTTCTACGCGGGTGCCGTACCCGTACCC
GTACCGCTGCCGGGACCGCGCGGCGAACGCCTGCACCGGCTCACGGGTGTGCTGCGCGAC
AGCGGCGCCCGCCTCGTCCTCACCGACGAGGAGCACGCCCCCGACCTCTCGCTCCGGCTG
GCGATGGCGGGCCTCGGCGACACGGTCTGCCTGGCCGCGGACCGGCCGGAGGCGACCGCC
CCCGGCGGCGAGGAGCCCCCCGCGCGGTCCGGCGGCGACCTCGCCCTGGTGCAGTACACC
TCCGGCTCCACCACCCGCCCGCGCGGCGTCCTGCTCAGCCACCGCAACCTCCTCGCCCAG
CAGTCCACCCTGCAGGGCATGCTCCGCTCCACCCCCGCGGACCGGCTCGGCGGCTGGCTG
CCGCACTTCCACGACCTGGGCCTGATCGCGCACCTGCTGCACGCCCTGTGGCTGGGCACC
CGGTGCGTCCAACTCCCCCCGGCGACCTTCCGGAAGAGCCCGGTGCGCTGGCTGGAGGCG
ATCGGCGAGCACGGCATCACCATCGGCGGCGCGCCCCACTTCGCCTACGAGCGGTGCGTC
GAGGCGGTCACCGAGGAGCAGGCCGCGGGACTCGACCTCTCCGGCTGGCGGCTGGCCCTC
GACGGCGGGGAACCGGTGCGCCCCGCGGGGCTCGCCGCCTTCACCCGCCGCTTCGCGCCC
GCCGGATTCCGCGCCGAGGCCCTCTGCCCCGGCTACGGACTCGCCGAGGCCGCCCTCGCC
GTGAGCTGCGGTCGGCCCGGACTCCCTTATGCCGTACGGGACTTCGACGCCGCCCGCCTC
ACCGCGGGCGAACTGCGGCCCGCCGCGCCCGGCGCCGCGAGCCGCGCCCTGGTCGGCCTG
GGCCGCCCCGCGGGCTGCGAGCTGCGGATCGTGGACCCGGCCGACGGCAGCGAACTGGCC
CCCGGCCGGGTCGGGGAGATCTGGGTCCGCGGCGAGGGCGTCGCCCGCGGCTACTGGAAC
CGCTCCCCAGGCGGCACGGACACCCCGGACGGCGCGGAGACCTTCGACGCCACCCTCGAC
AGCGGCGAGGGCGGCTATCTGCGCACCGGCGACCTCGGCGCCCTGGAGGCCGGGCAGCTC
TACGTCACCGGCCGCCTGAAGGACCTCCTCTTCCTGGAGGGGCGCACGATCCACCCGGCC
GACATCGAGGCGGCCCCGCGCGAGCTGAGCCCCGCCCTCGGCACCGGAGTCGGCGCCGCC
TTCACCGTGGAGGCGGACCGCCCCCGCCTCGTCCTCGTCCAGGAGATCCGCGCCGATCGC
ACCGACCCGGGCCGCCTGCCCGCCCTCGCCGCCCGGATCCGCCTGCTGATCGCCGAGGAG
TTCGAGGTGCCCGCCGAGAACATCCTCCTCGTCGCCCCCGGCACCGTCTCCCGCACCACC
GACGGCACGGTGCACCGCGCCCGCACCCGCACCCGCTTCCTCACGGGCGAAACGGAGAGC
CTGTACGAGACGCTCACCCCCGATGTCCGCGCCCTGGTCCGCCCCGAGCACACCGCGCTC
GGGCACGACCTGCTCCAGCGCCCGGTGCCCGCCGAAGCGGACCTCGCGTGGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR000873 AMP-dependent synthetase/ligase (Domain)
[30-466] 5.09999999999992e-76 PF00501
PF00501   AMP-binding
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Salino3_00360 Salino3_00360   Salino3_00380 Salino3_00380
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