A4092_00380 : CDS information

Location

Organism	Nonomuraea sp.
Strain	ATCC 39727
Entry name	A40926
Contig	AJ561198
Start / Stop / Direction	70,801 / 71,442 / + [in whole cluster] 70,801 / 71,442 / + [in contig]
Location	70801..71442 [in whole cluster] 70801..71442 [in contig]
Type	CDS
Length	642 bp (213 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	putative enoyl-CoA hydratase
Product (GenBank)	putative DpgB protein
Gene	dbv32 dpgB
Gene (GenBank)	dbv32
EC number	4.2.1.-
Keyword	Dpg
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q7WZ59 PmId [12837387] The gene cluster for the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A40926 by nonomuraea species. (Chem Biol. , 2003) [17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007) [25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015) comment [PMID: 12837387](2003) Nonomuraea sp. ATCC39727由来A40926生合成gene clusterの同定論文。 A40926は半合成グリコペプチドdalbavancin (BI397 or MDL 62,397)の前駆体。 dbv ORF32: DpgB 配列解析のみ。ORFs 31-34は、dihydroxyphenylglycine (DPG)形成に必要なDpgA-Dと密接に関連している。 ----- このORFの発現を調節するタンパクについての報告 [PMID: 17873036](2007) dalbavancinの前駆体であるグリコペプチドA40926の生合成gene(dbv) clusterでコードされるDbv4は、putative helix-turn-helix DNA-binding motifを示し、S. griseusにおいてstreptomycin生合成のtranscriptional activatorであるStrRと配列が似ている。 dbv14-dbv8 and dbv30-dbv35 operonsとdbv4の発現は、リン酸によってnegativeに影響されることがRT-PCR と real-time RT-PCRにより確認された。 Dbv4をN末His-tagタンパクとして発現、精製。Dbv4とDbv4 ortholog Bbrは、dbv14 and dbv30のpromotersに結合したが、dbv4の上流には結合しなかった。また、Dbv4はbal clusterにある5つのBbr binding sitesのうち2つ(bbr, oxyA)に結合した。よって、リン酸が調節するregulator Dbv4は、A40926生合成で2つの重要なステップ(3,5-dihydroxyphenylglycine生合成とheptapeptide骨格での仕立て反応)を支配する。 -- [PMID: 25986904](2015) dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。これら遺伝子の転写は、培地でのA40926検出よりずっと早くから増加される。最も増えるのはdbv4。 dbv3, dbv4, dbv6のdisruption mutantを作成。dbv3 と dbv4 の不活化はA40926産生を消失したが、dbv6の不活化では影響がなかった。dbv4 mutantでのdbv3とdbv6の転写に変化はないが、dbv14とdbv30の転写は大きく減った(data not shown)。 dbv3の不活化株と過剰発現株からRNAを抽出してqRT-PCR解析した結果と既に確立されているオペロン構造から、Dbv3は6つのオペロン(dbv2-dbv1, dbv14-dbv8, dbv17-dbv15, dbv21-dbv20, dbv24-dbv28, dbv30-dbv35)と4つのmonocistronic transcription units dbv4, dbv29, dbv36, dbv37のpositive regulatorとして働くことが示された。
Related Reference	ACC O52796 NITE Chlor_00290 PmId [11752437] Glycopeptide antibiotic biosynthesis: enzymatic assembly of the dedicated amino acid monomer (S)-3,5-dihydroxyphenylglycine. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2001) comment BLAST id77% Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis) PCZA361.7 ORF28, dpgBに相当するentry. --- chloroeremomycin産生株A. orientalis NRRL 18098由来dpgA-D（もともとはORFs 27-30としてリストされたもの）を、E. coliで発現・精製し、酵素活性と産物同定の実験に使用している。 DpgAはmalonyl-CoAから3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA(DPA-CoA)とCoASHを産生。DPA-CoAはかろうじて検出できる程度だが、DpgBを追加すると劇的に産生促進された。DpgB単独ではmalonyl-CoAを基質として活性を持たない。DpgA/DpgBによるmalonyl-CoA利用のkcat and Km値測定あり。 DpgBの代わりにDpgDを加えてもDpgA活性に影響はなかったが、DpgA/DpgBにDpgDを加えるとさらに2倍の増加が見られた。 DpgB and DpgDは、β-hydroxy acyl-CoA基質→α,β-enoyl-CoAsへの可逆的dehydrationを触媒するcrotonase superfamilyのメンバーに似ていることから、いくつかのenoyl-CoA and β-hydroxy acyl-CoA基質でテストされた。crotonyl- and β-methylcrotonyl-CoAでのhydratase活性が検出されたが、kcat値が低かったのでこれらは生理学的基質ではない。Dpg生合成では逆反応のdehydratasesとして働き、DPA-SR(R = DpgA or CoA)へのaromatizationを促進するのかもしれない。

Sequence

>putative enoyl-CoA hydratase [putative DpgB protein]
MNGELELSLDGTQALTASVEELNGLCDRAEDHRAPGPVIVHVTGVPRLGWSKGLTVGLVS
KWERVVRRFERLGRLTVAVASGDCAGPSLDLLLAADVRIAAPATRLLPSWAGGAAWPGMA
VYRLTQQAGTGGIRRAVLLGAPIDADRALALNLIDEVSADPAASLAGLAGAGDGAELAIR
RQLMFEASSTTFEDALGAHLAAVDRALRRETLS

>putative enoyl-CoA hydratase [putative DpgB protein]
ATGAACGGCGAACTGGAGCTGAGCCTCGACGGCACCCAGGCGCTGACCGCGTCGGTCGAG
GAGCTGAACGGCCTCTGCGACCGCGCCGAGGACCATCGAGCACCCGGCCCGGTCATCGTC
CACGTCACCGGCGTGCCGCGCCTTGGCTGGTCGAAGGGGCTGACGGTGGGCCTGGTCTCC
AAGTGGGAGCGGGTGGTGCGCCGGTTCGAACGGCTCGGCCGGCTCACCGTCGCCGTGGCG
TCAGGCGACTGCGCGGGACCCTCTCTCGACCTCCTCCTCGCTGCCGACGTGCGGATCGCC
GCTCCGGCGACCCGGCTGCTGCCCTCCTGGGCCGGCGGCGCCGCGTGGCCGGGGATGGCC
GTCTACCGGCTCACCCAGCAGGCCGGTACGGGCGGCATCCGGCGGGCCGTGCTGCTCGGG
GCACCCATCGACGCCGACCGCGCGCTCGCCCTCAACCTGATCGACGAGGTGTCCGCGGAC
CCGGCGGCGTCCCTGGCCGGCCTGGCGGGTGCCGGGGACGGCGCGGAGCTGGCGATTCGC
AGGCAGCTGATGTTCGAGGCGAGCTCAACCACTTTCGAGGACGCGCTCGGTGCTCACCTG
GCCGCGGTGGACCGGGCCCTACGACGGGAGACCCTCTCGTGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001753 Crotonase, core (Domain) PF00378 ECH
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

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