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微生物 : Selenomonas ruminantium subsp. lactilytica

微生物株情報

NBRC番号 103574
学名 Selenomonas ruminantium subsp. lactilytica
別名（シノニム） 該当データなし
由来 Tohoku Univ. (Y. Itoh, TAM6421)
他保存機関番号
他株番号 TAM6421
参考文献
該当データなし

推定保有機能 >>詳細

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タイプパターン 構成遺伝子 該当CDS
Alanine racemization(NFUNC_0063)
必須A
ALR
(NRULE_0228)
Alanine racemaseSELR_26180
Bacitracin resistance(NFUNC_0022)
必須A
UPPP
(NRULE_0097)
Undecaprenyl-diphosphataseSELR_21390
Biotin biosynthesis(NFUNC_0051)
必須A
BIOF
(NRULE_0182)
8-amino-7-oxononanoate synthaseSELR_03060
BIOA
(NRULE_0183)
Adenosylmethionine-8-amino-7-oxononanoate aminotransferaseSELR_19740
BIOD
(NRULE_0184)
ATP-dependent dethiobiotin synthetase BioDSELR_19730
BIOB
(NRULE_0185)
Biotin synthaseSELR_pSRC102540
Chloramphenicol resistance(NFUNC_0025)
必須A
CAT1
(NRULE_0107)
Chloramphenicol acetyltransferaseSELR_pSRC600170 SELR_pSRC200990
Metal-binding protein(NFUNC_0105)
必須C
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinSELR_27480 SELR_25040 SELR_06770 SELR_07730
Molybdate transport (ABC transporter)(NFUNC_0097)
必須A
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinSELR_07730 SELR_27480 SELR_25040 SELR_06770
任意 
MODB
(NRULE_0325)
Molybdate ABC transporter permease proteinSELR_07740
(R)-pantothenate biosynthesis(NFUNC_0030)
必須A
PAND
(NRULE_0115)
Aspartate 1-decarboxylaseSELR_01990
PANB
(NRULE_0116)
3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferaseSELR_26160
PANE
(NRULE_0117)
2-dehydropantoate 2-reductaseSELR_21690
PANC
(NRULE_0118)
Pantothenate synthetaseSELR_02000
Riboflavin biosynthesis(NFUNC_0058)
必須A
RIBB
(NRULE_0200)
3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthaseSELR_09870
RIBA
(NRULE_0201)
GTP cyclohydrolase-2SELR_09870
RIBD
(NRULE_0202)
Riboflavin biosynthesis protein RibDSELR_09850
RIBH
(NRULE_0203)
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthaseSELR_09880
RIBE
(NRULE_0204)
Riboflavin synthaseSELR_09860
任意 
RIBF
(NRULE_0205)
Riboflavin biosynthesis protein RibFSELR_16110
Uptake of osmoprotectant(NFUNC_0061)
必須E
OPUE
(NRULE_0222)
Sodium/proline symporterSELR_21990
Vitamin B6 biosynthesis (PdxS/PdxT pathway)(NFUNC_0059)
必須A
PDXS
(NRULE_0206)
Pyridoxal biosynthesis lyase PdxSSELR_00890
PDXT
(NRULE_0207)
Glutamine amidotransferase subunit PdxTSELR_00900

ゲノム配列情報

BioProject IDPRJNA60235
ローカスタグSELR
INSDC entriesAP012292
ステータスComplete
解析状況
コンティグ数10
サイズ(bp) 3,631,933
遺伝子数 3,512
フィニッシングゴール
アセンブル方法phred/phrap v. 0.020425.c
冗長度8.0x
シーケンス方法
  • Sanger ABI 3730
参考文献

データダウンロード

ゲノム塩基配列 CDS塩基配列 CDSアミノ酸変換配列 遺伝子/ORF リスト
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