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Balhi_00350 : CDS information

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Organism
StrainDSM 5908
Entry nameBalhimycin
Contig
Start / Stop / Direction63,245 / 64,054 / + [in whole cluster]
63,245 / 64,054 / + [in contig]
Location63245..64054 [in whole cluster]
63245..64054 [in contig]
TypeCDS
Length810 bp (269 aa)
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Category2.1 modification addition of extender units
Productputative enoyl-CoA hydratase
Product (GenBank)putative enoyl-CoA-isomerase
Gene
Gene (GenBank)dpgD
EC number4.2.1.-
Keyword
  • Dpg
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[11495926] A polyketide synthase in glycopeptide biosynthesis: the biosynthesis of the non-proteinogenic amino acid (S)-3,5-dihydroxyphenylglycine. (J Biol Chem. , 2001)
comment
balhimycinのaglycone構成アミノ酸(S)-3,5-dihydroxyphenylglycine(Dpg)の生合成についての報告。

dpgA-Dを同定している。DpgBのAA配列はDpgDと似ていて、enoyl-CoA hydrataseに類似性がある。また、DpgBCDはそれぞれchloroeremomycin clusterのOrf28, Orf29, Orf30に高い類似性がある。

3,5-dihydroxyphenylacetic acidを産生するPKSをコードするdpgAは、3つの下流遺伝子(dpgB-D)とオペロン様構造を形成する。4つの遺伝子すべての異種性同時発現は、S. lividansでの3,5-dihydroxyphenylglyoxylic acidの蓄積を導いた。

Dpg生合成経路を提唱しているが、DpgDの機能割り当て(hydratase/dehydratase活性)は配列解析に基づいている。DpgA-Dは、基質としてCoA誘導体を使用する酵素に似ているので、CoAで活性化された中間体での生合成経路が考えられている。
Related Reference
ACC
O52797
NITE
Chlor_00310
PmId
[11752437] Glycopeptide antibiotic biosynthesis: enzymatic assembly of the dedicated amino acid monomer (S)-3,5-dihydroxyphenylglycine. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2001)
comment
BLAST id86%
Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis)
PCZA361.9

ORF30, dpgDに相当するentry.

---
chloroeremomycin産生株A. orientalis NRRL 18098由来dpgA-D（もともとはORFs 27-30としてリストされたもの）を、E. coliで発現・精製し、酵素活性と産物同定の実験に使用している。

DpgAはmalonyl-CoAから3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA(DPA-CoA)とCoASHを産生。DPA-CoAはかろうじて検出できる程度だが、DpgBを追加すると劇的に産生促進された。DpgB単独ではmalonyl-CoAを基質として活性を持たない。DpgA/DpgBによるmalonyl-CoA利用のkcat and Km値測定あり。

DpgBの代わりにDpgDを加えてもDpgA活性に影響はなかったが、DpgA/DpgBにDpgDを加えるとさらに2倍の増加が見られた。

DpgB and DpgDは、β-hydroxy acyl-CoA基質→α,β-enoyl-CoAsへの可逆的dehydrationを触媒するcrotonase superfamilyのメンバーに似ていることから、いくつかのenoyl-CoA and β-hydroxy acyl-CoA基質でテストされた。crotonyl- and β-methylcrotonyl-CoAでのhydratase活性が検出されたが、kcat値が低かったのでこれらは生理学的基質ではない。Dpg生合成では逆反応のdehydratasesとして働き、DPA-SR(R = DpgA or CoA)へのaromatizationを促進するのかもしれない。

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selected fasta
>putative enoyl-CoA hydratase [putative enoyl-CoA-isomerase]
MSGDRVRYEKKDHVAYVTLDRPGVLNAMDRRTHEELAGIWDDAEADDEVRVVVLTGAGNR
AFSVGQDLKERARLNEAGARATTFGSRGQPGHPRLTDRFTLSKPVVARVHGYALGGGFEL
VLACDIVIASDDSVFALPEVRLGLIPGAGGVFRLPRQLPQKVAMGYLLTGRRMDAATALR
YGLVNEVVPPEELDRCVAEWTDSLVRAAPLSVRAIKEAALRSLDLPLEEAFTASYTWEER
RRRSEDAIEGPRAFAAKRDPVWTGEYRPG
selected fasta
>putative enoyl-CoA hydratase [putative enoyl-CoA-isomerase]
GTGAGCGGCGACCGGGTGCGGTACGAGAAGAAGGACCACGTCGCCTACGTGACGCTGGAC
CGGCCCGGCGTGCTGAACGCCATGGACCGGCGGACGCACGAGGAGCTCGCCGGAATCTGG
GACGACGCCGAGGCCGACGACGAAGTCCGGGTGGTGGTGCTGACCGGCGCCGGGAACCGC
GCGTTCTCCGTCGGCCAGGACCTCAAGGAACGCGCCCGGCTGAACGAAGCGGGTGCGCGG
GCCACGACGTTCGGCAGCCGGGGCCAGCCGGGGCATCCCCGGCTGACCGACCGGTTCACC
CTGTCCAAGCCGGTGGTCGCCCGGGTGCACGGCTACGCGCTGGGCGGTGGCTTCGAGCTG
GTGCTCGCCTGCGACATCGTCATCGCCTCCGACGATTCGGTGTTCGCCCTGCCGGAGGTC
CGCCTCGGCCTGATCCCCGGGGCGGGCGGGGTGTTCCGGCTGCCGCGGCAGCTGCCGCAG
AAGGTGGCGATGGGCTACCTGCTGACCGGCCGCCGGATGGACGCGGCGACGGCGCTGCGG
TACGGATTGGTCAACGAGGTCGTGCCACCGGAGGAACTGGACCGGTGCGTCGCCGAATGG
ACGGACAGCCTCGTGCGCGCCGCTCCGCTTTCGGTTCGCGCGATCAAGGAGGCCGCGCTA
CGGTCGCTCGACCTCCCCCTGGAGGAGGCGTTCACCGCTTCCTACACCTGGGAAGAGCGC
CGTCGGCGGAGCGAAGACGCGATCGAGGGTCCCCGGGCCTTCGCCGCGAAACGGGATCCG
GTCTGGACCGGGGAATACCGGCCGGGTTGA

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BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001753 Crotonase, core (Domain)
[8-256] 3.89999999999997e-60 PF00378
PF00378   ECH
IPR018376 Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site (Conserved_site)
[106-126] PS00166
PS00166   ENOYL_COA_HYDRATASE
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Balhi_00340 Balhi_00340   Balhi_00360 Balhi_00360
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