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微生物 : Lactobacillus farciminis

微生物株情報

NBRC番号 107150
学名 Lactobacillus farciminis
別名（シノニム） 該当データなし
由来 NCIMB 11717 <- DSN 20184 <- G. Reuter, Rv4na
他保存機関番号 ATCC 29644=BCRC 14043=CCUG 30671=CECT 571=CIP 103136=DSM 20184=JCM 1097=KACC 12423=KCTC 3681=LMG 9200=NCDO 2330=NCFB 2330=NCIMB 11717=NRIC 0492=NRRL B-4566
他株番号 Rv4na
参考文献
23194598
Lactobacillus alimentarius sp. nov., nom rev. and Lactobacillus farciminis sp. nov., nom. rev. (Syst Appl Microbiol. 1983)

推定保有機能 >>詳細

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タイプパターン 構成遺伝子 該当CDS
Alanine racemization(NFUNC_0063)
必須A
ALR
(NRULE_0228)
Alanine racemaseLfarK3_010100002294
Aromatic azo compounds degradation(NFUNC_0073)
必須A
AZOR
(NRULE_0236)
FMN-dependent NADH-azoreductaseLfarK3_010100000710 LfarK3_010100003657
Bacitracin resistance(NFUNC_0022)
必須A
UPPP
(NRULE_0097)
Undecaprenyl-diphosphataseLfarK3_010100010434
Chloramphenicol resistance(NFUNC_0025)
必須A
CAT1
(NRULE_0107)
Chloramphenicol acetyltransferaseLfarK3_010100011759
Macrolide antibiotic resistance(NFUNC_0045)
必須B
RLMA
(NRULE_0165)
23S rRNA (guanine-N(1))-methyltransferaseLfarK3_010100001677
Malolactic fermentation(NFUNC_0070)
必須A
MLE
(NRULE_0233)
Malolactic enzymeLfarK3_010100008091
Metal-binding protein(NFUNC_0105)
必須A
MOP
(NRULE_0322)
Putative molybdenum-binding proteinLfarK3_010100006521
C
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinLfarK3_010100010314 LfarK3_010100006506
Molybdate transport (ABC transporter)(NFUNC_0097)
必須A
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinLfarK3_010100006506 LfarK3_010100010314
Uptake of osmoprotectant(NFUNC_0061)
必須A
OPUAC
(NRULE_0213)
Osmoprotectant ABC transporter substrate-binding proteinLfarK3_010100001952
OPUAB
(NRULE_0214)
Osmoprotectant ABC transporter permease proteinLfarK3_010100001947
OPUAA
(NRULE_0215)
Osmoprotectant ABC transporter ATP-binding proteinLfarK3_010100001942

ゲノム配列情報

BioProject IDPRJNA68107
ローカスタグLfarK3
INSDC entriesNZ_AEOT01000000
ステータスWGS
解析状況
コンティグ数5
サイズ(bp) 2,470,630
遺伝子数 2,452
フィニッシングゴール
アセンブル方法Newbler v. 2.3
冗長度30.4x
シーケンス方法
  • 454
参考文献
  • Genome sequence of Lactobacillus farciminis KCTC 3681. (J Bacteriol. 2011) PMID: 21257766

データダウンロード

ゲノム塩基配列 CDS塩基配列 CDSアミノ酸変換配列 遺伝子/ORF リスト
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gz		 FASTA
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