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微生物 : Intrasporangium calvum

微生物株情報

NBRC番号 12989
学名 Intrasporangium calvum
別名（シノニム） 該当データなし
由来 IFO 12989 <- KCC A-0097 <- CUB 430 <- IMRU <- L.V. Kalakoutskii, INMI 7KIP
他保存機関番号 ATCC 23552=DSM 43043=JCM 3097=NRRL B-3866=VKM Ac-701
他株番号
参考文献
21304734
Complete genome sequence of Intrasporangium calvum type strain (7 KIP). (Stand Genomic Sci. 2010)

推定保有機能 >>詳細

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タイプパターン 構成遺伝子 該当CDS
Alanine racemization(NFUNC_0063)
必須A
ALR
(NRULE_0228)
Alanine racemaseIntca_1004
Aminoglycoside resistance (by aminoglycoside O-phosphotransferase)(NFUNC_0043)
必須A
APH6
(NRULE_0155)
Streptomycin 6-kinaseIntca_2230
Anthranilate biosynthesis(NFUNC_0038)
必須A
GLAT
(NRULE_0142)
Glutamine amidotransferaseIntca_0061
TRPE
(NRULE_0143)
Anthranilate synthase component IIntca_1637
Bacitracin resistance(NFUNC_0022)
必須A
UPPP
(NRULE_0097)
Undecaprenyl-diphosphataseIntca_1748
Metal-binding protein(NFUNC_0105)
必須A
MOP
(NRULE_0322)
Putative molybdenum-binding proteinIntca_0526 Intca_2916 Intca_2876 Intca_2873
C
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinIntca_2155 Intca_2874 Intca_0529 Intca_0417
F
SOXR
(NRULE_0329)
Redox-sensitive transcriptional activator SoxRIntca_0540
Molybdate transport (ABC transporter)(NFUNC_0097)
必須A
MODA
(NRULE_0324)
Molybdate ABC transporter substrate-binding proteinIntca_0529 Intca_2155 Intca_2874 Intca_0417
任意 
MODB
(NRULE_0325)
Molybdate ABC transporter permease proteinIntca_2875
(R)-pantothenate biosynthesis(NFUNC_0030)
必須A
PAND
(NRULE_0115)
Aspartate 1-decarboxylaseIntca_0612
PANB
(NRULE_0116)
3-methyl-2-oxobutanoate hydroxymethyltransferaseIntca_2034
PANE
(NRULE_0117)
2-dehydropantoate 2-reductaseIntca_0399
PANC
(NRULE_0118)
Pantothenate synthetaseIntca_0611
Streptomycin resistance(NFUNC_0054)
必須C
APH6
(NRULE_0155)
Streptomycin 6-kinaseIntca_2230
Trehalose biosynthesis (from maltooligosaccharide)(NFUNC_0037)
必須A
TREY
(NRULE_0140)
Maltooligosyl trehalose synthaseIntca_1350
TREZ
(NRULE_0141)
Malto-oligosyltrehalose trehalohydrolaseIntca_1351
任意 
GLGX
(NRULE_0139)
Glycogen debranching enzymeIntca_2397 Intca_1349
Trehalose biosynthesis (from maltose)(NFUNC_0034)
必須B
TRES
(NRULE_0128)
Trehalose synthaseIntca_2400
Trehalose biosynthesis (from NDP-glucose and glucose-6-phosphate)(NFUNC_0031)
必須A
TPS
(NRULE_0119)
Trehalose-phosphate synthaseIntca_2909
TPP
(NRULE_0120)
Trehalose-6-phosphate phosphataseIntca_2910
Vitamin B6 biosynthesis (PdxS/PdxT pathway)(NFUNC_0059)
必須A
PDXS
(NRULE_0206)
Pyridoxal biosynthesis lyase PdxSIntca_1862
PDXT
(NRULE_0207)
Glutamine amidotransferase subunit PdxTIntca_1859

ゲノム配列情報

BioProject IDPRJNA43527
ローカスタグINTCA
INSDC entriesCP002343
ステータスComplete
解析状況Finished
コンティグ数1
サイズ(bp) 4,024,382
遺伝子数 3,563
フィニッシングゴールFinished
アセンブル方法Newbler v. 2.3
冗長度
シーケンス方法
  • 454-FLX
  • 454-Titanium
  • Illumina Gaii
参考文献
  • Complete genome sequence of Intrasporangium calvum type strain (7 KIP). (Stand Genomic Sci. 2010) PMID: 21304734

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ゲノム塩基配列 CDS塩基配列 CDSアミノ酸変換配列 遺伝子/ORF リスト
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gz		 FASTA
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1.1 MB 1.0 MB 760.6 KB 284.3 KB