| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000001862
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Streptomyces albulus strain NBRC 14147, whole genome shotgun sequencing project）
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| 生物種名 |
Streptomyces albulus
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| アクセッション番号またはID |
NZ_BHXC00000000
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| コメント |
Streptomyces albulus strain NBRC 14147, whole genome shotgun sequencing project.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_BHXC00000000.1
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| 登録日または更新日 |
2018-12-01
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| CDSファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
9614154
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| 形態 |
linear
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
NBRC 14147
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| 分離源 |
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| plasmid |
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BHXC00000000.1.; The Streptomyces albulus whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BHXC00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BHXC01000000, and consists of sequences BHXC01000001-BHXC01000008.; Annotated using prokka 1.11 from http://www.vicbioinformatics.com. Annotated at DFAST https://dfast.nig.ac.jp/~~; ; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: SMRT Analysis v. 2.1.1 ; Genome Coverage :: 129x ; Sequencing Technology :: PacBio RSII ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 03/15/2021 04:19:26 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 5.1 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 8,383 ; CDSs (total) :: 8,289 ; Genes (coding) :: 7,872 ; CDSs (with protein) :: 7,872 ; Genes (RNA) :: 94 ; rRNAs :: 7, 7, 7 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 7, 7, 7 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 70 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 417 ; CDSs (without protein) :: 417 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 417 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 237 of 417 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 195 of 417 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 21 of 417 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 34 of 417 ; ##Genome-Annotation-Data-END##
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Draft Genome Sequence of the Most Traditional epsilon-Poly-l-Lysine Producer, Streptomyces albulus NBRC14147
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| 雑誌名/登録機関名 |
Microbiol Resour Announc 8, e01515-18 (2019)
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Yamanaka,K. Hamano,Y.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (29-OCT-2018) Contact:Kazuya Yamanaka Kansai University, Department of Life Science and Technology; Yamate-cho 3-3-35, Suita, Osaka 5648680, Japan
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Yamanaka,K. Hamano,Y.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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