English site

微生物 : Rhodobacter capsulatus

微生物株情報

NBRC番号 16581
学名 Rhodobacter capsulatus
別名(シノニム) Rhodopseudomonas capsulata
由来 IFO 16581 <- Osaka Univ. (K. Saeki) <- B.L. Marrs
他保存機関番号
他株番号 SB1003
参考文献
1262313
Map of genes for carotenoid and bacteriochlorophyll biosynthesis in Rhodopseudomonas capsulata. (J Bacteriol. 1976)

推定保有機能 >>詳細

Download
タイプパターン 構成遺伝子 該当CDS
Alanine racemization(NFUNC_0063)
必須A
ALR
(NRULE_0228)
Alanine racemaseRCAP_rcc01574
Aminoglycoside resistance (by aminoglycoside O-phosphotransferase)(NFUNC_0043)
必須A
APH6
(NRULE_0155)
Streptomycin 6-kinaseRCAP_rcc00040
Anthranilate biosynthesis(NFUNC_0038)
必須A
GLAT
(NRULE_0142)
Glutamine amidotransferaseRCAP_rcc02357
TRPE
(NRULE_0143)
Anthranilate synthase component IRCAP_rcc02355
Arginine degradation(NFUNC_0074)
必須A
ARGI
(NRULE_0239)
ArginaseRCAP_rcc02114
Arsenical resistance(NFUNC_0004)
必須E
ARSB2
(NRULE_0016)
Arsenite resistance protein ArsBRCAP_rcp00080
ARSC2
(NRULE_0018)
Arsenate reductaseRCAP_rcp00087 RCAP_rcc02070
Bacitracin resistance(NFUNC_0022)
必須A
UPPP
(NRULE_0097)
Undecaprenyl-diphosphataseRCAP_rcc00164
Betaine biosynthesis (from choline)(NFUNC_0049)
必須A
BETA
(NRULE_0175)
Choline dehydrogenaseRCAP_rcc00898
Bioplastic degradation(NFUNC_0015)
必須A
PHAZ1
(NRULE_0023)
Intracellular poly(3-hydroxyalkanoate) depolymeraseRCAP_rcc00745
Bioplastic synthesis(NFUNC_0001)
必須A
PHAC1
(NRULE_0010)
Poly(3-hydroxyalkanoate) polymeraseRCAP_rcc00746
任意 
PHAB
(NRULE_0011)
Acetoacetyl-CoA reductaseRCAP_rcc03179
 
PHAP3
(NRULE_0376)
PhasinRCAP_rcc00747
Metal-binding protein(NFUNC_0105)
必須A
MOP
(NRULE_0322)
Putative molybdenum-binding proteinRCAP_rcc00561 RCAP_rcc00560 RCAP_rcc00564 RCAP_rcp00150 RCAP_rcc03261 RCAP_rcc02025 RCAP_rcc01389
B
MODE
(NRULE_0323)
Putative molybdate-dependent transcriptional regulatorRCAP_rcc00561 RCAP_rcc00560
C
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinRCAP_rcc02219 RCAP_rcc00562 RCAP_rcc01771 RCAP_rcc02744
Molybdate transport (ABC transporter)(NFUNC_0097)
必須A
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinRCAP_rcc00562 RCAP_rcc02219 RCAP_rcc02744 RCAP_rcc01771
任意 
MODE
(NRULE_0323)
Putative molybdate-dependent transcriptional regulatorRCAP_rcc00561 RCAP_rcc00560
 
MODB
(NRULE_0325)
Molybdate ABC transporter permease proteinRCAP_rcc02218 RCAP_rcc00563
 
MODC
(NRULE_0326)
Molybdate ABC transporter ATP-binding proteinRCAP_rcc00564
Nitrogenase(NFUNC_0094)
必須A
NIFD
(NRULE_0347)
Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chainRCAP_rcc00571
NIFK
(NRULE_0348)
Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chainRCAP_rcc00570
VNFH
(NRULE_0353)
Nitrogenase reductaseRCAP_rcc00572 RCAP_rcc00585
B
ANFD
(NRULE_0344)
Nitrogenase iron-iron protein alpha chainRCAP_rcc00586
ANFK
(NRULE_0345)
Nitrogenase iron-iron protein beta chainRCAP_rcc00588
ANFG
(NRULE_0346)
Nitrogenase iron-iron protein delta chainRCAP_rcc00587
VNFH
(NRULE_0353)
Nitrogenase reductaseRCAP_rcc00572 RCAP_rcc00585
Streptomycin resistance(NFUNC_0054)
必須C
APH6
(NRULE_0155)
Streptomycin 6-kinaseRCAP_rcc00040

ゲノム配列情報

BioProject IDPRJNA55
ローカスタグ
INSDC entriesCP001312
ステータスComplete
解析状況
コンティグ数2
サイズ(bp) 3,871,920
遺伝子数 3,642
フィニッシングゴール
アセンブル方法
冗長度
シーケンス方法
参考文献
  • Complete genome sequence of the photosynthetic purple nonsulfur bacterium Rhodobacter capsulatus SB 1003. (J Bacteriol. 2010) PMID: 20418398

データダウンロード

ゲノム塩基配列 CDS塩基配列 CDSアミノ酸変換配列 遺伝子/ORF リスト
FASTA
gz
FASTA
gz
FASTA
gz
TSV
uncompressed
1.1 MB 1.0 MB 742.0 KB 317.7 KB