| データタイトル | 他機関での菌株情報 | 遺伝子型 | 復元液 | データID | 菌株番号 | カタログURL | 生物種名 | 生物種名（著者名含） | 基準株 | 来歴 | 分離源 | 分類 | 培養温度 | 培養培地 | 親株（変異株の場合） | 付加情報 |
|---|
解析情報 ゲノム
| データID | ANGE0000000002365 |
|---|---|
| データタイトル | ゲノム（RefSeq:Clostridium butyricum strain NBRC 13949 plasmid pCBU2, complete sequence） |
| 生物種名 | Clostridium butyricum |
| アクセッション番号またはID | NZ_AP019718 |
| コメント | Clostridium butyricum strain NBRC 13949 plasmid pCBU2, complete sequence. |
| ゲノム配列のバージョン | NZ_AP019718.1 |
| 登録日または更新日 | 2019-07-12 |
| 配列取得用URL | |
| 配列ファイルダウンロード | |
| CDSファイルダウンロード | |
| 配列長（bp）または配列数（rc） | 8060 |
| 形態 | circular |
| BioProject | |
| BioSample | |
| 配列の種類 | genomic DNA |
| strain | NBRC 13949 |
| 分離源 | |
| plasmid | pCBU2 |
| 備考 | |
| 菌株へのコメント | REFSEQ INFORMATION: The reference sequence is identical to AP019718.1.; Annotated at DFAST https://dfast.nig.ac.jp/~~; The annotation was added by the NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP). Information about PGAP can be found here: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/; ; ##Genome-Assembly-Data-START## ; Assembly Method :: Unicycler v. 0.4.4 ; Genome Coverage :: 315x ; Sequencing Technology :: Illumina MiSeq; ONT GridION ; ##Genome-Assembly-Data-END##; ; ##Genome-Annotation-Data-START## ; Annotation Provider :: NCBI RefSeq ; Annotation Date :: 03/20/2021 07:30:26 ; Annotation Pipeline :: NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAP) ; Annotation Method :: Best-placed reference protein set; GeneMarkS-2+ ; Annotation Software revision :: 5.1 ; Features Annotated :: Gene; CDS; rRNA; tRNA; ncRNA; repeat_region ; Genes (total) :: 4,307 ; CDSs (total) :: 4,186 ; Genes (coding) :: 4,120 ; CDSs (with protein) :: 4,120 ; Genes (RNA) :: 121 ; rRNAs :: 12, 12, 12 (5S, 16S, 23S) ; complete rRNAs :: 12, 12, 12 (5S, 16S, 23S) ; tRNAs :: 81 ; ncRNAs :: 4 ; Pseudo Genes (total) :: 66 ; CDSs (without protein) :: 66 ; Pseudo Genes (ambiguous residues) :: 0 of 66 ; Pseudo Genes (frameshifted) :: 21 of 66 ; Pseudo Genes (incomplete) :: 35 of 66 ; Pseudo Genes (internal stop) :: 22 of 66 ; Pseudo Genes (multiple problems) :: 11 of 66 ; ##Genome-Annotation-Data-END##; COMPLETENESS: full length. |
| 参照 | 1 |
| タイトル | Complete genome sequence of Clostridium butyricum NBRC 13949 |
| 雑誌名/登録機関名 | Unpublished |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Miura,T. Furukawa,M. Shimamura,M. Ohyama,Y. Yamazoe,A. Kawasaki,H. |
| PubMed | |
| 参照 | 2 |
| タイトル | Direct Submission |
| 雑誌名/登録機関名 | Submitted (10-JUN-2019) Contact:Director-General Biological Resource Center National Institute of Technology and Evaluation, Biological Resource Center, NBRC; 2-5-8 Kazusakamatari, Kisarazu, Chiba 292-0818, Japan URL :https://www.nite.go.jp/en/nbrc/ |
| 出版年月 | |
| 巻・号・ページ | |
| 著者 | Miura,T. Furukawa,M. Shimamura,M. Ohyama,Y. Yamazoe,A. Kawasaki,H. |
| PubMed | |
| 関連情報 |
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