Balhi_00340 : CDS information

Location

Organism	Amycolatopsis balhimycina
Strain	DSM 5908
Entry name	Balhimycin
Contig	Y16952
Start / Stop / Direction	61,944 / 63,248 / + [in whole cluster] 61,944 / 63,248 / + [in contig]
Location	61944..63248 [in whole cluster] 61944..63248 [in contig]
Type	CDS
Length	1,305 bp (434 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	putative 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase
Product (GenBank)	hydroxyacyl-dehydrogenase
Gene
Gene (GenBank)	dpgC
EC number
Keyword	Dpg
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q939X1 PmId [11495926] A polyketide synthase in glycopeptide biosynthesis: the biosynthesis of the non-proteinogenic amino acid (S)-3,5-dihydroxyphenylglycine. (J Biol Chem. , 2001) comment balhimycinのaglycone構成アミノ酸(S)-3,5-dihydroxyphenylglycine(Dpg)の生合成についての報告。 dpgA-Dを同定している。DpgBCDはそれぞれchloroeremomycin clusterのOrf28, Orf29, Orf30に高い類似性がある。 3,5-dihydroxyphenylacetic acidを産生するPKSをコードするdpgAは、3つの下流遺伝子(dpgB-D)とオペロン様構造を形成する。4つの遺伝子すべての異種性同時発現は、S. lividansでの3,5-dihydroxyphenylglyoxylic acidの蓄積を導いた。 Dpg生合成経路を提唱しているが、DpgCの機能割り当ては配列解析に基づいている。DpgA-Dは、基質としてCoA誘導体を使用する酵素に似ているので、CoAで活性化された中間体での生合成経路が考えられている。
Related Reference	ACC O52812 NITE Chlor_00300 PmId [11752437] Glycopeptide antibiotic biosynthesis: enzymatic assembly of the dedicated amino acid monomer (S)-3,5-dihydroxyphenylglycine. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2001) [15380180] DpgC is a metal- and cofactor-free 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase in the vancomycin biosynthetic pathway. (Chem Biol. , 2004) comment BLAST id84% Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis) PCZA361.8 ORF29, dpgCに相当するentry. --- [PMID: 11752437](2001) chloroeremomycin産生株A. orientalis NRRL 18098由来dpgA-D（もともとはORFs 27-30としてリストされたもの）を、E. coliで発現・精製し、酵素活性と産物同定の実験に使用している。 DpgAはmalonyl-CoAから3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA(DPA-CoA)とCoASHを産生することがHPLC解析で確認された。DPA-CoAはかろうじて検出できる程度だが、DpgBを追加すると劇的に産生促進された。 DpgA/DpgBの反応にDpgCを追加したときと、合成DPA-CoAとDpgCを反応させたときに、3,5-dihydroxyphenylglyoxylateの産生とCoASHの放出が見られた。よってDpgCは、DPA-CoA → 3,5-dihydroxyphenylglyoxylateへの変換をする。 DpgCは嫌気下で活性を示さなかったのでoxygenaseであると示唆されたが、有機cofactorや金属イオンとの結合は見られなかった。 --- [PMID: 15380180](2004) DpgCによるDPA-CoA → 3,5-dihydroxyphenylglyoxylate (DPGx)への変換メカニズムをさらに調べている。DpgCは酸素移動過程によりthioester切断を媒介する1,2-dioxygenaseであることを確立している。

Sequence

>putative 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase [hydroxyacyl-dehydrogenase]
MTAAPPTSPPGPRLDRPALAEAAGRVDDLLAELPPPSARTPGQREAASSALDGIRAMRAD
YVGAHAEAIYDELTDGRSRSLRIDELVRAAARAFPGLVPTDEQMAAERARPQAEKDGREI
DQGIFLRGILRAERAGPHLLDAMLQPTPRALKLLPGFTESGVVQMEAVRLERRDGVAYLT
LCRDDCLNAEDAQQVDDMETAVDLALLDPAVRVGLLRGGEMSHPRYRGRRVFCAGINLKK
LSSGGIPLVDFLLRRELGYIHKIVRGVVTEGSWHSRLTDKPWIAAVDSFAIGGGAQLLLV
FDHVLAASDAYFSLPAAKEGIIPGASNFRLSRFAGPRVARQVILGGRRIRADEPDARLLV
DEVVPPAELDAAIDAALARLDGEAVLANRRMLNLAEEPPDEFRRYMAEFALQQALRIYGE
DVIGKVGRFAAGSS

>putative 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase [hydroxyacyl-dehydrogenase]
GTGACGGCCGCACCCCCGACGTCTCCGCCGGGGCCGCGGCTCGACCGCCCGGCCCTGGCG
GAGGCAGCCGGCCGCGTCGACGACCTGCTCGCCGAACTGCCGCCGCCGTCCGCCCGGACC
CCCGGGCAACGCGAGGCCGCGTCTTCGGCGCTGGACGGGATCCGGGCGATGCGCGCGGAC
TACGTCGGGGCGCACGCCGAAGCGATCTACGACGAACTCACCGACGGCCGGTCCCGGTCC
CTGCGCATCGACGAGCTCGTCCGGGCCGCCGCCCGGGCCTTTCCCGGCCTGGTGCCCACG
GACGAGCAGATGGCGGCCGAGCGCGCGCGGCCGCAGGCGGAGAAGGACGGGCGGGAGATC
GACCAGGGCATCTTCCTGCGCGGGATCCTGCGGGCGGAGCGGGCCGGCCCGCACCTGCTC
GACGCCATGCTCCAGCCCACCCCGAGGGCGCTGAAGCTGCTCCCGGGATTCACCGAGTCC
GGTGTCGTGCAGATGGAGGCGGTCCGGCTGGAACGCCGGGACGGCGTCGCGTACCTGACC
CTGTGCCGGGACGACTGCCTCAACGCCGAGGACGCCCAGCAGGTCGACGACATGGAGACC
GCGGTCGACCTGGCGCTGCTCGACCCGGCCGTCCGGGTGGGGCTGCTGCGCGGCGGGGAG
ATGAGCCATCCCCGCTACCGGGGGCGCCGCGTGTTCTGCGCCGGCATCAACCTCAAGAAG
CTGAGCTCGGGCGGCATCCCGCTGGTCGATTTCCTGCTGCGGCGGGAGCTGGGGTACATC
CACAAGATCGTGCGCGGCGTGGTCACCGAAGGTTCGTGGCATTCGCGGCTGACCGACAAG
CCGTGGATCGCGGCCGTCGACTCCTTCGCCATCGGCGGCGGGGCCCAGCTGCTCCTCGTC
TTCGACCACGTGCTGGCCGCGTCCGACGCCTACTTCAGCCTGCCCGCGGCGAAGGAGGGG
ATCATCCCCGGCGCGTCGAACTTCCGGCTCTCCCGGTTCGCCGGGCCCCGCGTGGCCCGG
CAGGTGATCCTCGGCGGCCGCCGGATCCGGGCGGACGAGCCGGATGCCCGACTGCTCGTC
GACGAGGTCGTCCCGCCGGCGGAGCTGGACGCGGCGATCGACGCCGCGCTGGCCCGCCTG
GACGGGGAGGCGGTGCTGGCCAACCGGCGCATGCTGAACCTGGCCGAGGAACCGCCGGAC
GAATTCCGCCGGTACATGGCCGAGTTCGCCCTGCAGCAGGCGCTGCGGATCTACGGCGAA
GACGTGATCGGCAAGGTCGGCCGGTTCGCGGCGGGCTCGTCGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001753 Crotonase, core (Domain) PF00378 ECH
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

Balhi_00330 Balhi_00350