| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000000953
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|---|---|
| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Sphingomonas changbaiensis NBRC 104936, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Sphingomonas changbaiensis NBRC 104936
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| アクセッション番号またはID |
NZ_BBWU00000000
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| コメント |
Sphingomonas changbaiensis NBRC 104936, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_BBWU00000000.1
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| 登録日または更新日 |
2015-04-22
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| CDSファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
3217375
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
NBRC 104936
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| 分離源 |
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BBWU00000000.1.; The Sphingomonas changbaiensis NBRC 104936 whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BBWU00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BBWU01000000, and consists of sequences BBWU01000001-BBWU01000053.; ~~Strain NBRC 104936 available from NBRC culture collection (http://www.nite.go.jp/en/nbrc/index.html).~This project aims to provide 'reference genomes' of the genus Comamonas for comparative genomic analysis of the strain differences to identify useful genes for taxonomic classification, risk/safety assessment, and industrial application. The sequence information will be released to the society through the NBRC web site and DDBJ/EMBL/GenBank databases~(http://www.nite.go.jp/en/nbrc/genome/project/wgs/ project_wgs2.html).; ; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Finishing Goal :: Noncontiguous Finished ; Current Finishing Status :: High-Quality Draft ; Assembly Method :: newbler v. 2.6 ; Genome Coverage :: 125x ; Sequencing Technology :: 454 GS-FLX Titanium; Illumina HiSeq 1000 ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 07/10/2021 01:16:59 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 5.2 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 3,189 ; CDSs (total) :: 3,137 ; Genes (coding) :: 3,099 ; CDSs (with protein) :: 3,099 ; Genes (RNA) :: 52 ; rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 1, 1, 1 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 45 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 38 ; CDSs (without protein) :: 38 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 38 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 8 of 38 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 29 of 38 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 1 of 38 ; CRISPR Arrays :: 1 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Whole genome shotgun sequence of Sphingomonas changbaiensis NBRC 104936
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| 雑誌名/登録機関名 |
Unpublished
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Katano-Makiyama,Y. Hosoyama,A. Hashimoto,M. Noguchi,M. Tsuchikane,K. Ohji,S. Yamazoe,A. Ichikawa,N. Kimura,A. Fujita,N.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (06-APR-2015) Contact:Director-General Biological Resource Center National Institute of Technology and Evaluation, NITE Biological Resource Center; 2-49-10 Nishihara, Shibuya-ku, Tokyo 151-0066, Japan URL :http://www.nite.go.jp/nbrc/index.html
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Hosoyama,A. Kimura,A. Ohji,S. Ichikawa,N. Yamazoe,A. Fujita,N.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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