バイオテクノロジー

二次代謝産物合成遺伝子データベース(DoBISCUIT)の公開

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NITEでは、医薬品・化合物合成をサポートする基盤情報整備として、放線菌の二次代謝産物合成遺伝子に関する情報を網羅的に集約したデータベース (DoBISCUIT)を構築し、公開しました。

二次代謝産物合成遺伝子データベースDoBISCUIT

DoBISCUITとは・・・文献に基づきマニュアルキュレーションされた二次代謝産物合成遺伝子クラスターデータベースのことです。
(Database of BIoSynthesis clusters CUrated and InTegrated = DoBISCUIT)
 

現在、108遺伝子クラスターの情報を公開しています(2016年12月27日時点)。
 

データベース構築の背景

二次代謝産物の生合成遺伝子に関する情報は医薬品・化合物合成の研究開発に重要ですが、既存のデータベースに収録されているのは部分的な遺伝子(PKS、NRPS等)だけであることが多く、代表的なものに限られていることが多いのが現状です。

また、生合成遺伝子について詳しく調べようとすると、遺伝子に対する表記がデータベースによりそれぞれ異なるため、統一的な情報が得にくいという問題点もあります。

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DoBISCUITの概要

1.PKS/NRPS遺伝子クラスターの情報を簡単に取得できます

  • 複数エントリに分割された生合成クラスターの情報を集約しています
  • 生合成クラスターの全ての遺伝子を収録しています

2.遺伝子をその機能毎に分類しています

  • 生合成クラスターの全ての遺伝子を標準化された言葉で最新の情報で再アノテーションしています
  • 全ての遺伝子を機能別に分類しています

3.生合成クラスターの文献情報を集約しています

  • 生合成クラスターの発表後に発表された文献情報も集約します
  • 発表後の情報を元にアノテーションを更新しています

新しく追加した遺伝子クラスター(2016年12月27日)

DoBISCUITに、新たに3つの化合物(A40926, A47934, Lydicamycin)の生合成遺伝子クラスター情報を追加しました。
Lydicamycin生合成遺伝子クラスターは、NBRCで解読したものです*。Lydicamycin生産株は、NBRCから入手可能です(NBRC 110027)。

*参考文献:Komaki et al. (2015). Draft genome sequence of marine-derived Streptomyces sp. TP-A0598, a producer of anti-MRSA antibiotic lydicamycins. Stand Genomic Sci. 10:58.
 

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DoBISCUIT画面イメージ (画像をクリックすれば拡大できます)

  • DoBISCUITの画面1の図が拡大します
  • DoBISCUITの画面2の図が拡大します
  • DoBISCUITの画面3の図が拡大します

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発表履歴

[1] 16th International symposium on the Biology of Actinomycetes 2011 12.11-15. Puerto Vallarta, Mexico
DoBISCUIT: A Literature-based Manually Curated Database of Secondary Metabolite Biosynthesis Gene Clusters
[2] 生合成マシーナリープロジェクト 若手勉強会 2011 11.26. 東京工業大学
文献に基づきマニュアルキュレーションされた二次代謝産物合成遺伝子クラスターデータベース
[3] BioCuration 2012 4.2-4. Washington DC, USA
DoBISCUIT; A Literature-based Manually Curated Database of Secondary Metabolite  Biosynthesis Gene Clusters
[4] Ichikawa et al. (2013). DoBISCUIT: a database of secondary metabolite biosynthetic gene clusters. Nucleic Acids Res. 41(Database issue):D408-14.

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