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微生物 : Actinomadura atramentaria

微生物株情報

NBRC番号 14695
学名 Actinomadura atramentaria
別名(シノニム) 該当データなし
由来 IFO 14695 <- Meiji Seika Kaisha, Ltd. (S. Miyadoh, SF-2197)
他保存機関番号 DSM 43919=HUT 6547=JCM 6250=KCTC 9620=NCIMB 12618
他株番号 SF-2197
参考文献
該当データなし

推定保有機能 >>詳細

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タイプパターン 構成遺伝子 該当CDS
Alanine racemization(NFUNC_0063)
必須A
ALR
(NRULE_0228)
Alanine racemaseG339_18385
D-allose biosynthesis(NFUNC_0077)
必須A
LRHI
(NRULE_0242)
L-rhamnose isomeraseG339_26950
Ampicillin resistance(NFUNC_0046)
必須A
BLAA
(NRULE_0122)
Beta-lactamase class AG339_26840
Anthranilate biosynthesis(NFUNC_0038)
必須A
GLAT
(NRULE_0142)
Glutamine amidotransferaseG339_22725 G339_13420
TRPE
(NRULE_0143)
Anthranilate synthase component IG339_22725
Bacitracin resistance(NFUNC_0022)
必須A
UPPP
(NRULE_0097)
Undecaprenyl-diphosphataseG339_20625
Beta-lactam antibiotic resistance(NFUNC_0033)
必須A
BLAA
(NRULE_0122)
Beta-lactamase class AG339_26840
Ectoine biosynthesis(NFUNC_0056)
必須A
ECTB
(NRULE_0186)
Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminaseG339_08370
ECTA
(NRULE_0187)
L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferaseG339_08365
ECTC
(NRULE_0188)
L-ectoine synthaseG339_08375
GABA biosynthesis(NFUNC_0066)
必須A
GAD
(NRULE_0231)
Glutamate decarboxylaseG339_13075
Hydroxyectoine biosynthesis(NFUNC_0057)
必須A
ECTD
(NRULE_0189)
Ectoine hydroxylaseG339_08380
任意 
ECTB
(NRULE_0186)
Diaminobutyrate--2-oxoglutarate transaminaseG339_08370
 
ECTA
(NRULE_0187)
L-2,4-diaminobutyric acid acetyltransferaseG339_08365
 
ECTC
(NRULE_0188)
L-ectoine synthaseG339_08375
Macrolide antibiotic resistance(NFUNC_0045)
必須B
RLMA
(NRULE_0165)
23S rRNA (guanine-N(1))-methyltransferaseG339_07345
Metal-binding protein(NFUNC_0105)
必須A
MOP
(NRULE_0322)
Putative molybdenum-binding proteinG339_08280 G339_26500 G339_08265
C
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinG339_08275 G339_25345 G339_26030
F
SOXR
(NRULE_0329)
Redox-sensitive transcriptional activator SoxRG339_08235
J
SMTA
(NRULE_0009)
MetallothioneinG339_29120
Metallothionein(NFUNC_0006)
必須A
SMTA
(NRULE_0009)
MetallothioneinG339_29120
Molybdate transport (ABC transporter)(NFUNC_0097)
必須A
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinG339_08275 G339_26030 G339_25345
任意 
MODB
(NRULE_0325)
Molybdate ABC transporter permease proteinG339_08270
Penicillin resistance(NFUNC_0047)
必須A
BLAA
(NRULE_0122)
Beta-lactamase class AG339_26840
Uptake of osmoprotectant(NFUNC_0061)
必須B
EHUB
(NRULE_0216)
Ectoine ABC transporter substrate-binding proteinG339_08385
EHUC
(NRULE_0217)
Ectoine ABC transporter permease proteinG339_08390
EHUD
(NRULE_0218)
Ectoine ABC transporter permease proteinG339_08395
EHUA
(NRULE_0219)
Ectoine ABC transporter ATP-binding proteinG339_08400
Vitamin B6 biosynthesis (PdxS/PdxT pathway)(NFUNC_0059)
必須A
PDXS
(NRULE_0206)
Pyridoxal biosynthesis lyase PdxSG339_28370
PDXT
(NRULE_0207)
Glutamine amidotransferase subunit PdxTG339_28385

ゲノム配列情報

BioProject IDPRJNA200413
ローカスタグL170
INSDC entriesNZ_ARMS01000000
ステータスWGS
解析状況Improved High-Quality Draft
コンティグ数37
サイズ(bp) 6,709,087
遺伝子数 6,127
フィニッシングゴールImproved High-Quality Draft
アセンブル方法Velvet v. 1.1.04; ALLPATHS v. r42328
冗長度Unknown
シーケンス方法
  • Illumina HiSeq 2000
参考文献

データダウンロード

ゲノム塩基配列 CDS塩基配列 CDSアミノ酸変換配列 遺伝子/ORF リスト
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gz
FASTA
gz
FASTA
gz
TSV
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1.9 MB 1.6 MB 1.1 MB 420.3 KB