| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000001892 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Streptomyces avermitilis strain NBRC 14893, whole genome shotgun sequencing project） |
| 生物種名 | Streptomyces avermitilis |
| アクセッション番号またはID | NZ_BJHX00000000 |
| コメント | Streptomyces avermitilis strain NBRC 14893, whole genome shotgun sequencing project. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_BJHX00000000.1 |
| 登録日または更新日 | 2019-05-21 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| CDSファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 10484508 |
| 形態 | linear |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | NBRC 14893 |
| 分離源 | |
| plasmid | |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to BJHX00000000.1.; The Streptomyces avermitilis whole genome shotgun (WGS) project has the project accession NZ_BJHX00000000. This version of the project (01) has the accession number NZ_BJHX01000000, and consists of sequences BJHX01000001-BJHX01000006.; Annotated using prokka 1.11 from http://www.vicbioinformatics.com. Annotated at DFAST https://dfast.nig.ac.jp/~~; ; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Canu v. 1.4 ; Genome Coverage :: 120X ; Sequencing Technology :: PacBio RSII ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 07/11/2021 08:09:38 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 5.2 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 9,190 ; CDSs (total) :: 9,090 ; Genes (coding) :: 7,842 ; CDSs (with protein) :: 7,842 ; Genes (RNA) :: 100 ; rRNAs :: 6, 6, 6 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 6, 6, 6 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 79 ; ncRNAs :: 3 ; Pseudo Genes (total) :: 1,248 ; CDSs (without protein) :: 1,248 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 1,248 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 965 of 1,248 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 363 of 1,248 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 39 of 1,248 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 110 of 1,248 ; CRISPR Arrays :: 3 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Draft genome sequences of Streptomyces avermitilis NBRC 14893 |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Komaki,H. Tamura,T. Hosoyama,A. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (17-APR-2019) Contact:Director-General Of Biotechnology Center National Institute of Technology and Evaluation, Biotechnology center; 2-49-10 Nishihara, Shibuya-ku, Tokyo 151-0066, Japan URL :https://www.nite.go.jp/nbrc/ |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Komaki,H. Tamura,T. Hosoyama,A. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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