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Adria_00350 : CDS information

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Organism
StrainATCC 29050 (=NBRC 100596)
Entry nameDoxorubicin
Contig
Start / Stop / Direction35,417 / 36,733 / + [in whole cluster]
32 / 1,348 / + [in contig]
Location35417..36733 [in whole cluster]
32..1348 [in contig]
TypeCDS
Length1,317 bp (438 aa)
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Category2.3 modification addition of sugar moiety
Productputative glycosyltransferase helper protein
Product (GenBank)
Gene
Gene (GenBank)dnrQ
EC number
Keyword
  • daunosamine
Note
Note (GenBank)
Reference
ACC
PmId
[7592454] Cloning and characterization of the Streptomyces peucetius dnrQS genes encoding a daunosamine biosynthesis enzyme and a glycosyl transferase involved in daunorubicin biosynthesis. (J Bacteriol. , 1995)
[17049185] Functional analysis of desVIII homologues involved in glycosylation of macrolide antibiotics by interspecies complementation. (Gene. , 2007)
comment
[PMID: 7592454](1995)
dnrQSの配列解析とdnrQ不活化・相補実験。
dnrQ::aphII mutantはRHOを産生するが、DNRを産生できない。
よってdnrQはdaunosemine生合成に必要、と言っている。

---
[PMID: 17049185](2007) abstract
glycosyltransferase補助タンパクをコードするStreptomyces venezuelae ATCC 15439のdesVIII.
このdesVIIIを不活化したmutantをdnrQで相補すると、desVIIIによる自己相補の26%まで回復する。
よってdnrQには類似機能が示唆される。
Related Reference
ACC
Q9L4U5
NITE
Acla_00220
PmId
[15911373] AknT is an activating protein for the glycosyltransferase AknS in L-aminodeoxysugar transfer to the aglycone of aclacinomycin A. (Chem Biol. , 2005)
[17685523] Characterization of rhodosaminyl transfer by the AknS/AknT glycosylation complex and its use in reconstituting the biosynthetic pathway of aclacinomycin A. (J Am Chem Soc. , 2007)
comment
BLAST id40%
Streptomyces galilaeus_aknT
AknT
[DoBISCUIT]glycosyltransferase helper protein

---
[PMID: 15911373](2005)
AknKの実験に基づき代替基質として2-deoxyfucoseを用いたAknS/Tの実験。
AknS単独でも活性はあるが、AknTがないと活性は低い。

---
[PMID: 17685523](2007)
dTDP-L-rhodosamineがAknS/AknTの自然な基質であることを確認。
これまでに代替基質として使用されていたdTDP-2-deoxyfucoseより100倍、dTDP-daunosamineより1000倍速いKcat値を示す。

partner protein AknTは、L-rhodosamine移動のためのAknSの代謝回転速度を200倍に加速する。
AknTの存在はKm値に影響せず、kcatに影響する。AknS:AknTの最適比率は1:3。

aglycone, L-rhodosamine, 2-deoxyfucose, AknS/T, AknKでの産物は2糖型aclacinomycinが主要産物でだったことから、3糖目は2-deoxyfucoseでなく、これまでの提唱通りL-rhodinoseでありそう。
ACC
Q9ZGH8
NITE
Pikro_00080
PmId
[20695498] Characterization of glycosyltransferase DesVII and its auxiliary partner protein DesVIII in the methymycin/picromycin biosynthetic pathway. (Biochemistry. , 2010)
[26552796] In vivo investigation to the macrolide-glycosylating enzyme pair DesVII/DesVIII in Saccharopolyspora erythraea. (Appl Microbiol Biotechnol. , 2016)
comment
BLAST id39%
Streptomyces venezuelae_desVIII
Putative tautomerase
[DoBISCUIT]glycosyltransferase helper protein

---
[PMID: 20695498]
DesVII はglycosyltransferases活性のために追加protein componentであるDesVIII を必要とする。
recombinant DesVIII proteinの追加でDesVII によるglycosylation効率を改善。
量はとても少ないが、desVIII はそのhomolog dnrQによって置換されうる。

DesVII/DesVIII 複合体の形成はvivoでの両遺伝子の同時発現を必要とし、vitroでの個々に産生されたタンパクの混合では完全には達成されない。
DesVII と DesVIII の比率は1:1で、複合体はheterodimersの3量体[(αβ)3]として存在する。
DesVII/DesVIII 複合体の触媒効率は、DesVII のみのときより少なくとも2×10(3)倍高い。

よって、DesVIII はタンパク産生のときDesVII の折りたたみを補助し、触媒中きつく結合したままにすることが示唆される。

close this sectionSequence

selected fasta
>putative glycosyltransferase helper protein
MPTPTSAPPAAPTDSELGRHLLTVRGFHFVFGALGDPYARRLRGEADHLSLGELVRDRGP
LHGSALGTWVTADGGISARLLDDPLLGPRHPASEGPQEHVLENVWETWRTCHVTPLGEDL
LTPAAADSDRLAALLGPVLGPRTCTAWQVDAGRAVHRVLDGLPPHFDVVSDLARPAIAGS
LAAVLGLPDEARAELPDLLAACGPVLDSALCPPRLPVARAMTQALRRVRELMAAAVANHL
TAPADGAVSALLAVDPGGGRDPGDTVTAAVLSTVVGAETAITTVANAVMALLKHDEQWSL
LRADPGRAADAVEETLRWAPPVTLRSLITQGEVQIGGETLEADQHVVVLVDAAQRDPALY
EDPDRFRLDRPRSPGFTHMALAGRDHLGLVAPLVRVQCTAVLRALAERLPGLRAEGEPLR
RGRSPVVRAPLSLRLAQK
selected fasta
>putative glycosyltransferase helper protein
ATGCCCACACCCACGTCCGCGCCGCCGGCCGCCCCGACCGACAGCGAGCTGGGGCGCCAT
CTGCTGACCGTGCGCGGCTTCCACTTCGTCTTCGGCGCGCTGGGCGACCCCTATGCCCGG
CGACTGCGCGGCGAGGCCGATCATCTGTCCCTCGGTGAGCTGGTCCGCGACCGGGGCCCG
CTCCACGGCAGTGCGCTGGGCACGTGGGTGACGGCGGACGGCGGAATATCGGCCCGCCTG
CTGGACGATCCGCTGCTGGGTCCCCGGCACCCCGCCTCAGAGGGCCCGCAGGAGCACGTT
CTCGAGAACGTCTGGGAGACCTGGCGGACCTGTCACGTCACTCCGCTCGGCGAGGACCTG
CTGACGCCGGCCGCCGCCGACTCCGACCGTCTCGCAGCCCTGCTCGGTCCGGTCCTCGGG
CCCCGTACGTGCACCGCGTGGCAGGTCGACGCGGGGCGTGCGGTGCACCGGGTGCTGGAC
GGCCTGCCGCCGCACTTCGACGTGGTATCGGATCTGGCCCGGCCTGCGATCGCGGGCTCG
CTCGCCGCCGTCCTGGGTCTCCCGGACGAGGCACGGGCGGAACTGCCGGACCTGCTGGCC
GCCTGCGGCCCGGTGCTCGACTCCGCCCTCTGCCCGCCGCGCCTCCCGGTGGCCCGGGCG
ATGACGCAGGCGCTGCGCCGCGTCCGGGAGCTGATGGCGGCGGCCGTGGCCAACCACCTC
ACCGCACCGGCCGACGGTGCGGTGAGCGCCCTGCTGGCCGTGGACCCCGGCGGCGGACGC
GATCCCGGGGACACCGTCACGGCCGCAGTGCTGAGCACGGTGGTCGGAGCCGAGACAGCG
ATCACCACCGTGGCGAACGCCGTCATGGCTCTGCTGAAGCACGACGAGCAGTGGTCGCTG
CTGCGGGCCGATCCCGGCAGGGCGGCGGACGCGGTCGAGGAGACCCTGCGCTGGGCGCCG
CCTGTGACGCTGCGCAGCCTGATCACCCAGGGAGAGGTTCAGATCGGTGGCGAGACGCTG
GAGGCGGACCAGCACGTGGTGGTGCTGGTCGACGCCGCCCAGCGGGACCCGGCGCTGTAC
GAGGACCCGGACCGATTCCGTCTCGACCGCCCCCGTAGCCCCGGTTTCACGCACATGGCC
CTGGCGGGCCGGGACCATCTGGGGCTGGTCGCCCCGCTCGTCCGCGTGCAGTGCACCGCC
GTCCTGCGGGCGCTTGCCGAACGGCTGCCCGGGCTGCGGGCCGAGGGCGAGCCGCTGCGG
CGCGGGCGCTCCCCTGTGGTCCGCGCCCCGCTCTCGCTGCGGCTGGCCCAGAAGTGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro
Database:interpro:38.0
IPR001128 Cytochrome P450 (Family)
[53-435] 1.40000000000001e-48 G3DSA:1.10.630.10
G3DSA:1.10.630.10   Cyt_P450
[311-371] 6e-08 PF00067
PF00067   p450
[48-435] 5.09998762524166e-44 SSF48264
SSF48264   Cytochrome_P450
IPR002397 Cytochrome P450, B-class (Family)
[167-183] 2.60000517657733e-17 PR00359 [184-199] 2.60000517657733e-17 PR00359 [230-252] 2.60000517657733e-17 PR00359 [310-321] 2.60000517657733e-17 PR00359 [327-354] 2.60000517657733e-17 PR00359 [355-370] 2.60000517657733e-17 PR00359
PR00359   BP450
SignalP
[1-35] 0.232 Signal
Eukaryota   
TMHMM No significant hit
Adria_00340 Adria_00340   Adria_00360 Adria_00360
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