バイオテクノロジー

微生物遺伝子機能検索データベース (MiFuP)の公開

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NITEでは、「 Bioplastic synthesis(バイオプラスチック生産)」等のキーワードを入力するだけで、その機能を持つと推定される微生物を検索できる、新しい発想のデータベース(MiFuP:ミファップ)を公開しました

微生物遺伝子機能検索データベースMiFuP

MiFuPを活用すれば、エキスパートでなくとも、機能を持つと推定される可能性のある微生物にたどりつきやすくなり、有用な微生物を短期間で数多く選定することができ、微生物を活用した産業活動が促進されることが期待されます。

今後、キーワード検索できる微生物の有用機能は、利用者の要望に応えていくこととしています。

データベース構築の背景

これまで微生物の有用機能を推定するには、ゲノム配列の膨大なデータの中から、遺伝子(遺伝情報がコードされた、 ゲノム配列の特定の領域)を特定し、さらにその機能に係わる学術論文等から遺伝子の組み合わせ(遺伝子セット)に関係する記述を理解した上で、 微生物の機能の有無を判断しなければならず、ゲノムや遺伝子解析に関する専門知識を必要とする非常に煩雑で時間のかかるものでした。

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MiFuPの概要

  1. 1.Bioplastic synthesis(バイオプラスチック生産)」、「Osmotolerance(耐浸透圧性)」等のキーワードから、その機能を持つと推定される微生物を検索できます。
  2. 2.微生物のゲノム配列から、その微生物が持っている有用な機能を推定できます。
  3. 3.微生物が有する機能情報に関する知見やその機能の活用情報について紹介したウェブサイト「MiFuP wiki」を付随しています。
    本ウェブサイトでは文献等から得られる知見を日本語で解りやすく解説しています。

MiFuPを活用すれば、専門知識がなくても、目的の微生物に手軽にたどりつくことができ、微生物を活用した産業活動が促進されることが期待されます。

MiFuPにより推定できる微生物の有用機能や、キーワード検索できる微生物については、今後、MiFuPサイト等から寄せられる利用者の要望に応じていく予定です。

新たに59種の検索対象微生物ゲノム情報を追加しました(2016年12月15日)

MiFuPに、新たに59種の検索対象微生物ゲノム情報を追加しました。
新しい分類群のゲノム情報の追加により、さらに多様な微生物の検索が可能となりました。
現在、バクテリア66綱・アーキア9綱の355株(344種)が検索可能です。

http://www.bio.nite.go.jp/mifup/news
 

微生物機能データを追加しました(2016年1月6日)

MiFuPに微生物の機能データを10追加しました。
環境浄化に関する機能、薬剤耐性能、ヒト等の腸管粘液の構成物質の分解機能、抗生物質の活性を担う糖の合成能などの微生物機能です。

http://www.bio.nite.go.jp/mifup/news

MiFuPでは現在、93の微生物機能について検索できます。

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MiFuP画面イメージ (画像をクリックすれば拡大できます)

MiFuP 検索トップ画面の図が拡大します

MiFuP 微生物 機能検索結果の図が拡大します

MiFuP 機能検索結果の図が拡大します

MiFuP 機能検索画面の図が拡大します

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独立行政法人製品評価技術基盤機構 バイオテクノロジーセンター  産業連携推進課

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