English site

微生物 : Xenococcus sp.

微生物株情報

NBRC番号 該当データなし
学名 Xenococcus sp.
別名（シノニム） 該当データなし
由来
他保存機関番号 ATCC 29373=PCC 7305
他株番号
参考文献
23277585
Improving the coverage of the cyanobacterial phylum using diversity-driven genome sequencing. (Proc Natl Acad Sci U S A. 2013)

推定保有機能 >>詳細

Download
タイプパターン 構成遺伝子 該当CDS
Alanine racemization(NFUNC_0063)
必須A
ALR
(NRULE_0228)
Alanine racemaseXen7305DRAFT_00034150
Arsenical resistance(NFUNC_0004)
必須F
ARSB2
(NRULE_0016)
Arsenite resistance protein ArsBXen7305DRAFT_00039400
ARSC3
(NRULE_0019)
Arsenate reductaseXen7305DRAFT_00039420
任意 
ARSA
(NRULE_0014)
Arsenical pump-driving ATPaseXen7305DRAFT_00040470
 
ARSH
(NRULE_0021)
ArsH proteinXen7305DRAFT_00039410
Bacitracin resistance(NFUNC_0022)
必須A
UPPP
(NRULE_0097)
Undecaprenyl-diphosphataseXen7305DRAFT_00019620
Freeze resistance (by antifreeze protein)(NFUNC_0019)
必須A
AFP
(NRULE_0089)
Ice-structuring proteinXen7305DRAFT_00002860
Metal-binding protein(NFUNC_0105)
必須A
MOP
(NRULE_0322)
Putative molybdenum-binding proteinXen7305DRAFT_00003100
C
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinXen7305DRAFT_00030760 Xen7305DRAFT_00004410
J
SMTA
(NRULE_0009)
MetallothioneinXen7305DRAFT_00020730
Metallothionein(NFUNC_0006)
必須A
SMTA
(NRULE_0009)
MetallothioneinXen7305DRAFT_00020730
Molybdate transport (ABC transporter)(NFUNC_0097)
必須A
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinXen7305DRAFT_00004410 Xen7305DRAFT_00030760
任意 
MODB
(NRULE_0325)
Molybdate ABC transporter permease proteinXen7305DRAFT_00004420
Nitrile hydratase(NFUNC_0002)
必須A
NHAA
(NRULE_0001)
Nitrile hydratase subunit alphaXen7305DRAFT_00026120
NHAB
(NRULE_0002)
Nitrile hydratase subunit betaXen7305DRAFT_00026110
任意 
P14K
(NRULE_0006)
Nitrile hydratase activator P14KXen7305DRAFT_00026130
 
COBW
(NRULE_0007)
CobW/P47K family proteinXen7305DRAFT_00042660 Xen7305DRAFT_00042670 Xen7305DRAFT_00042680 Xen7305DRAFT_00026140 Xen7305DRAFT_00017390 Xen7305DRAFT_00013160 Xen7305DRAFT_00006310 Xen7305DRAFT_00050790
Nitrogenase(NFUNC_0094)
必須A
NIFD
(NRULE_0347)
Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chainXen7305DRAFT_00004210
NIFK
(NRULE_0348)
Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chainXen7305DRAFT_00004220
VNFH
(NRULE_0353)
Nitrogenase reductaseXen7305DRAFT_00004200
Riboflavin biosynthesis(NFUNC_0058)
必須A
RIBB
(NRULE_0200)
3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthaseXen7305DRAFT_00032940
RIBA
(NRULE_0201)
GTP cyclohydrolase-2Xen7305DRAFT_00032940
RIBD
(NRULE_0202)
Riboflavin biosynthesis protein RibDXen7305DRAFT_00021960
RIBH
(NRULE_0203)
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthaseXen7305DRAFT_00035520
RIBE
(NRULE_0204)
Riboflavin synthaseXen7305DRAFT_00031140
任意 
RIBF
(NRULE_0205)
Riboflavin biosynthesis protein RibFXen7305DRAFT_00014730
Uptake of osmoprotectant(NFUNC_0061)
必須A
OPUAC
(NRULE_0213)
Osmoprotectant ABC transporter substrate-binding proteinXen7305DRAFT_00027170
OPUAB
(NRULE_0214)
Osmoprotectant ABC transporter permease proteinXen7305DRAFT_00027180
OPUAA
(NRULE_0215)
Osmoprotectant ABC transporter ATP-binding proteinXen7305DRAFT_00027160

ゲノム配列情報

BioProject IDPRJNA159499
ローカスタグXEN7305
INSDC entriesALVZ01000000
ステータスContig
解析状況
コンティグ数234
サイズ(bp) 5,929,641
遺伝子数 5,373
フィニッシングゴールStandard Draft
アセンブル方法Newbler v. 2.3 (pre-release), VELVET v.1.0.13, Parallel phrap v. 4.24 SPS
冗長度30x
シーケンス方法
  • 454
  • Illumina
参考文献
  • Improving the coverage of the cyanobacterial phylum using diversity-driven genome sequencing. (Proc Natl Acad Sci U S A. 2013) PMID: 23277585

データダウンロード

ゲノム塩基配列 CDS塩基配列 CDSアミノ酸変換配列 遺伝子/ORF リスト
FASTA
gz		 FASTA
gz		 FASTA
gz		 TSV
uncompressed
1.8 MB 1.6 MB 1.1 MB 476.4 KB