二次代謝産物合成遺伝子データベース（DoBISCUIT）の再公開について

データベース構築の背景

二次代謝産物の生合成遺伝子に関する情報は医薬品・化合物合成の研究開発に重要ですが、既存のデータベースに収録されているのは部分的な遺伝子（PKS、NRPS等）だけであることが多く、代表的なものに限られていることが多いのが現状です。

また、生合成遺伝子について詳しく調べようとすると、遺伝子に対する表記がデータベースによりそれぞれ異なるため、統一的な情報が得にくいという問題点もあります。

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DoBISCUITの概要

１．PKS/NRPS遺伝子クラスターの情報を簡単に取得できます

• 複数エントリに分割された生合成クラスターの情報を集約しています
• 生合成クラスターの全ての遺伝子を収録しています

２．遺伝子をその機能毎に分類しています

• 生合成クラスターの全ての遺伝子を標準化された言葉で最新の情報で再アノテーションしています
• 全ての遺伝子を機能別に分類しています

３．生合成クラスターの文献情報を集約しています

• 生合成クラスターの発表後に発表された文献情報も集約します
• 発表後の情報を元にアノテーションを更新しています

新しく追加した遺伝子クラスター（2016年12月27日）

DoBISCUITに、新たに3つの化合物（A40926, A47934, Lydicamycin）の生合成遺伝子クラスター情報を追加しました。
Lydicamycin生合成遺伝子クラスターは、NBRCで解読したものです*。Lydicamycin生産株は、NBRCから入手可能です（NBRC 110027）。
*参考文献：Komaki et al. (2015). Draft genome sequence of marine-derived Streptomyces sp. TP-A0598, a producer of anti-MRSA antibiotic lydicamycins. Stand Genomic Sci. 10:58.
 

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DoBISCUIT画面イメージ　(画像をクリックすれば拡大できます）

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発表履歴

[1] 16th International symposium on the Biology of Actinomycetes 2011 12.11-15. Puerto Vallarta, Mexico

DoBISCUIT: A Literature-based Manually Curated Database of Secondary Metabolite Biosynthesis Gene Clusters

[2] 生合成マシーナリープロジェクト　若手勉強会　2011 11.26. 東京工業大学

文献に基づきマニュアルキュレーションされた二次代謝産物合成遺伝子クラスターデータベース

[3] BioCuration 2012 4.2-4. Washington DC, USA

DoBISCUIT; A Literature-based Manually Curated Database of Secondary Metabolite 　Biosynthesis Gene Clusters

[4] Ichikawa et al. (2013). DoBISCUIT: a database of secondary metabolite biosynthetic gene clusters. Nucleic Acids Res. 41(Database issue):D408-14.

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最終更新日