A4092_00300 : CDS information

Location

Organism	Nonomuraea sp.
Strain	ATCC 39727
Entry name	A40926
Contig	AJ561198
Start / Stop / Direction	52,834 / 54,780 / + [in whole cluster] 52,834 / 54,780 / + [in contig]
Location	52834..54780 [in whole cluster] 52834..54780 [in contig]
Type	CDS
Length	1,947 bp (648 aa)

Annotation

Category	4.3 transport
Product	putative ABC transporter ATP-binding/permease protein
Product (GenBank)	putative ABC transporter, Dbv24
Gene
Gene (GenBank)	dbv24
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q7WZ67 PmId [12837387] The gene cluster for the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A40926 by nonomuraea species. (Chem Biol. , 2003) [17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007) [25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015) comment [PMID: 12837387](2003) Nonomuraea sp. ATCC39727由来A40926生合成gene clusterの同定論文。 A40926は半合成グリコペプチドdalbavancin (BI397 or MDL 62,397)の前駆体。 dbv ORF24: ABC transporter 配列解析のみ。 ----- このORFの発現調節についての報告 [PMID: 17873036](2007) RT-PCRとその産物のシークエンスで、dbv24-dbv28が同時転写されることを確認。リン酸による遺伝子発現への影響がRT-PCRで調査されている。dbv25 と dbv28は影響を受けない。 -- [PMID: 25986904](2015) dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。 dbv3の不活化株と過剰発現株からRNAを抽出してqRT-PCR解析した結果と既に確立されているオペロン構造から、Dbv3は6つのオペロン(dbv2-dbv1, dbv14-dbv8, dbv17-dbv15, dbv21-dbv20, dbv24-dbv28, dbv30-dbv35)と4つのmonocistronic transcription units dbv4, dbv29, dbv36, dbv37のpositive regulatorとして働くことが示された。
Related Reference	ACC Q799B1 NITE Balhi_00060 PmId [17693715] The border sequence of the balhimycin biosynthesis gene cluster from Amycolatopsis balhimycina contains bbr, encoding a StrR-like pathway-specific regulator. (J Mol Microbiol Biotechnol. , 2007) [17823795] The ABC transporter Tba of Amycolatopsis balhimycina is required for efficient export of the glycopeptide antibiotic balhimycin. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2007) comment BLAST id72% Amycolatopsis balhimycina_abc Putative ABC transporter ATP-binding protein --- [PMID: 17693715](2007) グリコペプチド系抗生物質balhimycinの生合成gene clusterの追加報告。新たにVanS, VanR, VanY, Bbr, Pdh, Tba, Dahpを同定している。 Tba(651aa) : ABC transporter ATP-binding protein Tbaのpromoter領域にregulator Bbrが結合することが確認されている。 --- [PMID: 17823795](2007) 配列解析から、ABC-transporter様遺伝子によってコードされるTbaはexporterであると示唆された。Tbaに似ているものとして、CZA382.30(O52818)が挙げられている。 E. coliで発現、精製されたTbaは、ATPase活性を有する活性型であることが確認された。 tba不活化mutantは生育やグリコペプチド耐性に影響しなかったが、細胞外balhimycin濃度が減少し、細胞内balhimycin濃度は10倍高くなった。

Sequence

>putative ABC transporter ATP-binding/permease protein [putative ABC transporter, Dbv24]
MAIVSPFGGLLKGDGEDDPAPSRIRPGTLRRVLGYFRPHVGKVALFVLVTALDSIFVVAS
PLMLKDLVDKGVLGNDLELVILLACLAAGFAVMSTLLQLVSAYISGRIGQGVSYDLRVQA
LDHVQRLPIAFFTRTQTGVLVGRLHTELVMTQMAFTQMLTAAASAVTVLLVLAELFYLSW
IVALLTLVLIPVFLVPWSYVGRRMQRYTRGLMEENAGLAGLLQERFNVQGAMLSKLFGRP
AEEMAEYESRAGRIRGLAVSVTLYGRMAPAIFALMAALATALVYGVGGGLVLSQAFQLGT
LVALATLLGRLFGPITQLASIQENALTVLVSFERIFELLDLKPLIEERPDAVALKAGKAS
DVQFENVSFRYPSADEVSLPSLEQNVRTGQERGEATPEVLRDVSLHVPAGTLTALVGPSG
AGKSTLTHLVSRLYDPTSGTVRVGGHDLRDLTFDSLRETVGVVSQDTYLFHDTIRANLLY
ARPDATEDELVEACRGAQIWDLIASLPRGLDTVVGDRGYRLSGGEKQRLAIARLLLKAPS
VVVLDEATAHLDSESEAAVQRALTTALRSRTSLVIAHRLSTIREADHILVIDDGRVRERG
THEELLAEGGLYADLYHTQFAKSGVNGTRPGQGDGAEPVQEVVGGGER

>putative ABC transporter ATP-binding/permease protein [putative ABC transporter, Dbv24]
ATGGCCATAGTGTCGCCGTTCGGAGGTTTGCTGAAGGGCGACGGAGAGGATGATCCCGCG
CCGTCCAGGATCCGCCCGGGGACGTTGCGACGAGTGCTCGGATACTTCCGCCCGCACGTC
GGCAAGGTGGCGCTCTTCGTTCTCGTCACCGCATTGGATTCGATCTTCGTCGTCGCGTCT
CCGTTGATGTTGAAGGACCTGGTGGACAAGGGGGTTCTGGGGAACGATCTGGAGCTCGTC
ATCCTGCTGGCGTGCCTGGCCGCCGGCTTCGCCGTGATGAGCACGCTGTTGCAGCTCGTG
TCGGCCTACATCTCCGGCCGGATCGGGCAGGGGGTCAGTTACGACCTGCGGGTTCAGGCC
CTTGACCACGTCCAGCGGCTGCCGATCGCGTTCTTCACCCGGACCCAGACGGGCGTGCTG
GTCGGCCGGCTGCACACGGAGCTGGTCATGACGCAGATGGCGTTCACCCAGATGCTGACG
GCCGCCGCCAGCGCGGTCACGGTCCTGCTGGTGCTGGCCGAGCTGTTCTACCTGTCGTGG
ATCGTCGCCCTCCTCACGCTGGTGCTGATCCCGGTGTTCCTGGTGCCCTGGTCTTACGTG
GGACGGCGGATGCAGCGCTACACCAGAGGGCTGATGGAGGAGAACGCCGGCCTGGCCGGG
CTGCTGCAGGAGCGGTTCAACGTCCAGGGGGCGATGCTCTCCAAGCTCTTCGGCCGTCCG
GCCGAGGAGATGGCCGAGTACGAGAGCAGGGCCGGCCGGATCCGCGGGCTCGCCGTGAGC
GTCACCCTCTACGGCCGGATGGCCCCCGCCATCTTCGCGCTGATGGCCGCGCTCGCCACG
GCGCTCGTCTACGGGGTCGGCGGCGGGCTCGTGCTCTCGCAGGCGTTCCAGCTCGGCACG
CTGGTCGCCCTGGCCACCCTGCTCGGGCGGCTGTTCGGGCCGATCACCCAGCTGGCCAGC
ATTCAGGAGAACGCGCTCACGGTCCTGGTGAGCTTCGAGCGGATCTTCGAGCTGCTCGAT
CTGAAGCCGCTGATCGAGGAACGCCCCGACGCGGTCGCGCTCAAGGCCGGCAAGGCCTCG
GACGTCCAGTTCGAGAACGTGTCGTTCCGCTACCCCAGCGCGGACGAGGTCTCGCTGCCG
TCGCTGGAACAGAACGTGCGCACCGGGCAGGAGCGTGGTGAAGCGACGCCGGAGGTGCTG
CGCGACGTGAGCCTGCACGTGCCGGCCGGCACCCTCACCGCGCTCGTGGGCCCGTCCGGC
GCCGGGAAGAGCACCCTCACGCACCTGGTGTCCCGGCTGTACGACCCGACCTCCGGAACC
GTTCGCGTCGGCGGACACGACCTGCGGGACCTCACCTTCGACTCGCTGCGCGAAACGGTG
GGGGTGGTCAGCCAGGACACCTACCTCTTCCATGACACGATTCGGGCGAACCTTCTCTAC
GCCCGCCCCGACGCCACCGAGGACGAGCTGGTCGAGGCGTGCCGAGGGGCGCAGATCTGG
GACCTGATCGCATCCCTGCCACGCGGGCTCGACACCGTCGTGGGTGATCGCGGTTATCGC
CTGTCAGGCGGGGAGAAGCAACGGCTGGCGATCGCCCGGCTGCTGCTGAAGGCACCCTCG
GTCGTCGTTCTCGACGAGGCCACCGCCCACCTGGACTCGGAGTCGGAGGCCGCCGTCCAG
CGGGCACTGACGACAGCCCTGCGCAGCCGTACCTCCCTGGTGATCGCCCACCGGTTGTCC
ACGATCCGCGAGGCCGACCACATTCTCGTGATCGACGACGGGAGGGTCAGGGAGCGCGGG
ACGCACGAGGAGTTGCTGGCGGAAGGCGGTCTCTACGCCGACCTGTACCACACGCAGTTC
GCCAAGTCAGGCGTCAACGGGACCCGGCCGGGACAGGGCGACGGGGCGGAGCCCGTGCAA
GAGGTGGTCGGTGGAGGGGAACGATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001140 ABC transporter, transmembrane domain (Domain) PF00664 ABC_membrane IPR003439 ABC transporter-like (Domain) PF00005 ABC_tran PS50893 ABC_TRANSPORTER_2 IPR003593 AAA+ ATPase domain (Domain) SM00382 AAA IPR011527 ABC transporter, transmembrane domain, type 1 (Domain) SSF90123 ABC_TM_1 IPR017871 ABC transporter, conserved site (Conserved_site) PS00211 ABC_TRANSPORTER_1 IPR017940 ABC transporter, integral membrane type 1 (Domain) PS50929 ABC_TM1F
SignalP	No significant hit
TMHMM	Transmembrane 5

A4092_00290 A4092_00310