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微生物 : Roseobacter denitrificans

微生物株情報

NBRC番号 15277
学名 Roseobacter denitrificans
別名(シノニム) 該当データなし
由来 IFO 15277 <- Univ. Tokyo (T. Shiba, OCh114)
他保存機関番号 ATCC 33942=DSM 7001
他株番号 Och114
参考文献
該当データなし

推定保有機能 >>詳細

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タイプパターン 構成遺伝子 該当CDS
Alanine racemization(NFUNC_0063)
必須A
ALR
(NRULE_0228)
Alanine racemaseRD1_3240
D-allose biosynthesis(NFUNC_0077)
必須A
LRHI
(NRULE_0242)
L-rhamnose isomeraseRD1_3084
Anthranilate biosynthesis(NFUNC_0038)
必須A
GLAT
(NRULE_0142)
Glutamine amidotransferaseRD1_3209
TRPE
(NRULE_0143)
Anthranilate synthase component IRD1_3205
Arginine degradation(NFUNC_0074)
必須A
ARGI
(NRULE_0239)
ArginaseRD1_1416
Bacitracin resistance(NFUNC_0022)
必須A
UPPP
(NRULE_0097)
Undecaprenyl-diphosphataseRD1_0064
Betaine biosynthesis (from choline)(NFUNC_0049)
必須A
BETA
(NRULE_0175)
Choline dehydrogenaseRD1_2024
Bioplastic degradation(NFUNC_0015)
必須A
PHAZ1
(NRULE_0023)
Intracellular poly(3-hydroxyalkanoate) depolymeraseRD1_1887
Bioplastic synthesis(NFUNC_0001)
必須A
PHAC1
(NRULE_0010)
Poly(3-hydroxyalkanoate) polymeraseRD1_1888
任意 
PHAB
(NRULE_0011)
Acetoacetyl-CoA reductaseRD1_3395
 
PHAP3
(NRULE_0376)
PhasinRD1_1889
Metal-binding protein(NFUNC_0105)
必須A
MOP
(NRULE_0322)
Putative molybdenum-binding proteinRD1_3739 RD1_2915 RD1_2327 RD1_1733 RD1_1483 RD1_3884
C
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinRD1_2913 RD1_1059
E
CUER
(NRULE_0328)
Copper-responsive transcriptional regulator CueRRD1_2304
Molybdate transport (ABC transporter)(NFUNC_0097)
必須A
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinRD1_1059 RD1_2913
任意 
MODB
(NRULE_0325)
Molybdate ABC transporter permease proteinRD1_2914
 
MODC
(NRULE_0326)
Molybdate ABC transporter ATP-binding proteinRD1_2915
Nitrile hydratase(NFUNC_0002)
必須A
NHAA
(NRULE_0001)
Nitrile hydratase subunit alphaRD1_1908
NHAB
(NRULE_0002)
Nitrile hydratase subunit betaRD1_1909
任意 
P14K
(NRULE_0006)
Nitrile hydratase activator P14KRD1_1910
 
COBW
(NRULE_0007)
CobW/P47K family proteinRD1_3828 RD1_1856
Pyrroloquinoline quinone biosynthesis(NFUNC_0020)
必須A
PQQC
(NRULE_0092)
Pyrroloquinoline-quinone synthaseRD1_1152
任意 
PQQA
(NRULE_0090)
Coenzyme PQQ synthesis protein ARD1_1154
 
PQQB
(NRULE_0091)
Coenzyme PQQ synthesis protein BRD1_1153
 
PQQE
(NRULE_0094)
Coenzyme PQQ synthesis protein ERD1_1150
Riboflavin biosynthesis(NFUNC_0058)
必須A
RIBB
(NRULE_0200)
3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthaseRD1_1801
RIBA
(NRULE_0201)
GTP cyclohydrolase-2RD1_0043 RD1_1801
RIBD
(NRULE_0202)
Riboflavin biosynthesis protein RibDRD1_1799
RIBH
(NRULE_0203)
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthaseRD1_0560 RD1_1803
RIBE
(NRULE_0204)
Riboflavin synthaseRD1_1800
任意 
RIBF
(NRULE_0205)
Riboflavin biosynthesis protein RibFRD1_3523

ゲノム配列情報

BioProject IDPRJNA16426
ローカスタグ
INSDC entriesCP000362
ステータスComplete
解析状況
コンティグ数5
サイズ(bp) 4,331,234
遺伝子数 4,129
フィニッシングゴール
アセンブル方法
冗長度
シーケンス方法
参考文献
  • The complete genome sequence of Roseobacter denitrificans reveals a mixotrophic rather than photosynthetic metabolism. (J Bacteriol. 2007) PMID: 17098896

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ゲノム塩基配列 CDS塩基配列 CDSアミノ酸変換配列 遺伝子/ORF リスト
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