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Lasal2_00100 : CDS information

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Organism
StrainATCC 31180
Entry nameLasalocid
Contig
Start / Stop / Direction10,287 / 9,538 / - [in whole cluster]
10,287 / 9,538 / - [in contig]
Locationcomplement(9538..10287) [in whole cluster]
complement(9538..10287) [in contig]
TypeCDS
Length750 bp (249 aa)
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Category1.4 Other
Productputative type II thioesterase
Product (GenBank)thioesterase
Gene
Gene (GenBank)las1
EC number
Keyword
  • type II thioesterase
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[19025863] Analysis of specific mutants in the lasalocid gene cluster: evidence for enzymatic catalysis of a disfavoured polyether ring closure. (Chembiochem. , 2008)
comment
GenBank,Uniprotでは、NRRL3382Rと登録されている。

S. lasaliensis ATCC31180におけるLasalocid生合成gene clusterの報告。

las1: type II thioesterase
homology: thioesterase(PteH)_S.avermitilis MA-4680

このORFは遺伝子クラスターに含まれるmodular-PKSの典型的なdiscrete thioesterase(TEII)をコードするとしている。また、las1は必須ではないがmis-acetylateされたPKSの活性部位を加水分解するactivating roleを担うと推測された。
機能解析はされていない。
Related Reference
ACC
B6ZK57
NITE
Lasal_00060
PmId
[19129623] Identification of a gene cluster of polyether antibiotic lasalocid from Streptomyces lasaliensis. (Biosci Biotechnol Biochem. , 2009)
comment
GenBank,Uniprotでは、ATCC31180と登録されている。

S. lasaliensis ATCC35851におけるLasalocid生合成gene clusterの報告。

lsd4: polyketide biosynthesis
homolog: thioesterase(MonAX)_S.cinnamonensis

機能解析はされていない。
ACC
Q7BUF9
NITE
Rifam_00540
PmId
[19103602] Structure and functional analysis of RifR, the type II thioesterase from the rifamycin biosynthetic pathway. (J Biol Chem. , 2009)
comment
Amycolatopsis mediterranei
RifR_rifR
PKSDB:type II thioesterase_rifR
rifamycinの生合成gene

--
[PMID: 19103602]
orf12=rifR

RifRは、acyl-CoAsよりもacyl carrier domainのphosphopantetheinyl armからのacyl unitsを加水分解する(Steady-state kinetics)。
helical lidの運動が、RifR active siteへの基質のアクセスを調節する(立体構造解析)。

RifRがCoA基質よりACP基質への反応を好むことは、type II thioesteraseがcarrier domainsから異常unitsを除くようなhousekeeping functionsをすると考えられていることに一致する。

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selected fasta
>putative type II thioesterase [thioesterase]
MSTSVGSGTWIRQYRTAGPGAPRLVCFPHAGGSASFYFPVATALSPDVDVLAVQYPGRQD
RMGEQPLTDLRRLADQVAEALEPWRDQPLHLFGHSMGAVIAYEVALRLQQSPGPGPAALY
VSGRRAPSTRRTETVHLRDDAGLIRELKTLAGTDAALLADDDVLAMILPALRADYRAIET
YEHRPAPLLTCPVTALLGDADPKVTLAEAEVWREHTDEDFDLHVFPGGHFYLTTHQPAVL
TLLRERLKA
selected fasta
>putative type II thioesterase [thioesterase]
TTGAGTACATCGGTGGGCAGCGGTACGTGGATACGGCAGTACCGCACGGCCGGGCCGGGG
GCGCCCCGTCTGGTGTGCTTCCCGCACGCCGGAGGCTCGGCCAGCTTCTACTTCCCCGTG
GCCACCGCGCTCAGCCCGGACGTCGACGTCCTCGCGGTGCAGTACCCCGGCCGGCAGGAC
CGCATGGGGGAGCAGCCGCTCACGGACCTGCGGCGCCTCGCCGACCAGGTCGCCGAGGCA
CTCGAGCCCTGGCGCGACCAGCCCCTGCACCTCTTCGGACACAGCATGGGCGCCGTCATC
GCCTACGAGGTCGCCCTGCGTCTCCAGCAGTCCCCGGGTCCCGGCCCGGCCGCGCTCTAC
GTGTCCGGCCGGCGCGCCCCCTCCACCCGGCGCACCGAGACCGTGCACCTGAGGGACGAC
GCCGGTCTGATCCGTGAGCTGAAGACACTCGCCGGGACGGACGCGGCCCTGCTCGCCGAC
GACGACGTCCTCGCCATGATCCTGCCGGCGCTGCGCGCCGACTACCGGGCGATCGAGACG
TACGAGCACCGCCCGGCGCCCCTGCTCACCTGCCCGGTGACCGCCCTGCTGGGCGACGCC
GACCCCAAGGTCACGCTCGCCGAGGCCGAGGTGTGGCGGGAGCACACCGACGAGGACTTC
GACCTGCACGTGTTCCCGGGCGGCCACTTCTACCTGACGACCCACCAGCCGGCCGTGCTG
ACCCTGCTCCGGGAGCGTCTGAAGGCCTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001031 Thioesterase (Domain)
[23-244] 1.9e-62 PF00975
PF00975   Thioesterase
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
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