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微生物 : Alloiococcus otitis

微生物株情報

NBRC番号 15545
学名 Alloiococcus otitis
別名（シノニム） 該当データなし
由来 IFO 15545 <- NCFB 2890 <- Upjohn Co., USA
他保存機関番号 ATCC 51267=CCM 4306=CCUG 32997=CIP 103508=DSM 7252=NCFB 2890=NCIMB 702890
他株番号 7760
参考文献
1371065
Phylogenetic analysis of Alloiococcus otitis gen. nov., sp. nov., an organism from human middle ear fluid. (Int J Syst Bacteriol. 1992)
2808673
Recovery of a unique bacterial organism in human middle ear fluid and its possible role in chronic otitis media. (J Clin Microbiol. 1989)

推定保有機能 >>詳細

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タイプパターン 構成遺伝子 該当CDS
Alanine racemization(NFUNC_0063)
必須A
ALR
(NRULE_0228)
Alanine racemaseHMPREF9698_01401
Aminoglycoside resistance (by aminoglycoside O-phosphotransferase)(NFUNC_0043)
必須A
APH6
(NRULE_0155)
Streptomycin 6-kinaseHMPREF9698_00798
Bacitracin resistance(NFUNC_0022)
必須A
UPPP
(NRULE_0097)
Undecaprenyl-diphosphataseHMPREF9698_01052
O-Glycan degradation(NFUNC_0084)
必須A
ENGBF
(NRULE_0257)
Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidaseHMPREF9698_00598
Metal-binding protein(NFUNC_0105)
必須C
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinHMPREF9698_00517
Molybdate transport (ABC transporter)(NFUNC_0097)
必須A
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinHMPREF9698_00517
Streptomycin resistance(NFUNC_0054)
必須C
APH6
(NRULE_0155)
Streptomycin 6-kinaseHMPREF9698_00798

ゲノム配列情報

BioProject IDPRJNA52161
ローカスタグ
INSDC entriesAGXA01000000
ステータスWGS
解析状況High-Quality Draft
コンティグ数35
サイズ(bp) 1,784,056
遺伝子数 1,630
フィニッシングゴールHigh-Quality Draft
アセンブル方法allpaths v. R39980
冗長度115x
シーケンス方法
  • Illumina
参考文献

データダウンロード

ゲノム塩基配列 CDS塩基配列 CDSアミノ酸変換配列 遺伝子/ORF リスト
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gz		 FASTA
gz		 TSV
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540.7 KB 492.3 KB 321.8 KB 127.3 KB