A4092_00120 : CDS information

Location

Organism	Nonomuraea sp.
Strain	ATCC 39727
Entry name	A40926
Contig	AJ561198
Start / Stop / Direction	14,522 / 15,175 / + [in whole cluster] 14,522 / 15,175 / + [in contig]
Location	14522..15175 [in whole cluster] 14522..15175 [in contig]
Type	CDS
Length	654 bp (217 aa)

Annotation

Category	5.1 general function
Product	putative two-component system response regulator
Product (GenBank)	putative response regulator
Gene
Gene (GenBank)	dbv6
EC number
Keyword
Note	this ORF is not involved in A40926 biosynthesis.
Note (GenBank)
Reference	ACC Q7WZ85 PmId [12837387] The gene cluster for the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A40926 by nonomuraea species. (Chem Biol. , 2003) [17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007) [25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015) comment [PMID: 12837387](2003) Nonomuraea sp. ATCC39727由来A40926生合成gene clusterの同定論文。 A40926は半合成グリコペプチドdalbavancin (BI397 or MDL 62,397)の前駆体。 dbv ORF6: response regulator ORF22と共にputative two-component signal transduction systemのメンバーに相当するとされているが、これら遺伝子は物理的に連結していない。 --- [PMID: 17873036](2007) RT-PCRとその産物のシークエンスで、dbv5-dbv7が同時転写されることを確認。リン酸による遺伝子発現への影響がRT-PCR と real-time RT-PCRで調査されている。dbv6は影響を受けない。 --- [PMID: 25986904](2015) dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。これら遺伝子の転写は、培地でのA40926検出よりずっと早くから増加される。最も増えるのはdbv4。 dbv3, dbv4, dbv6のdisruption mutantを作成。dbv3 と dbv4 の不活化はA40926産生を消失したが、dbv6の不活化では影響がなく、代謝産物特性もwild株と区別がつかなかった。よってDbv6はA40926産生での役割を示さない。
Related Reference	ACC P0A4I2 PmId [8885276] The cutRS signal transduction system of Streptomyces lividans represses the biosynthesis of the polyketide antibiotic actinorhodin. (Mol Microbiol. , 1996) comment BLAST id62% Streptomyces lividans_cutR Transcriptional regulatory protein CutR CutRSは移行期と静止期に転写されている。 CutR, CutSの変異体では二次代謝産物であるActinorhodinの合成が促進される。この表現型はCutRを戻すと回復する。 S. coelicolorではCutRSはActinorhodinの合成を抑制する働きがある。

Sequence

>putative two-component system response regulator [putative response regulator]
MRVLVVEDQVDLADSVARVLRREGMAVDVSHDGDDAQERLSVIDYDVVVLDRDIPGVHGD
ELCAEIAVDDRRTRVLMLTASGTTADRVAGLSLGADDYLPKPFAFAELVARIRALGRRAH
PPAPPILVHGDLRLDPAQRVAIRGGMRLPLTTKELAVLEHLLTARGRVVSAEELLERVWD
EQADPFTTTVKATINRLRSKLGQPPVIETVPREGYRI

>putative two-component system response regulator [putative response regulator]
ATGCGCGTTCTGGTGGTGGAGGACCAAGTCGACCTGGCCGACTCGGTGGCGCGGGTGCTG
CGTCGCGAGGGCATGGCCGTCGATGTCAGTCATGACGGCGATGACGCACAGGAGCGCCTC
TCCGTGATCGACTACGACGTCGTGGTGCTTGATCGGGATATTCCCGGCGTCCATGGCGAC
GAGCTGTGCGCTGAGATCGCCGTGGACGATCGCAGGACCCGGGTGCTGATGCTCACCGCG
TCCGGGACGACCGCTGACCGGGTGGCGGGCCTGAGCCTGGGCGCCGACGACTATCTGCCG
AAGCCGTTCGCCTTCGCCGAGCTGGTGGCGCGCATCCGCGCCCTGGGCAGGCGCGCGCAT
CCTCCCGCGCCGCCGATCCTGGTCCACGGCGACCTGCGGCTCGATCCGGCGCAACGGGTG
GCGATCAGGGGCGGCATGCGGCTGCCGCTGACCACCAAGGAGCTGGCGGTCCTGGAGCAT
CTGCTGACCGCGCGCGGCCGGGTGGTGTCGGCCGAGGAGCTGCTCGAACGGGTCTGGGAC
GAGCAAGCCGACCCGTTCACCACCACCGTGAAGGCGACGATCAACCGGCTGCGCTCGAAG
CTCGGCCAGCCGCCGGTGATCGAAACCGTCCCGCGCGAGGGATATCGCATCTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001789 Signal transduction response regulator, receiver domain (Domain) SM00448 REC PF00072 Response_reg PS50110 RESPONSE_REGULATORY IPR001867 Signal transduction response regulator, C-terminal (Domain) SM00862 Trans_reg_C PF00486 Trans_reg_C IPR011006 CheY-like superfamily (Domain) SSF52172 CheY_like IPR011991 Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (Domain) G3DSA:1.10.10.10 Wing_hlx_DNA_bd
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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