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微生物 : Oceanithermus profundus

微生物株情報

NBRC番号 100410
学名 Oceanithermus profundus
別名（シノニム） 該当データなし
由来 DSM 14977 <- M.L. Miroshnichenko, 506
他保存機関番号 DSM 14977=VKM B-2274
他株番号 506
参考文献
12807196
Oceanithermus profundus gen. nov., sp. nov., a thermophilic, microaerophilic, facultatively chemolithoheterotrophic bacterium from a deep-sea hydrothermal vent. (Int J Syst Evol Microbiol. 2003)
15747232
Polyamine analysis for chemotaxonomy of thermophilic eubacteria: Polyamine distribution profiles within the orders Aquificales, Thermotogales, Thermodesulfobacteriales, Thermales, Thermoanaerobacteriales, Clostridiales and Bacillales. (J Gen Appl Microbiol. 2004)

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タイプパターン 構成遺伝子 該当CDS
Alanine racemization(NFUNC_0063)
必須A
ALR
(NRULE_0228)
Alanine racemaseOcepr_1530
Anthranilate biosynthesis(NFUNC_0038)
必須A
GLAT
(NRULE_0142)
Glutamine amidotransferaseOcepr_2023
TRPE
(NRULE_0143)
Anthranilate synthase component IOcepr_2021
Arginine degradation(NFUNC_0074)
必須A
ARGI
(NRULE_0239)
ArginaseOcepr_1363
Bacitracin resistance(NFUNC_0022)
必須A
UPPP
(NRULE_0097)
Undecaprenyl-diphosphataseOcepr_0766
Mercury resistance(NFUNC_0005)
必須A
MERA
(NRULE_0008)
Mercuric reductaseOcepr_0477
Metal-binding protein(NFUNC_0105)
必須A
MOP
(NRULE_0322)
Putative molybdenum-binding proteinOcepr_0984 Ocepr_1240
C
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinOcepr_0986
Molybdate transport (ABC transporter)(NFUNC_0097)
必須A
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinOcepr_0986
任意 
MODB
(NRULE_0325)
Molybdate ABC transporter permease proteinOcepr_0985
(R)-pantothenate biosynthesis(NFUNC_0030)
必須A
PAND
(NRULE_0115)
Aspartate 1-decarboxylaseOcepr_1248
PANB
(NRULE_0116)
3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferaseOcepr_0677
PANE
(NRULE_0117)
2-dehydropantoate 2-reductaseOcepr_0678
PANC
(NRULE_0118)
Pantothenate synthetaseOcepr_0452
Vitamin B6 biosynthesis (PdxS/PdxT pathway)(NFUNC_0059)
必須A
PDXS
(NRULE_0206)
Pyridoxal biosynthesis lyase PdxSOcepr_1143
PDXT
(NRULE_0207)
Glutamine amidotransferase subunit PdxTOcepr_1142

ゲノム配列情報

BioProject IDPRJNA40223
ローカスタグ
INSDC entriesCP002361
ステータスComplete
解析状況Finished
コンティグ数2
サイズ(bp) 2,439,291
遺伝子数 2,373
フィニッシングゴールFinished
アセンブル方法Newbler v. 2.3
冗長度
シーケンス方法
  • 454
  • Illumina
参考文献
  • Complete genome sequence of Oceanithermus profundus type strain (506). (Stand Genomic Sci. 2011) PMID: 21677858

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ゲノム塩基配列 CDS塩基配列 CDSアミノ酸変換配列 遺伝子/ORF リスト
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711.0 KB 658.5 KB 478.5 KB 188.1 KB