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微生物 : Oscillibacter valericigenes

微生物株情報

NBRC番号 101213
学名 Oscillibacter valericigenes
別名（シノニム） 該当データなし
由来 NITE (T. Iino, Sjm18-20)
他保存機関番号 DSM 18026=KCTC 5905
他株番号 Sjm18-20
参考文献
17684268
Oscillibacter valericigenes gen. nov., sp. nov., a valerate-producing anaerobic bacterium isolated from the alimentary canal of a Japanese corbicula clam. (Int J Syst Evol Microbiol. 2007)
23408234
Complete genome sequence of Oscillibacter valericigenes Sjm18-20(T) (=NBRC 101213(T)). (Stand Genomic Sci. 2012)

推定保有機能 >>詳細

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タイプパターン 構成遺伝子 該当CDS
Alanine racemization(NFUNC_0063)
必須A
ALR
(NRULE_0228)
Alanine racemaseOBV_19140 OBV_09480
Aminoglycoside resistance (by aminoglycoside O-phosphotransferase)(NFUNC_0043)
必須A
APH6
(NRULE_0155)
Streptomycin 6-kinaseOBV_06310
Anthranilate biosynthesis(NFUNC_0038)
必須A
GLAT
(NRULE_0142)
Glutamine amidotransferaseOBV_43850
TRPE
(NRULE_0143)
Anthranilate synthase component IOBV_43840
Bacitracin resistance(NFUNC_0022)
必須A
UPPP
(NRULE_0097)
Undecaprenyl-diphosphataseOBV_15300 OBV_25730
Chloramphenicol resistance(NFUNC_0025)
必須A
CAT1
(NRULE_0107)
Chloramphenicol acetyltransferaseOBV_32740 OBV_12550 OBV_20840 OBV_30800
Macrolide antibiotic resistance(NFUNC_0045)
必須B
RLMA
(NRULE_0165)
23S rRNA (guanine-N(1))-methyltransferaseOBV_39930
Metal-binding protein(NFUNC_0105)
必須C
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinOBV_14680 OBV_12910
Molybdate transport (ABC transporter)(NFUNC_0097)
必須A
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinOBV_12910 OBV_14680
任意 
MODB
(NRULE_0325)
Molybdate ABC transporter permease proteinOBV_12900
Phenol degradation(NFUNC_0028)
必須B
PHEA1
(NRULE_0083)
Aromatic ring hydroxylaseOBV_33370 OBV_01110 OBV_03760 OBV_28840 OBV_35330 OBV_40730
任意 
FADR1
(NRULE_0101)
NADH-dependent flavin reductaseOBV_27040 OBV_14480 OBV_33710
Riboflavin biosynthesis(NFUNC_0058)
必須A
RIBB
(NRULE_0200)
3,4-dihydroxy-2-butanone 4-phosphate synthaseOBV_01250
RIBA
(NRULE_0201)
GTP cyclohydrolase-2OBV_01250
RIBD
(NRULE_0202)
Riboflavin biosynthesis protein RibDOBV_01230
RIBH
(NRULE_0203)
6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthaseOBV_01260
RIBE
(NRULE_0204)
Riboflavin synthaseOBV_01240
任意 
RIBF
(NRULE_0205)
Riboflavin biosynthesis protein RibFOBV_40350
Streptogramin resistance(NFUNC_0027)
必須A
VAT
(NRULE_0113)
Streptogramin A acetyltransferaseOBV_21670
Streptomycin resistance(NFUNC_0054)
必須C
APH6
(NRULE_0155)
Streptomycin 6-kinaseOBV_06310
Uptake of osmoprotectant(NFUNC_0061)
必須C
BCCT
(NRULE_0220)
BCCT family transporterOBV_31520

ゲノム配列情報

BioProject IDPRJNA41823
ローカスタグOBV
INSDC entriesAP012044
ステータスComplete
解析状況
コンティグ数2
サイズ(bp) 4,470,622
遺伝子数 4,723
フィニッシングゴール
アセンブル方法
冗長度8x
シーケンス方法
  • Sanger ABI3730
参考文献
  • Complete genome sequence of Oscillibacter valericigenes Sjm18-20(T) (=NBRC 101213(T)). (Stand Genomic Sci. 2012) PMID: 23408234

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ゲノム塩基配列 CDS塩基配列 CDSアミノ酸変換配列 遺伝子/ORF リスト
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