| データタイトル | 分類 | 菌株番号 | 基準株 | データID |
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解析情報 ゲノム
| データID |
ANGE0000000002360
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| データタイトル |
ゲノム（RefSeq:Pseudonocardia autotrophica strain NBRC 12743 plasmid pPA12743CP, complete sequence）
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| 生物種名 |
Pseudonocardia autotrophica
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| アクセッション番号またはID |
NZ_AP018921
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| コメント |
Pseudonocardia autotrophica strain NBRC 12743 plasmid pPA12743CP, complete sequence.
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| ゲノム配列のバージョン |
NZ_AP018921.1
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| 登録日または更新日 |
2018-12-19
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| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| CDSファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） |
289155
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| 形態 |
circular
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| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 |
genomic DNA
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| strain |
NBRC 12743
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| 分離源 |
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| plasmid |
pPA12743CP
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| 備考 |
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| 菌株へのコメント |
REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to AP018921.1.; Annotated at DFAST https://dfast.nig.ac.jp/~~; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Unicycler v. 0.4.6 ; Genome Coverage :: 67x ; Sequencing Technology :: PacBio RS II; HiSeq PE ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 12/14/2020 13:23:53 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 5.0 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 7,078 ; CDSs (total) :: 7,009 ; Genes (coding) :: 6,886 ; CDSs (with protein) :: 6,886 ; Genes (RNA) :: 69 ; rRNAs :: 4, 4, 4 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 4, 4, 4 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 53 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 123 ; CDSs (without protein) :: 123 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 123 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 42 of 123 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 82 of 123 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 6 of 123 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 7 of 123 ; ##Genome-Annotation-Data-END##; COMPLETENESS: full length.
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| 参照 |
1
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| タイトル |
Complete Genome Sequence of an Efficient Vitamin D3-Hydroxylating Bacterium, Pseudonocardia autotrophica NBRC 12743
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| 雑誌名/登録機関名 |
Microbiol Resour Announc 7, e01105-18 (2018)
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Yoshida,K. Yasutake,Y. Tamura,T.
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| PubMed |
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| 参照 |
2
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| タイトル |
Direct Submission
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| 雑誌名/登録機関名 |
Submitted (22-AUG-2018) Contact:Tomohiro Tamura Advanced Industrial Science and Technology, Bioproduction Research Institute; 2-17-2-1, Tsukisamu-Higashi, Sapporo, Hokkaido 062-8517, Japan
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| 出版年月 |
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| 巻・号・ページ |
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| 著者 |
Yoshida,K. Yasutake,Y. Tamura,T.
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| PubMed |
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| 関連情報 |
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