| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000002289 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（Microbacterium sp. No. 7 plasmid A, complete sequence） |
| 生物種名 | Microbacterium sp. No. 7 |
| アクセッション番号またはID | CP012698 |
| コメント | Microbacterium sp. No. 7 plasmid A, complete sequence. |
| ゲノム配列のバージョン | CP012698.1 |
| 登録日または更新日 | 2015-10-14 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| CDSファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 135111 |
| 形態 | circular |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | No. 7 |
| 分離源 | activated sludge |
| plasmid | A |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | Annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genomes Automatic Annotation Pipeline Group. Information about the Pipeline can be found here: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/static/Pipeline.html. Please be aware that the annotation is done automatically with little or no manual curation.; Whole genome shotgun sequencing was performed at NITE. Finishing was conducted at Tohoku University with the aid of GenoFinisher, AceFileViewer, and ShortReadManager software (http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gf_e/index.php). Autoannotation was conducted using PGAP and MiGAP, and PGAP annotation was curated by referencing to the MiGAP annotation with the aid of annotation support tool of GenomeMatcher software. Strain NO.7 is available from NBRC culture collection (http://www.nbrc.nite.go.jp/e/).~~The strain Microbacterium sp. No.7 is available from Biological Resource Center, NITE (NBRC)~~Annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genomes Automatic Annotation Pipeline Group. Information about the Pipeline can be found here: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/static/Pipeline.html.~~Annotation modified by submitter.; ; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: newbler v. 2.8; GenoFinisher v. 1.28; AceFileViewer v. 0.97 ; Genome Coverage :: 170x ; Sequencing Technology :: 454; Illumina ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI ; Annotation Date :: 09/18/2015 16:44:03 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS+ ; Annotation Software revision :: 2.10 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes :: 4,499 ; CDS :: 4,094 ; Pseudo Genes :: 350 ; CRISPR Arrays :: 1 ; rRNAs :: 2, 2, 2 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 2, 2, 2 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 48 ; ncRNA :: 1 ; Frameshifted Genes :: 14 ; ##Genome-Annotation-Data-END## |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Complete genome sequence of a polypropylene glycol-degrading strain Microbacterium sp. No. 7 |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Ohtsubo,Y. Nagata,Y. Numata,M. Tsuchikane,K. Hosoyama,A. Yamazoe,A. Tsuda,M. Fujita,N. Kawai,F. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (27-SEP-2015) Department of Environmental Life Sciences, Graduate School of Life Sciences, Tohoku University, Katahira 2-1-1, Sendai, Miyagi 980-8577, Japan |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Ohtsubo,Y. Kawai,F. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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