A4092_00390 : CDS information

Location

Organism	Nonomuraea sp.
Strain	ATCC 39727
Entry name	A40926
Contig	AJ561198
Start / Stop / Direction	71,439 / 72,743 / + [in whole cluster] 71,439 / 72,743 / + [in contig]
Location	71439..72743 [in whole cluster] 71439..72743 [in contig]
Type	CDS
Length	1,305 bp (434 aa)

Annotation

Category	2.1 modification addition of extender units
Product	putative 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase
Product (GenBank)	putative DpgC protein
Gene	dbv33 dpgC
Gene (GenBank)	dbv33
EC number
Keyword	Dpg
Note
Note (GenBank)
Reference	ACC Q7WZ58 PmId [12837387] The gene cluster for the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A40926 by nonomuraea species. (Chem Biol. , 2003) [17873036] Phosphate-controlled regulator for the biosynthesis of the dalbavancin precursor A40926. (J Bacteriol. , 2007) [25986904] Two Master Switch Regulators Trigger A40926 Biosynthesis in Nonomuraea sp. Strain ATCC 39727. (J Bacteriol. , 2015) comment [PMID: 12837387](2003) Nonomuraea sp. ATCC39727由来A40926生合成gene clusterの同定論文。 A40926は半合成グリコペプチドdalbavancin (BI397 or MDL 62,397)の前駆体。 dbv ORF33: DpgC 配列解析のみ。ORFs 31-34は、dihydroxyphenylglycine (DPG)形成に必要なDpgA-Dと密接に関連している。 ----- このORFの発現を調節するタンパクについての報告 [PMID: 17873036](2007) dalbavancinの前駆体であるグリコペプチドA40926の生合成gene(dbv) clusterでコードされるDbv4は、putative helix-turn-helix DNA-binding motifを示し、S. griseusにおいてstreptomycin生合成のtranscriptional activatorであるStrRと配列が似ている。 dbv14-dbv8 and dbv30-dbv35 operonsとdbv4の発現は、リン酸によってnegativeに影響されることがRT-PCR と real-time RT-PCRにより確認された。 Dbv4をN末His-tagタンパクとして発現、精製。Dbv4とDbv4 ortholog Bbrは、dbv14 and dbv30のpromotersに結合したが、dbv4の上流には結合しなかった。また、Dbv4はbal clusterにある5つのBbr binding sitesのうち2つ(bbr, oxyA)に結合した。よって、リン酸が調節するregulator Dbv4は、A40926生合成で2つの重要なステップ(3,5-dihydroxyphenylglycine生合成とheptapeptide骨格での仕立て反応)を支配する。 -- [PMID: 25986904](2015) dbv clusterにあるregulatory genes dbv3, dbv4, dbv6についての調査。これら遺伝子の転写は、培地でのA40926検出よりずっと早くから増加される。最も増えるのはdbv4。 dbv3, dbv4, dbv6のdisruption mutantを作成。dbv3 と dbv4 の不活化はA40926産生を消失したが、dbv6の不活化では影響がなかった。dbv4 mutantでのdbv3とdbv6の転写に変化はないが、dbv14とdbv30の転写は大きく減った(data not shown)。 dbv3の不活化株と過剰発現株からRNAを抽出してqRT-PCR解析した結果と既に確立されているオペロン構造から、Dbv3は6つのオペロン(dbv2-dbv1, dbv14-dbv8, dbv17-dbv15, dbv21-dbv20, dbv24-dbv28, dbv30-dbv35)と4つのmonocistronic transcription units dbv4, dbv29, dbv36, dbv37のpositive regulatorとして働くことが示された。
Related Reference	ACC O52812 NITE Chlor_00300 PmId [11752437] Glycopeptide antibiotic biosynthesis: enzymatic assembly of the dedicated amino acid monomer (S)-3,5-dihydroxyphenylglycine. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2001) [15380180] DpgC is a metal- and cofactor-free 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase in the vancomycin biosynthetic pathway. (Chem Biol. , 2004) comment BLAST id82% Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis) PCZA361.8 ORF29, dpgCに相当するentry. --- [PMID: 11752437](2001) chloroeremomycin産生株A. orientalis NRRL 18098由来dpgA-D（もともとはORFs 27-30としてリストされたもの）を、E. coliで発現・精製し、酵素活性と産物同定の実験に使用している。 DpgAはmalonyl-CoAから3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA(DPA-CoA)とCoASHを産生することがHPLC解析で確認された。DPA-CoAはかろうじて検出できる程度だが、DpgBを追加すると劇的に産生促進された。 DpgA/DpgBの反応にDpgCを追加したときと、合成DPA-CoAとDpgCを反応させたときに、3,5-dihydroxyphenylglyoxylateの産生とCoASHの放出が見られた。よってDpgCは、DPA-CoA → 3,5-dihydroxyphenylglyoxylateへの変換をする。 DpgCは嫌気下で活性を示さなかったのでoxygenaseであると示唆されたが、有機cofactorや金属イオンとの結合は見られなかった。 --- [PMID: 15380180](2004) DpgCによるDPA-CoA → 3,5-dihydroxyphenylglyoxylate (DPGx)への変換メカニズムをさらに調べている。DpgCは酸素移動過程によりthioester切断を媒介する1,2-dioxygenaseであることを確立している。

Sequence

>putative 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase [putative DpgC protein]
MTTDWPALPPRAPLALWTLTAEAQRVDDLLAGLPEPPARTSAQRDAAASALDKVRRMRAD
YMEAHAEEIYGELTSGRTRHLRIDELVRAAARAYPGLVPTDEQMAAERARPQAEKEGREI
DQGIFLRGVLRAPKAGPHLLDAMLRPTPRALELLPEFIESGEVRMEAVLLRRRDGVAYLT
LCRDDCLNAEDAQQVDDMETAVDLALLDPQVRVGLLRGGEMSHPRYRGRRVFCAGVNLKK
LSSGDISLVDFLLRRELGYIHKIVRGVYTDGSWHSKLTDKPWMAVVDSFAIGGGAQLLLV
FDQVLAASDSYISLPAATEGIIPGVANYRLTRFTGPRAARQMILGGRRIRADEPDARLMI
DEVVPPEEMDAAIDRALARLDGDAVPANRRMLNLAEEPPEAFGRYLAEFALQQALRIYGR
DVIGKVGRFAAGSA

>putative 3,5-dihydroxyphenylacetyl-CoA 1,2-dioxygenase [putative DpgC protein]
GTGACGACGGATTGGCCGGCGCTGCCGCCCAGGGCGCCGCTCGCCCTCTGGACCCTGACG
GCGGAGGCCCAGCGAGTCGACGACCTGCTCGCCGGGCTGCCGGAGCCTCCTGCCAGAACC
TCCGCCCAGCGCGATGCCGCGGCCTCGGCACTCGACAAGGTGAGGCGGATGCGCGCGGAC
TACATGGAGGCGCACGCCGAGGAGATCTACGGCGAGCTCACCTCCGGCCGCACCCGGCAC
CTGCGCATCGACGAGCTCGTACGGGCCGCCGCCCGCGCCTACCCCGGCCTGGTGCCCACC
GATGAGCAGATGGCGGCCGAGCGCGCGCGGCCACAGGCGGAGAAGGAAGGGCGCGAGATC
GATCAGGGCATCTTCCTGCGCGGGGTCCTGCGTGCCCCGAAGGCGGGCCCGCACCTGCTC
GACGCCATGCTCCGGCCCACCCCCAGGGCCCTTGAGCTGCTCCCTGAATTCATCGAGTCC
GGCGAGGTGCGGATGGAGGCGGTCCTGCTGCGGCGCCGTGACGGTGTCGCGTACCTGACC
CTGTGCCGGGACGACTGCCTCAACGCCGAGGACGCGCAGCAGGTGGACGACATGGAGACC
GCAGTCGACCTGGCGCTGCTCGACCCCCAGGTCCGGGTGGGGCTCCTGCGGGGCGGCGAG
ATGAGCCATCCCCGGTACCGGGGGCGCCGGGTGTTCTGCGCGGGCGTCAACCTCAAGAAG
CTGAGCTCGGGCGACATCTCCCTCGTCGACTTCCTCCTACGGCGCGAGCTGGGCTACATC
CACAAGATCGTTCGCGGCGTGTACACGGACGGTTCGTGGCACTCGAAGCTGACCGACAAG
CCCTGGATGGCGGTCGTCGACTCCTTCGCCATCGGCGGTGGGGCTCAGCTCCTCCTGGTC
TTCGACCAGGTGCTGGCGGCGTCCGACTCCTACATCAGCCTGCCTGCGGCGACGGAGGGG
ATCATTCCGGGGGTCGCGAACTACCGGCTCACCCGGTTCACCGGGCCACGCGCGGCCCGG
CAGATGATCCTCGGCGGGCGGCGGATCCGGGCGGACGAGCCGGACGCACGGTTGATGATC
GACGAGGTCGTCCCGCCGGAGGAGATGGACGCGGCGATCGATCGCGCACTGGCCCGCCTC
GACGGAGATGCGGTGCCGGCCAACCGGCGCATGCTGAACCTGGCCGAGGAGCCGCCCGAG
GCGTTCGGCCGGTACCTGGCCGAGTTCGCCCTGCAGCAGGCACTGCGCATCTACGGCAGG
GACGTCATCGGCAAGGTCGGCAGGTTCGCAGCGGGATCGGCATGA

Feature

BLASTP Database:UniProtKB:2011_09	show BLAST table
InterPro Database:interpro:38.0	IPR001753 Crotonase, core (Domain) PF00378 ECH
SignalP	No significant hit
TMHMM	No significant hit

A4092_00380 A4092_00400