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Salino3_00380 : CDS information

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Organism
StrainXM211
Entry nameSalinomycin
Contig
Start / Stop / Direction113,774 / 115,492 / + [in whole cluster]
113,774 / 115,492 / + [in contig]
Location113774..115492 [in whole cluster]
113774..115492 [in contig]
TypeCDS
Length1,719 bp (572 aa)
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Category5.1 general function
Productputative acyl-CoA dehydrogenase
Product (GenBank)putative acyl-CoA dehydrogenase
Gene
Gene (GenBank)
EC number1.3.99.-
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • Orf17
Reference
ACC
PmId
[22156425] Cloning and characterization of the polyether salinomycin biosynthesis gene cluster of Streptomyces albus XM211. (Appl Environ Microbiol. , 2012)
comment
polyetherに特異的なepoxidaseの配列に基づいた縮重プライマーを用いて、Streptomyces albus XM211からsalinomycin(sln)生合成gene clusterを同定。

Orf17 (572aa) : Acyl-CoA dehydrogenase

orf14-orf17を削除すると、salinomycin産生はwildの45%に低下した。
この結果はSARP family transcriptional regulator gene orf15が削除されたためと考えられている。
Related Reference
ACC
Q4H1D1
PmId
comment
Blast id29%
Actinoplanes friuliensis_lipB
Acyl-CoA dehydrogenase

lipB mutantではB.subtilisの生育阻止円がwildより小さかったので、friulimicin産生が減少したか、friulimicinが修飾されて生物活性が減ったと示唆された。

lipB mutant培養上清から得た産物 FR242のアシル基は特徴的なΔcis3二重結合を欠く、ということがGC and GC-MS spectraで示された。FR242の生物活性はfriulimicinより低かった。

lipBを発現したS. lividansでの脂肪酸パターンをGC-MSで測定し、controlと比較した。lipB発現株ではcontrolでは見られない2つのピークが現れ、不飽和結合のある脂肪酸が形成されることが実証された。

以上から、LipBタンパクはfriulimicinのアシル基でのΔcis3二重結合の導入に関与するacyl-CoA dehydrogenaseであるとされている。そのメカニズムは不明で、2つの経路を仮定している。

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selected fasta
>putative acyl-CoA dehydrogenase [putative acyl-CoA dehydrogenase]
MVSTRAGAPGTGVARRPEPPPVRAARLEDLLGDPAAHRPAGHRALLAADRRGRPPAEAEA
LLDDFGMGAELVPRALGGHFDSAEGLLRILRPAARRDLALGAGALDSFAAASPVWAAGRP
DQRAALAALLRSGERAALAAPAGLADHTLQVRGPGLHGAASGIAQLPRARALVVFPRREP
ERTGHTALLLDPAALPPDRARLRPRPPGPGLRHIPYGDLEFTDCPVPGGSLLGDPGDGMP
LALRSLRTARTLTAALCVGAADTALRTAALTGRPDHDSRGPQAGSERRDPRRTAAVLSAA
FADLLLCDSLALAATRALHLRPAESALCSTAAASLLPRLLRGTLQDLSTLLGARILGEEG
GAGILAKHLRDLPALGAAARCRAALIPQLPLLARESWSREPEPSGELFHPGGPLPPFAHA
PLTTAARRDVLGAALLATAEQPFPDDPAGRALATLTRQLRADLLDLRDTARALPAPRPGH
AAAPAWFSLADRCVLLLAAGAVLGVWRHRRAAGDPFLADPAWAATALHRLAVRLGAPAVD
LPASCTARLHAEVLARCARRESLDLYRTALAG
selected fasta
>putative acyl-CoA dehydrogenase [putative acyl-CoA dehydrogenase]
GTGGTGAGCACCCGCGCCGGTGCCCCGGGCACCGGCGTCGCCCGCCGCCCCGAGCCGCCC
CCGGTGCGCGCCGCCCGCCTGGAGGACCTGCTCGGCGACCCGGCCGCGCACCGGCCCGCC
GGTCACCGGGCGCTGCTCGCCGCCGACCGCCGGGGGCGGCCGCCGGCGGAGGCCGAGGCC
CTGCTCGACGACTTCGGGATGGGCGCGGAACTCGTCCCCCGCGCGCTCGGCGGCCACTTC
GACTCCGCCGAGGGACTGCTGCGGATACTGCGCCCGGCGGCCCGGCGCGATCTCGCCCTG
GGCGCCGGGGCCTTGGACTCCTTCGCGGCGGCCTCGCCGGTGTGGGCGGCCGGGCGTCCG
GACCAACGCGCGGCCCTGGCCGCCCTGTTGCGCTCCGGGGAGCGCGCCGCCCTCGCGGCC
CCGGCCGGACTCGCGGACCACACCCTCCAGGTACGCGGGCCCGGCCTGCACGGCGCGGCC
TCCGGGATCGCCCAACTCCCGCGCGCCCGGGCGCTGGTGGTCTTCCCCCGCCGGGAACCG
GAGCGCACCGGCCACACCGCCCTGCTGCTCGACCCGGCCGCCCTGCCCCCGGACCGCGCC
CGCCTGCGCCCCCGCCCACCCGGGCCCGGACTGCGCCACATCCCGTACGGGGACCTGGAG
TTCACCGACTGCCCGGTACCCGGCGGGAGCCTGCTCGGTGACCCCGGGGACGGGATGCCG
CTCGCCCTGCGCTCGCTGCGCACCGCCCGGACCCTGACCGCGGCCCTGTGCGTAGGCGCC
GCCGACACCGCCCTGCGCACCGCCGCCCTCACCGGGCGCCCGGACCACGACTCCCGTGGC
CCGCAAGCCGGTTCGGAACGGCGCGACCCCCGGCGCACCGCCGCCGTCCTCAGCGCCGCC
TTCGCCGATCTGCTGCTCTGCGACAGCCTCGCCCTCGCCGCCACCCGCGCCCTGCACCTG
CGCCCCGCGGAATCCGCGCTCTGCTCGACGGCCGCGGCGAGCCTCCTGCCCCGGCTGCTC
CGCGGGACCCTCCAGGACCTCTCCACCCTGCTCGGCGCCCGGATCCTCGGCGAGGAGGGC
GGCGCGGGCATCCTCGCCAAGCACCTGCGCGACCTGCCCGCCCTCGGCGCCGCCGCGCGC
TGCCGTGCCGCACTCATCCCCCAACTGCCGCTGCTCGCCCGGGAGTCCTGGTCGCGCGAG
CCGGAGCCCTCCGGCGAACTCTTCCACCCCGGCGGCCCCTTGCCGCCCTTCGCCCACGCG
CCGCTCACCACGGCGGCCCGCCGGGACGTACTGGGCGCCGCCCTCCTCGCCACCGCCGAG
CAGCCCTTCCCGGACGACCCGGCGGGGCGCGCCCTGGCCACCCTGACCCGCCAACTGCGC
GCGGACCTGCTGGACTTGAGGGACACGGCCCGCGCGCTGCCCGCACCCCGCCCCGGTCAC
GCCGCTGCCCCGGCCTGGTTCTCGCTCGCCGACCGCTGTGTGCTGCTGCTCGCCGCCGGG
GCCGTCCTCGGCGTCTGGCGCCACCGGCGTGCCGCGGGCGACCCCTTCCTCGCCGACCCC
GCCTGGGCCGCCACCGCCCTGCACCGACTCGCCGTCCGGCTCGGCGCCCCCGCTGTGGAC
CTGCCCGCCTCCTGCACCGCCCGCCTGCACGCCGAGGTCCTCGCCCGCTGCGCCCGCCGG
GAGAGCCTCGACCTGTACCGCACCGCCCTCGCCGGATGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR009075 Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal (Domain)
[217-269] 1.1e-08 G3DSA:1.20.140.10
G3DSA:1.20.140.10   AcylCoA_DH_1/2_C
IPR009100 Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase (Domain)
[30-237] 8.90000829418053e-15 SSF56645
SSF56645   AcylCoA_dehyd_NM
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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