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Balhi_00290 : CDS information

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Organism
StrainDSM 5908
Entry nameBalhimycin
Contig
Start / Stop / Direction57,915 / 58,214 / + [in whole cluster]
57,915 / 58,214 / + [in contig]
Location57915..58214 [in whole cluster]
57915..58214 [in contig]
TypeCDS
Length300 bp (99 aa)
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Category5.4 hypothetical protein
Producthypothetical protein
Product (GenBank)putative 4-ketoreductase
Gene
Gene (GenBank)dvaE
EC number
Keyword
Note
Note (GenBank)
  • probably not active because of an in frame deletion of 226 aa
Reference
ACC
PmId
[19374994] Chapter 18. Molecular genetic approaches to analyze glycopeptide biosynthesis. (Methods Enzymol. , 2009)
comment
Amycolatopsis balhimycina_dvaE
Putative 4-ketoreductase

このORFを同定した論文は不明。
機能についての実験報告もなし。

---
[PMID: 19374994](2009)
グリコペプチド系抗生物質の生合成についてまとめられている。

balhimycin産生菌A. balhimycinaではevaE-homologue geneにおける自然発生のdeletionがoxo-vancosamine(=dehydrovancosamine)の段階での生合成停止をもたらす、と述べられている。
Related Reference
ACC
O52794
NITE
Chlor_00250
PmId
[11035791] Deoxysugars in glycopeptide antibiotics: enzymatic synthesis of TDP-L-epivancosamine in chloroeremomycin biosynthesis. (Proc Natl Acad Sci U S A. , 2000)
comment
BLAST id69%, aa20-245に226aaのgapあり。
Amycolatopsis orientalis (Nocardia orientalis)
PCZA361.4
ORF24(EvaE)に相当するentry.

dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucoseからdTDP-L-epivancosamineを生合成する5つの酵素を、E.coliで発現・精製し、特徴づけしている。

ORF26でdTDP-3-amino-2,3,6-trideoxy-3-C-methyl-D-erythro-hexopyranos-4-uloseを反応させると、分子量は変わらないがchromatographyだと明らかに異なる化合物をもたらしたことから、ORF26はC-5 epimeraseとして機能すると予測された。C-5での重水素の取り込みで、これを確認している。
さらにORF24と補助基質NADPHを追加して反応させると、dTDP-L-epivancosamineが得られた。

すべての結果から提唱されている経路は次の通り。

dTDP-4-keto-6-deoxy-D-glucose

↓ ORF23(EvaA): C-2 deoxygenation

↓ ORF25(EvaB): C-3 amination

dTDP-3-amino-2,3,6-trideoxy-D-threo-hexopyranos-4-ulose

↓ ORF14(EvaC): C-3 methylation

dTDP-3-amino-2,3,6-trideoxy-3-C-methyl-D-erythro-hexopyranos-4-ulose

↓ ORF26(EvaD): C-5 epimerization

(dehydrovancosamine)

↓ ORF24(EvaE): C-4 ketoreduction

dTDP-L-epivancosamine

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selected fasta
>hypothetical protein [putative 4-ketoreductase]
MKTVTVLGASGFAGSAVHRLGEVFRLVAREVAGHTGRGPVDVPCVAPPSHAPETDFRSVT
VGSTPFRSITGRRPEMSRPEGVRRTVAALPSSDQGKVRT
selected fasta
>hypothetical protein [putative 4-ketoreductase]
ATGAAGACGGTCACCGTCCTCGGCGCCTCGGGTTTCGCCGGCTCGGCCGTCCACCGGCTG
GGCGAAGTCTTCCGGCTCGTGGCACGGGAGGTCGCCGGGCACACCGGACGCGGCCCGGTG
GACGTGCCCTGCGTGGCACCCCCGTCGCACGCGCCCGAGACGGATTTCCGGAGCGTCACG
GTCGGTTCCACGCCGTTCCGGTCGATCACCGGCCGGCGCCCGGAGATGTCGCGGCCCGAG
GGAGTGCGCCGCACTGTCGCCGCTTTGCCGTCATCAGATCAGGGAAAGGTTCGCACATGA

close this sectionFeature

BLASTP
Database:UniProtKB:2011_09 		show BLAST table
InterPro No significant hit
SignalP No significant hit
TMHMM No significant hit
Balhi_00280 Balhi_00280   Balhi_00300 Balhi_00300
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