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微生物 : Holophaga foetida

微生物株情報

NBRC番号 該当データなし
学名 Holophaga foetida
別名（シノニム） 該当データなし
由来
他保存機関番号 DSM 6591
他株番号 TMBS4
参考文献
該当データなし

推定保有機能 >>詳細

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タイプパターン 構成遺伝子 該当CDS
Alanine racemization(NFUNC_0063)
必須A
ALR
(NRULE_0228)
Alanine racemaseHOLFODRAFT_RS0213570
Bacitracin resistance(NFUNC_0022)
必須A
UPPP
(NRULE_0097)
Undecaprenyl-diphosphataseHOLFODRAFT_RS0202560
Beta-lactam antibiotic resistance(NFUNC_0033)
必須D
BLAD
(NRULE_0125)
Beta-lactamase class DHOLFODRAFT_RS0214505
Metal-binding protein(NFUNC_0105)
必須A
MOP
(NRULE_0322)
Putative molybdenum-binding proteinHOLFODRAFT_RS0215020 HOLFODRAFT_RS0215025 HOLFODRAFT_RS0214985
B
MODE
(NRULE_0323)
Putative molybdate-dependent transcriptional regulatorHOLFODRAFT_RS0215020
C
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinHOLFODRAFT_RS0214995 HOLFODRAFT_RS0204125
H
NIKR
(NRULE_0331)
Nickel-responsive transcriptional regulator NikRHOLFODRAFT_RS0205800
Molybdate transport (ABC transporter)(NFUNC_0097)
必須A
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinHOLFODRAFT_RS0204125 HOLFODRAFT_RS0214995
任意 
MODE
(NRULE_0323)
Putative molybdate-dependent transcriptional regulatorHOLFODRAFT_RS0215020
 
MODB
(NRULE_0325)
Molybdate ABC transporter permease proteinHOLFODRAFT_RS0214990
 
MODC
(NRULE_0326)
Molybdate ABC transporter ATP-binding proteinHOLFODRAFT_RS0214985
Nitrogenase(NFUNC_0094)
必須A
NIFD
(NRULE_0347)
Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chainHOLFODRAFT_RS0204550
NIFK
(NRULE_0348)
Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chainHOLFODRAFT_RS0204545
VNFH
(NRULE_0353)
Nitrogenase reductaseHOLFODRAFT_RS0204565
(R)-pantothenate biosynthesis(NFUNC_0030)
必須A
PAND
(NRULE_0115)
Aspartate 1-decarboxylaseHOLFODRAFT_RS0213305
PANB
(NRULE_0116)
3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferaseHOLFODRAFT_RS0213190
PANE
(NRULE_0117)
2-dehydropantoate 2-reductaseHOLFODRAFT_RS0202900
PANC
(NRULE_0118)
Pantothenate synthetaseHOLFODRAFT_RS0213185
Penicillin resistance(NFUNC_0047)
必須B
BLAD
(NRULE_0125)
Beta-lactamase class DHOLFODRAFT_RS0214505

ゲノム配列情報

BioProject IDPRJNA53485
ローカスタグHOLFODRAFT
INSDC entriesNZ_KI912269
ステータスScaffold
解析状況Improved High-Quality Draft
コンティグ数3
サイズ(bp) 4,127,237
遺伝子数 3,507
フィニッシングゴールImproved High-Quality Draft
アセンブル方法Unknown program v. before 2011-05-04
冗長度
シーケンス方法
  • 454-GS-FLX-Titanium
  • Illumina
参考文献

データダウンロード

ゲノム塩基配列 CDS塩基配列 CDSアミノ酸変換配列 遺伝子/ORF リスト
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gz		 FASTA
gz		 TSV
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1.2 MB 1.0 MB 710.0 KB 292.2 KB